La capilla comenzó a construirse en 1505, a los pocos meses de haber muerto la reina católica. Mientras se construía y a la espera de que la capilla fuera terminada, sus restos descansaron en el convento de san Francisco en la Alhambra. Por fin en 1517 la capilla fue acabada, no obstante aún habría que esperar hasta 1521 para que sus restos y los de Fernando fueran trasladados a la actual capilla desde la Alhambra. Fue levantada en estilo gótico isabelino por el mismo arquitecto que había construido la catedral de Toledo, Enrique Egas (* Toledo ca.1455 † Granada 1534) y fue puesta bajo la titularidad de san Juan Evangelista y san Juan Bautista (los santos Juanes) a quienes los Reyes Católicos tenían gran devoción.

El espacio de la Capilla Real se levantó ocupando gran parte de los terrenos que ocupaba la mezquita mayor musulmana, otra parte de la mezquita se la llevaría por delante años después la catedral, al construirse junto a ella la capilla por su lado del evangelio. La Capilla Real desarrolla una sola nave rectangular, crucero no desarrollado, cabecera poligonal, coro alto a los pies sostenida por una bóveda muy rebajada y gran sacristía de dos tramos en el lado de la epístola. Los techos se cubren con bóvedas nervadas con terceletes, que descansan en columnas y arcos apuntados. En el interior es omnipresente las representaciones heráldicas de los Reyes Católicos: el yugo, las flechas y el escudo real con el águila de san Juan.

El escudo de los Reyes Católicos estaba conformado por cuatro cuarteles donde campeaban las armas de Castilla y León (por la reina Isabel) y las armas de Aragón y Sicilia (por el rey Fernando), con la conquista del reino nazarí de Granada, se añadió un quinto elemento, la granada, símbolo del nuevo reino conquistado. Completaba el conjunto la corona real, el águila de san Juan trasdosado al escudo, el yugo y las flechas. Estos últimos símbolos eran las divisas personales del rey Fernando y de la reina Isabel. Fernando escogió el yugo como divisa-homenaje a la reina Ysabel cuya inicial del nombre en la época se escribía con Y. El yugo hacía alusión a la leyenda griega del nudo gordiano. En una ciudad de Anatolia (hoy Turquía) llamada Gordio existía un yugo con un poderoso nudo que nadie había podido desatar, la leyenda decía que quien fuera capaz de desatarlo sería dueño de toda Asia, Alejandro Magno llegó a Gordio y con un certero y poderoso golpe de espada rompió el nudo y dijo: da lo mismo cortar que desatar y así por la fuerza de su espada logró conquistar gran parte de Asia. De esta historia Fernando el Católico escogió este símbolo al que añadió el lema tanto monta con el mismo sentido que la frase original de la leyenda. Por su parte la reina Ysabel eligió un haz de flechas atadas entre sí, por ser estas la inicial del nombre de Fernando y con el sentido que una flecha sola es fácil de romper, muchas flechas unidas entre sí, son imposibles de romper.

La capilla en principio se construyó como edificio exento pero con el claro propósito de quedar unida a la catedral cuya construcción no había comenzado todavía. Su puerta de entrada se situaba a los pies de la capilla, al construirse la iglesia del Sagrario en esta fachada, solo quedó libre la fachada del lado de la epístola donde se ubica la actual portada de acceso. La tercera portada y la mas importante es la que comunica la catedral con la capilla y su belleza artística solo puede ser vista desde el interior de la catedral.

Toda la altura del edificio se encuentra perimetrada por balconadas con antepechos de piedra calada, gárgolas, filigranas, bolas, decoración de crestería, además de grandes y estilizados pináculos de estética gótica al igual que los ventanales apuntados. La decoración de filigrana alterna medallones con las letras F de Fernando y la letra Y de Ysabel, además de escudos y simbología alusiva a los Reyes Católicos.

La lonja de mercaderes Aunque en principio no formaba parte de la Capilla Real, hoy prácticamente se considera parte integrante de la misma. Fue mandada construir por el cabildo de la ciudad de Granada en 1518. La lonja era el edificio donde se realizaban las transacciones comerciales y desde donde se regulaba en mayor o menor medida el intercambio de mercaderías. Era por tanto un edificio dedicado al comercio. En su fachada se pueden ver repetidos cuatro escudos de la ciudad de Granada, simbolizando la dimensión municipal del edificio.

