El rey Jaime I el Conquistador sentó sus reales el 22 de abril de 1238 en la huerta de Ruzafa con el fin de asediar la ciudad musulmana de Balansiya-Valencia. El 28 de septiembre de 1238 tuvo lugar la firma de rendición de la ciudad al rey conquistador y el 9 de octubre tuvo lugar la entrada del rey en la ciudad. Según la tradición, el convento de Nuestra Señora de los Ángeles se levanta sobre el lugar donde se firmó la capitulación de la ciudad por parte del rey musulmán Zayyán (Zayyán ibn Mardanish † Túnez 1270, emir de Balansiya entre 1229 y 1238).

El convento fue fundado el 11 de enero de 1661 por el arzobispo de Valencia Martín López de Ontiveros. El día 2 de agosto del mismo año, ocupan las casas compradas por el arzobispo y habilitadas como convento, seis monjas del convento de Jerusalén extramuros de la ciudad y no muy lejos de este. Se pone bajo la advocación de Nuestra Señora de los Ángeles, festividad del día y se acogen a la regla de las hermanas descalzas de san Francisco de Asís, rama femenina de esta orden, conocidas como clarisas, por ser su fundadora santa Clara de Asís. Fue su primera abadesa sor María del Santísimo Sacramento († 05-09-1662). En 1699 se termina la iglesia del convento y en ella fue enterrado el arzobispo López de Ontiveros. Sobre el sepulcro una inscripción dice: Hic jacet Martinus de Ontiveros indignus archiepiscopus valentinus filii orate pro em. A día de hoy, los restos del arzobispo ya no se encuentran en su sepulcro.

La fundación del convento tenía como objetivo, dar acomodo a mujeres nobles pertenecientes a la diócesis valenciana y que siendo doncellas y honestas no disponían de dote para contraer matrimonio y por tanto corrían serio peligro de caer en pecado. El mantenimiento del convento corría a cargo del fundador, de las limosnas y de los legados caritativos. Las mujeres ingresaban a partir de los catorce años y como norma debían anteponer a su filiación escogida, el nombre de María.

En 2005 las pocas clarisas que residían en el convento se trasladaron a otro convento de la orden y en 2007 los hermanos franciscanos del convento e iglesia de san Lorenzo de Valencia ocuparon el monasterio. Una de las tareas que realizan los monjes franciscanos de este convento, es la organización de viajes a Tierra Santa, por ser la orden franciscana los encargados de la "Custodia de Tierra Santa".

El convento fue asaltado durante la guerra civil española (1936-1939) y en 27 de noviembre de 1944 el arquitecto Salvador Pascual Gimeno procedió a su reconstrucción y rediseño, modificando además la planta del mismo. Fue reabierto nuevamente en 1947 siendo bendecido por el arzobispo Marcelino Olaechea.

El actual convento tiene planta irregular al adaptar sus fachadas al alineamiento del callejero urbano. Dispone de dos entradas en calles distintas, que se corresponden con sendos accesos a distintos ámbitos conventuales, siendo una de ellas la parte que cubre la organización de viajes a Tierra Santa. El convento está construido en ladrillo macizo cara vista, con los recercados de puertas, molduras y ventanas de color rojizo que destacan sobre el ocre del ladrillo. En la portada principal podemos ver el escudo franciscano, dos brazos cruzados sobre una cruz en forma de "T" (la tau) y enmarcado con el cordón franciscano. El escudo se encuentra en el centro de un frontón triangular partido. La decoración es escasa a excepción de unos pocos adornos piramidales y de bolas del tejado; la poca decoración consiste en molduras que se adaptan a la forma arquitectónica de la fachada y un juego de cinco pequeños ventanales con columnas salomónicas.

El convento tiene un pequeño patio interior ajardinado y descubierto. En su centro sobre un alto pedestal, se levanta una escultura de san Francisco de Asís, santo patrón y fundador de la orden franciscana. El patio o claustro está cerrado por sus cuatro flancos por una serie de arcos de medio punto realizados en ladrillo, y con una terraza superior que asoma a su interior.

La iglesia es de planta de cruz latina, corta nave de transepto, cúpula semiesférica sobre el crucero y cabecera de testero recto. En el crucero la cúpula se apoya en pechinas, se cubre el templo con bóvedas de cañón, incluido el presbiterio y la nave transepto. La longitud del templo es de 22 metros, con una anchura de 7 metros. La iglesia mantiene su estructura interna intacta desde el momento de su construcción. Las bóvedas y las pechinas se encuentran decoradas con pinturas al temple sobre tela (sargas), encastradas en plafones del techo, realizadas entre 1820 y 1829 y atribuidas a Francisco Llácer Valdemont (* Valencia 1781 † Valencia 08-07-1857), pintor academicista discípulo de Vicente López.

En las cuatro pechinas del crucero, están representadas cuatro historias bíblicas cuyo eje narrativo son figuras femeninas: Jael matando a Sísara (en el momento de hincarle un clavo en la cabeza con un martillo), Judith con la cabeza de Holofernes, Ruth en los campos de Boaz (vestida con traje de campo y una hoz de siega en una mano y espigas de trigo en la otra) y la hija de Jefté tocando el timbal en el momento de salir al encuentro de su padre (lo que la llevará a su muerte). En las bóvedas de la nave crucero están representadas dos escenas: Gedeón con el vellocino de oro y Elías en el monte Horeb. Las bóvedas de la nave central nos cuentan otras dos historias bíblicas: Moisés y la zarza ardiendo en el monte Sinaí y el sueño de Jacob. En el techo del presbiterio vemos una escena de la Asunción de la Virgen a los cielos, en su representación de Virgen de los Ángeles. La Virgen está sentada en un trono de nubes y junto a ella varios ángeles acompañan su ascenso.

El retablo del altar mayor fue quemado en la guerra civil, a la finalización del conflicto el pintor Rafael Cardells Camarlench (* Meliana, Valencia 21-02-1899 † Valencia 17-04-1980) pintó el muro testero con un fresco representando la Asunción de la Virgen. En el centro del muro en el interior de una hornacina, un conjunto escultórico realizado por José María Ponsoda Bravo, con una escena de Cristo en la Cruz acompañado de la Virgen y a sus pies san Francisco de Asís. En los laterales del motivo central, dos pinturas de Cardells de santa Clara de Asís y santa Coleta (monja franciscana reformadora de la orden de santa Clara). En un nivel inferior dos pinturas de san Pedro y san Pablo.

Completa el conjunto decorativo del templo un zócalo de azulejos originales del siglo XVII, que rodea todo el perímetro interior, solo los azulejos del presbiterio son posteriores a la guerra civil. Se adornan con motivos florales de distintos colores y juegos geométricos formados por los propios azulejos.

La portada de entrada al templo es muy sencilla, la puerta es adintelada con dos pilastras de fuste acanalado, y tres triglifos en el dintel. Un segundo cuerpo está ocupado por una hornacina con un panel cerámico policromo con la Virgen de los Ángeles. En el mismo está rotulado: Mare de Deu D' Els Angels.

El campanario sitúa su base sobre el tejado de la iglesia a la altura de los pies, su cuerpo de campanas aloja tres campanas: Jesús, María y Josep (1931), María (1757) y María dels Àngels (1865). De planta rectangular, un solo cuerpo (el de campanas) y cubierta a cuatro vertientes de teja árabe.