Predomina el estilo gótico isabelino, aunque también encontramos elementos platerescos y mudéjar. La lonja se articula en dos alturas, ambas con galerías abiertas a la plaza a través de arquerías. El piso inferior se abre a la plaza con cuatro arcos de medio punto, mientras que el piso superior lo hace con el mismo número de arcos pero escarzanos y con balconadas de piedra calada. En estos podemos encontrar dos medallones con las divisas personales de Isabel y Fernando (el yugo y las flechas) y otros dos que interpreto sean la cruz de san Andrés y las columnas de Hércules, ambos elementos alusivos al rey Carlos I bajo cuyo reinado se construyó la lonja.

Los arcos del piso inferior descansan en cuatro semicolumnas salomónicas con adornos de bolas en fustes y roscas de los arcos. Completa el conjunto decorativo escudos de la ciudad de Granada y jarrones, los primeros en las enjutas de los arcos, mientras que los segundos ocupan los tímpanos de los arcos. Los jarrones en número de tres por arco, se apoyan en balaustradas de piedra que asoman a la plaza. En origen la arquería del piso inferior estaba abierta a la plaza y no cegados como los podemos ver en la actualidad.

El piso superior abre también a la plaza a través de cuatro ventanales con balcones calados y con arcos escarzanos que se apoyan en cinco semicolumnas salomónicas con decoración de bolas. Se cierra la luz del arco con rejas de hierro que llevan en su centro el escudo de la ciudad. Se trata de un perfecto mirador desde la sala noble del edificio.

La portada del edificio fue realizada en 1521 por el cantero Juan García de Pradas, ocupa el espacio interior del arco situado mas a la izquierda. Abre una puerta adintelada decorada con filigrana que sustenta un entablamento con adornos de cintas y dos grifos afrontados, sobre el que se levanta una fea estructura rematada por tres jarrones. Luce en el friso superior del entablamento una inscripción que dice: ... don Antonio de la Cueva señor de la dorada Granada mando hacer. Fue Antonio de la Cueva corregidor de Granada entre 1516 y 1522, además la citada inscripción está muy desgastada por lo que es muy difícil su lectura.

Con la desamortización de Pascual Madoz de 1855 el edificio salió a la venta en pública subasta pasando a manos particulares. A finales del XIX el edificio fue comprado por el arzobispado de Granada como edificio anexo a la Capilla Real. En la actualidad se usa como vestíbulo de entrada al templo y su interior está decorado con lienzos, muebles y objetos que recrean la conquista de Granada y la vida de los Reyes Católicos. Destacan por su significado, una copia del lienzo de Francisco Pradilla (* Villanueva del Gállego-Zaragoza 24-07-1848 † Madrid 01-11-1921) que lleva por título La conquista de Granada, además de grandes escudos de los Reyes Católicos con el águila de san Juan.

Las techumbres de ambos pisos se cubren con artesonados de madera, en el piso inferior casetones octogonales realizados por el carpintero Francisco Hernández, mientras que en el piso superior se cubre con armadura rectangular de par y nudillos y ochavadas en los extremos.

El pozo-aljibe En realidad se trata de un brocal de pozo en mármol gris que se corresponde con un aljibe del siglo XI de época musulmana y que daría servicio a la mezquita mayor. Se sitúa junto a la puerta principal de entrada a la Capilla Real y en la actualidad se encuentra protegido por una reja de hierro.

Y ya que hablamos del subsuelo de la plaza, conviene que nos fijemos no en el subsuelo, sino en el suelo de cantos rodados de la plaza con un dibujo del escudo real de los Reyes Católicos.

Portada de la Capilla Real La portada es obra plateresca realizada hacia 1527 por el cantero Juan García de Pradas aunque la parte inferior fue rehecha en 1733 por Juan de Aranda, como se puede apreciar por la distinta tonalidad y calidad de la piedra. La portada se dispone en un arco de medio punto flanqueada por pilastras adosadas en cuyos frontales aparecen las figuras de dos maceros bajo venera. El conjunto sostiene un entablamento adornado con figuras de cabezas de ángeles alados. En el centro del friso el escudo del rey Carlos I con el águila bicéfala y la corona imperial. Por encima del friso en un segundo cuerpo, tres hornacinas con veneras, en el centro la Virgen María con el Niño Jesús, y a los lados san Juan Evangelista y san Juan Bautista, ambos titulares de la Capilla Real por decisión de la reina católica. Todas las figuras son obra atribuida al escultor de origen francés Nicolás de León. Un tejadillo de fecha posterior protege la portada de las inclemencias del tiempo.

Interior Capilla Real Como ya hemos comentado la entrada de visitantes a la Capilla Real se realiza por la lonja de los mercaderes, este edificio sirve de antesala o vestíbulo antes de acceder al interior de la capilla cuyo ingreso se realiza por los pies del templo.

Capilla de san Ildefonso situada a los pies del templo, en el lado del evangelio. Cerrada por una reja con decoración plateresca realizada hacia 1523 por Bartolomé de Jaén. Destaca en el segundo cuerpo el escudo imperial de Carlos I. Su interior alberga un retablo renacentista con dos relieves realizados hacia 1560 por Baltasar de Arce († 1564) de especial interés: la Exaltación de la Santa Cruz y la creación de Eva. También podemos encontrar una escultura de medio cuerpo del Ecce Homo obra de Bernardo de Mora (* Mallorca 13-10-1614 † Granada 26-01-1684) realizada en 1659.

Capilla de la Santa Cruz en el lado de la epístola. Enfrenta con la puerta recayente a la catedral que se sitúa en el lado del evangelio. La capilla se cierra mediante una reja renacentista con la heráldica del rey Carlos I, obra realizada por el rejero Bartolomé de Jaén. En el ático cuatro candeleros y dos bichas que sostienen un medallón con una representación del hallazgo de la Santa Cruz. Alberga su interior un dorado retablo barroco realizado en 1752 por Blas Antonio Moreno (* Abla-Almería 1715 † Granada ca.1774). En el mismo podemos ver lienzos de la Inmaculada (copia de Alonso Cano), san Juan Bautista y san José con el Niño Jesús en brazos. También encontramos en la capilla dos esculturas de medio cuerpo del Ecce Homo y de la Dolorosa, ambas del escultor José de Mora (siglo XVII).

Frente a esta capilla en el espacio que ocupa la puerta de entrada a la catedral encontramos dos esculturas de bulto redondo: la Santa Parentela de Bernabé de Gaviria (* Granada 20-06-1577 † Granada 13-05-1622) realizada en 1603 y el monje franciscano del siglo XV, san Juan de Capistrano de José de Mora (* Baza-Granada 01-03-1642 † Granada 25-10-1724). La obra de Gaviria procede del retablo de la iglesia de santa Ana de Granada y fue donación a la Capilla Real del arzobispo José Moreno Mazón en el siglo XIX. En el grupo de la Santa Parentela están representados, santa Ana y san Joaquín (padres de la Virgen), la Virgen María y san José (padres de Jesús) y Jesús de niño.

Reja mayor Hecha en hierro forjado dorada al fuego, entre 1518 y 1520 en estilo plateresco, por el maestro rejero Bartolomé, también conocido como Bartolomé de Jaén (* ca.1490 † Jaén ca.1553). Formada por tres pisos, cinco calles (la central mas ancha que las laterales) y remate superior. La reja se encuentra policromada y tiene una altura de 2,50 metros.

El primer piso de la reja dispone de una decoración muy sencilla, seis pilares de estilo corintio junto con adornos platerescos son los únicos elementos que podemos encontrar en ella.

En el segundo piso destaca el tema central formada por una corona vegetal donde se inserta el escudo de los Reyes Católicos, flanqueado por otras dos coronas con representaciones del yugo y la flechas, divisas ambas de los reyes Ysabel y Fernando. El escudo central descansa sobre una pareja de leones que se levantan sobre las patas traseras. Completa el conjunto toda una serie de aves, angelillos y decoración de grutescos. En las entrecalles vemos seis apóstoles bajo doseletes. A la izquierda del escudo se puede leer una corta inscripción que dice: Mestre Bartolome me fecit (me hizo el maestro Bartolomé).

En el tercer piso la decoración es muy sobria, destacando solamente la presencia de otros seis apóstoles en las entrecalles, con lo cual y contando los del piso inferior totalizan un apostolado completo.

El remate superior está formado por una fiesta de cresterías y elementos ondulados en cuya base y a modo de relato se suceden un total de diez representaciones del nuevo testamento: el bautismo de Jesús, decapitación de san Juan Bautista, oración en el huerto de los olivos, el prendimiento, la coronación de espinas, la flagelación, el descendimiento, el entierro de Cristo, la resurrección de Cristo y el martirio de san Juan Evangelista (en una caldera de aceite hirviendo). En el centro y sobresaliendo sobre todo el conjunto, Cristo en la cruz en compañía de san Juan y la Virgen María.

Retablos-relicarios En ambos lados de la nave crucero encontramos dos retablos-armarios relicarios, realizados en 1632 por el escultor Alonso de Mena (* Granada 1587 † Granada 04-09-1646). El retablo de la izquierda (nave del evangelio) dispone de cuatro relieves en su parte frontal con la Inmaculada, san Juan Bautista, san Pedro y san Pablo. En la parte inferior y en parejas de a dos: Fernando e Isabel y Felipe el hermoso y Juana la loca. El retablo de la derecha (lado de la epístola): san Miguel, Santiago matamoros, san José y san Felipe. En el banco inferior, bustos por parejas de Carlos I e Isabel de Portugal y de Felipe IV y su esposa Isabel de Borbón. En el centro de las puertas del retablo, el escudo de los reinos hispánicos en la época del rey Felipe IV bajo cuyo reinado se hicieron los retablos.

Mausoleo de los Reyes Católicos
Isabel I de Castilla (* Madrigal de las Altas Torres-Ávila 22-04-1451 † Medina del Campo-Valladolid 26-11-1504 / reina de Castilla y León entre 1474 y 1504)
Fernando II de Aragón (* Sos del Rey Católico-Zaragoza 10-03-1452 † Madrigalejo-Cáceres 23-01-1516 / rey de Aragón entre 1479 y 1516)

La reina católica falleció en Medina del Campo, para mas señas de cáncer de útero, el 26 de noviembre de 1504. Sus restos fueron trasladados a la Alhambra y su cuerpo depositado en el convento de san Francisco (hoy parador de turismo) a la espera de ser construida la actual Capilla Real. El 23 de enero de 1516, Fernando de Aragón fallece en Madrigalejo y al igual que había ocurrido con su esposa, sus restos fueron depositados en el convento de san Francisco de la Alhambra. Aunque la causa de la muerte de Fernando el católico no está clara, se da por buena la creencia, de que su muerte se produjo por un abuso de una sustancia afrodisíaca (la cantárida) que consumía con cierta asiduidad con el único fin de procrear un hijo con su segunda esposa Germana de Foix. El 10 de noviembre de 1521 los restos de ambos reyes fueron trasladados a la actual Capilla Real y depositados en la cripta frente al altar mayor.

El mausoleo fue un encargo del rey Fernando que no respetó la voluntad de su esposa de ser enterrada en el suelo, solo cubierta por una sencilla lápida. Se compone de una estructura troncopiramidal con las figuras yacentes de los reyes que se encuentran sepultados en la cripta subterránea debajo del mausoleo. El túmulo que representa a los Reyes Católicos es obra en mármol de Carrara del escultor florentino Domenico di Alessandro Fancelli (* Settignano-Florencia 1469 † Zaragoza xx-04-1519) que lo finalizó en Génova en 1517. Fernando de Aragón está efigiado en posición yacente, tiene un medallón con una figura de san Jorge (patrón de Aragón), viste armadura, manto y lleva una espada entre sus manos. Isabel de Castilla también en posición yacente, tiene un medallón con una representación de la cruz de la orden de Santiago, mientras mantiene las manos en el regazo. Ambas figuras tienen a sus pies un león (símbolos de realeza y fortaleza). En los cuatro ángulos del lecho mortuorio cuatro pequeñas figuras sedentes de doctores de la iglesia occidental: san Gregorio, san Ambrosio, san Agustín y san Jerónimo. Un conjunto de angelotes sostienen en la cabecera el escudo de los Reyes Católicos, mientras que otros dos angelotes sostienen a los pies del sepulcro una cartela con un texto laudatorio alusivo de los personajes.

En las paredes laterales del sepulcro cuatro medallones centrales con representaciones del bautismo de Cristo, la resurrección de Cristo, san Jorge y el dragón y finalmente el apóstol Santiago. Rodeando el perímetro lateral del sarcófago y en el interior de sendas hornacinas, los doce apóstoles de Cristo completan la decoración de las paredes del sepulcro.

Mausoleo de Juana la loca y Felipe el hermoso
Felipe de Austria, llamado el hermoso (* Brujas-Bélgica 22-04-1478 † Burgos 25-09-1506 / rey consorte de Castilla y León entre 1504 y 1506)
Juana de Castilla, llamada la loca (* Toledo 06-11-1479 † Tordesillas-Valladolid 12-04-1555 /reina nominal de Castilla y León entre 1504 y 1555)

Juana la loca era hija de los Reyes Católicos, mientras que Felipe de Austria lo era del emperador Maximiliano I de Habsburgo y su esposa María de Borgoña. Su hijo fue el rey Carlos I de España y V de Alemania, que sería emperador del Sacro Imperio Romano Germánico.

El mausoleo fue obra del burgalés Bartolomé Ordoñez (* Burgos ca.1480 † Carrara-Italia 06-12-1520) y fue construido a instancia de su hijo el emperador Carlos, entre 1519 y 1520. En principio el sepulcro debería haber sido realizado por Domenico Fancelli pero la temprana muerte de este en 1519, llevó el encargo a Bartolomé Ordoñez que se instaló en Carrara-Italia para la confección del sepulcro. A la muerte de Ordoñez el mausoleo no estaba totalmente terminado por lo que tuvieron que ser sus colaboradores y en especial Pietro Aprile da Carona quien lo finalizara.

Guardan ambos sepulcros cierta similitud pero a simple vista se ve que son distintos entre sí. Destaca visualmente que los personajes de Juana y Felipe se encuentran yacentes sobre un sarcófago mientras que Isabel y Fernando descansan directamente sobre la piedra marmórea, lo que hace que el mausoleo de Juana y Felipe sea un poco mas alto que el de los Reyes Católicos. Juana sostiene un cetro en sus manos, lleva un collar en su cuello y su vestido está ricamente ornamentado a la moda borgoñona. Felipe luce armadura con los escudos de los reinos hispánicos, además de Flandes, Borgoña y Austria. Entre sus manos sujeta una espada y lleva al cuello el collar del toisón de oro. A los pies de Felipe un león recostado y a los pies de Juana, una leona en la misma posición. En los laterales ángeles portando cartelas con escudos heráldicos.

En los medallones centrales de los lados del sepulcro están representados escenas de la vida de Jesús: la Natividad, la Epifanía, la oración en el huerto y el Descendimiento. En las hornacinas que rodean el perímetro lateral están representadas en total doce figuras, con alegorías de las virtudes teologales y cardinales y representaciones de las artes liberales. En la cabecera: la filosofía y la aritmética. A los pies: la gramática y la lógica. En el lado del rey: la fortaleza, la caridad, la fe y la esperanza. En el lateral de la reina: la prudencia, la justicia, la templanza y la paciencia. En las esquinas superiores del sepulcro san Juan Evangelista y san Juan Bautista en el lateral de la reina, san Miguel y san Andrés en el lateral del rey consorte. En las esquinas o ángulos del nivel inferior cuatro sátiros en la cabecera y cuatro satiresas en los pies del sepulcro.

El sepulcro llegó en 1533 desde Italia vía marítima al puerto de Cartagena, y no llegaría a la ciudad de Granada hasta 1539, siendo montado en la Capilla Real en 1603. A la muerte de Felipe el hermoso, su cuerpo fue embalsamado y enterrado en la cartuja de Miraflores de Burgos. A escasos tres meses su esposa Juana la loca lo desentierra con el fin de llevarlo a Granada, comenzando un viaje a ninguna parte por tierras burgalesas. Finalmente Juana la loca es recluida (encerrada) en el convento de santa Clara de Tordesillas y los restos de Felipe el hermoso quedan depositados en la iglesia conventual. En 1525 el rey Carlos I ordena el traslado de los restos de su padre a la Capilla Real de Granada, ya que en su testamento había dispuesto ser enterrado en Granada.

La reina Juana murió en 1555 y fue enterrada en la capilla de los Saldaña del convento de santa Clara donde estaba recluida, hasta que en 1573 su abuelo Felipe II ordenó el traslado de sus restos a la Capilla Real para que descansaran junto a los de su marido Felipe.

Cripta Bajo los mausoleos se encuentra la cripta a la que se desciende por una pequeña escalera situada a los pies de los sepulcros. En su interior bajo una bóveda muy rebajada, protegidos por una reja se encuentran los sarcófagos de plomo identificados por sus iniciales, con los cuerpos de Isabel de Castilla, Fernando de Aragón, Juana de Castilla (la loca) y Felipe de Austria (el hermoso). Un quinto sarcófago mas pequeño es el cuerpo de Miguel, nieto de los Reyes Católicos.

Miguel de la Paz, infante de Portugal (* Zaragoza 23-08-1498 † Granada 20-07-1500) hijo del rey Manuel I de Portugal y de la hija mayor de los Reyes Católicos, la infanta Isabel de Castilla. El infante Miguel estaba llamado a unificar los reinos peninsulares: España y Portugal, su prematura muerte siendo todavía niño frustró tal posibilidad. En su testamento la reina católica quiso ser enterrada con hábito franciscano.

Retablo mayor Construido por el escultor Felipe Bigarny (* Borgoña-Francia ca.1475 † Toledo 10-11-1543) entre 1520 y 1522 en estilo plateresco. Realizado en madera totalmente dorado y policromado. El retablo es una verdadera obra de arte. Se articula en sotobanco, banco, primer piso, segundo piso, ático y cinco calles. Además de Bigarnay se considera que en el mismo pudo trabajar Alonso Berruguete y como colaboradores Jacobo Florentino y los pintores-doradores Antón de Plasencia y Alonso de Salamanca.

En el sotobanco o parte inferior del retablo, un tanto oculta por el ara, encontramos a la izquierda tres relieves con representaciones alusivas a la conquista de Granada: a la izquierda un macero, en el centro la entrada de las tropas cristianas en la ciudad en 1492 con la presencia del cardenal Cisneros en primer plano y junto a él, los Reyes Católicos; y a la derecha, la entrega de las llaves de la ciudad por parte del sultán nazarí Boabdil. En el lado derecho del retablo, las escenas hacen alusión a la conversión de musulmanes en 1500: en el extremo derecho un macero y los otros dos relieves escenas de la conversión de musulmanes y su bautismo.

En el piso superior encontramos el banco del retablo. Comenzando por la izquierda vemos la figura exenta y en actitud orante del rey Fernando, obra de Diego de Siloé, detrás relieve de san Jorge matando al dragón (patrón de Aragón), le siguen san Pedro, el bautismo de Cristo y en el centro del retablo la adoración de los magos, continúa con san Juan Bautista con el águila, san Pablo y en el extremo derecho la figura también exenta y también orante de la reina Isabel, (obra de Diego de Siloé), detrás de ella relieve de Santiago matamoros (patrón de Castilla). En los extremos de la casa central con la adoración de los magos, se pueden ver las figuras de los reyes magos Gaspar y Baltasar, mientras que al rey Melchor lo encontramos en el interior de la casa. A destacar el rostro de Gaspar que se considera es el retrato del rey Carlos I de joven.

En el primer piso y comenzando por la izquierda: los evangelistas san Lucas (arriba) y san Juan (abajo), le sigue la degollación de Juan el Bautista, los santos Juanes (en el centro), el martirio de san Juan Evangelista en el interior de una olla en aceite hirviendo y finalmente otros dos evangelistas: san Marcos (arriba) y san Mateo (abajo).

En el segundo piso y comenzando por nuestra izquierda: dos doctores de la iglesia, san Jerónimo (arriba) y san Gregorio (abajo), le sigue Jesús con la cruz a cuestas, el Calvario con la Virgen y san Juan, la Piedad y otros dos doctores de la iglesia: san Agustín (arriba) y san Ambrosio (abajo).

En el ático podemos ver la figura de Dios Padre bendiciendo en el interior de un frontón triangular, mientras que en los extremos en frontones de vuelta semicircular podemos ver a la Virgen María y al arcángel san Gabriel. Por debajo de Dios Padre la pequeña figura de la paloma del Espíritu Santo.

Sacristía-museo La entrada a la antigua sacristía y hoy museo, se realiza por una portada con arco carpanel y pináculos góticos situada en la nave del crucero en su lado de la epístola. Destaca por la Anunciación en madera policromada que preside la portada por encima del arco. Están representados la Virgen María y el arcángel san Gabriel, y en el centro un jarrón de azucenas y la paloma del Espíritu Santo. Es obra atribuida hacia 1520 a Jacobo Florentino (* Florencia 1476 † Villena-Alicante 1526) (conocido como el Indaco) y destaca por las figuras de los personajes que se encuentran policromadas en vivos colores. Entre los pináculos podemos ver las letras F de Fernando e Y de Ysabel. Completa el conjunto de la portada el escudo de los Reyes Católicos, el yugo y las flechas.

La sacristía es una gran sala de dos tramos, cubierta con bóvedas nervadas de crucería. En la actualidad está distribuida en dos salas musealizadas, una de ellas dedicada casi exclusivamente a pintura.

El museo acoge una amplia colección de orfebrería, tejidos, pinturas, libros y objetos todos ellos pertenecientes a los Reyes Católicos. Preside la sacristía un retablo conocido como el retablo de la pasión obra de Jacobo Florentino de 1521. Destaca la parte central del retablo, por el conocido tríptico de la pasión con tres tablas del siglo XV de Dierik Bouts (* Haarlem-Países Bajos ca.1420 † Lovaina-Bélgica 06-05-1475). En el centro la Crucifixión y a los lados, el Descendimiento y la Resurrección. Este tríptico estuvo hasta el siglo XVIII en la capilla de la Santa Cruz. En el ático del retablo lienzo de Jacobo Florentino con una representación de Pentecostés. En la parte inferior del retablo, tres tablas, en el centro la última cena de Jacobo Florentino y a ambos lados, oración en el huerto y el Prendimiento, ambas realizadas por Pedro Machuca (* Toledo ca.1490 † Granada 1550).

Flanquean el retablo dos esculturas de bulto redondo de la reina Isabel y el rey Fernando, en posición orante y mirando al retablo. Ambas figuras son obra de Felipe de Bigarny y en origen estaban situadas en el retablo mayor ocupando el mismo lugar que las esculturas que se pueden ver en este momento realizadas por Diego de Siloé.

En el museo encontramos la real cédula de creación de la capilla firmada por Fernando e Isabel y otra de 1528 firmado por el rey Carlos I. En una vitrina de cristal se pueden ver la corona y el cetro de la reina Isabel y la espada del rey Fernando. También encontramos un cofre-relicario de la reina Isabel, cruces, cálices y portapaces góticos y renacentistas de la reina, objetos de devoción, un misal de la reina escrito en vitela en 1496 por Francisco Flores, tápices como el conocido de la Crucifixión y banderas y guiones del ejercito castellano en las guerras de Granada.

Entre las pinturas en una amplia y escogida colección de pintura primitiva e hispano-flamenca encontramos: una Epifanía de Bartolomé Bermejo (1430-1496), la Santa Faz también de Bermejo, san Juan Evangelista en la isla de Patmos de Alonso de Berruguete, el nacimiento de Jesús obra atribuida a Juan de Flandes, el descendimiento de la cruz de Hans Memling (1430-1494). De Memling se conservan en el museo además: el díptico del descendimiento de la cruz, el llanto de las santas mujeres, la Virgen con el Niño en el trono y la Natividad. Otras obras en el museo son: Cristo en el huerto de los olivos de Sandro Botticelli y Cristo varón de dolores del Peruggino.