La vida del monasterio giraba alrededor del claustro reglar, al Norte se situaba la iglesia, mientras que por el flanco Oeste y unido por un pasaje se encontraba un segundo claustro conocido como de la Hospedería y la bodega o cilla. En la fachada Sur se encontraba el refectorio, la cocina, la biblioteca y otras estancias de diverso uso. Finalmente en el lado Este encontramos la sacristía, la sala capitular, el locutorio, el pasaje a la huerta, y también la escalera que lleva al conocido impropiamente como Palacio Real. Más allá se encontraba el tercer patio, el ala de novicios y la sala de monjes, toda esta zona ha desaparecido y en la actualidad solo resta un gran espacio vacío. En este páramo vacío solo queda en pie la torre circular exenta y solitaria con la fecha de 1634. En este tercer patio se podían encontrar almacenes, cuadras, talleres y las zonas de trabajo de los monjes legos. Por otra parte el claustro de la hospedería también ha desaparecido victima del tiempo, solo quedan restos que de alguna manera nos hace vislumbrar las formas del claustro y la superficie ocupada.

Iglesia monacal A finales del siglo XVIII la antigua iglesia abacial, de tres naves de cinco tramos cada una de ellas y con tres ábsides semicirculares escalonados es demolida y se construye un nuevo templo en estilo neoclásico. Poco es lo que queda de la iglesia tardorrománica original del siglo XII y XIII, parte de la nave lateral Sur, un tramo de los pies con gran óculo tardorrománico y en la fachada Norte, un conjunto formado por un tímpano decorado por una figura del Pantocrátor con el Tetramorfos, flanqueado por dos columnas-estatuas que dicen representan al rey Alfonso VII y el abad Florencio. Adosada a la fachada Norte junto a la nave del transepto norte la capilla-panteón funerario de la familia Rodríguez de Valcarce, gótica de los siglos XIII y XIV que guardaba los sarcófagos de esta noble familia en el interior de nichos abiertos en los muros.

La iglesia medieval se construyó en varias campañas edilicias, se considera como fecha de inicio de las obras el 17 de octubre de 1138 y después de cuatro campañas se dieron por terminadas en 1311, aunque consta que la iglesia fue consagrada y por lo tanto apta para el culto en 1187. La iglesia se cubría con techumbre de madera.

La actual iglesia es de nave única, cuatro tramos, nave de transepto con crucero, ábside semicircular con un tramo previo recto y capilla de testero plano adosada al ábside. En el ángulo Nor-Oeste encontramos una alta y delgada torre circular resto de la antigua fábrica medieval y que conserva en sus paredes exteriores varias rosetas helicoidales. Junto a ella encontramos la moderna torre campanario de planta cuadrangular realizada entre los siglos XVII y XVIII. En la base de la torre se puede leer una inscripción: 1692.

La iglesia fue construida según diseño del arquitecto leonés Francisco de Rivas y ejecutada por el aparejador Pedro Antonio Piñero, siendo el alma mater de las obras el abad fray Zacarías Sánchez Luengo († 1807 / abad entre 1799-1801) siendo iniciadas las obras en 1796. La obra sin embargo quedó inacabada a consecuencia de la Guerra de la Independencia de 1808 y a la desamortización de Mendizábal de 1835.

Dispone de dos entradas: la portada Oeste situada a los pies del templo, se abre en arco de medio punto abocinado con dos arquivoltas y guardapolvos ajedrezado. Las arquivoltas descansan en columnas acodilladas de fuste liso, capiteles decorados con elementos vegetales y cimacio con decoración geometrica. La portada dispone de un tímpano decorado con un escudo dividido en cuatro cuarteles con los símbolos de Castilla (castillo) y León (león). Por encima de la portada un gran óculo tardo-románico de la iglesia medieval.

La segunda portada y principal se abre en la fachada Norte y es de estilo neoclásico. Sobre un cuerpo adelantado se abre una puerta adintelada con una pequeña hornacina en la parte superior, hornacina hoy vacía. Este cuerpo adelantado abre al exterior a través de un gran arco de medio punto que cobija el conjunto.

En el lado izquierdo junto a la puerta vemos un conjunto un tanto fuera de lugar, un bajorrelieve con la figura del Pantocrátor en el interior de una mandorla, rodeada por el Tetramorfos, y flanqueándolo dos estatuas-columnas con la representación del rey Alfonso VII y el abad San Florencio. Bajo el conjunto la siguiente inscripción: "Efigies S.Florentti abbatis et Alfonsi imperatoris / quae ad principalem veteris ecclesia portam / collocatae erant", que se puede traducir como "Las efigies del abad San Florencio y de Alfonso emperador estaban colocadas junto a la puerta principal de la iglesia antigua". Ello nos indica que este conjunto estaba situado sobre la puerta principal de la antigua iglesia medieval, al ser demolida esta, probablemente se quiso salvar el conjunto dada la importancia de los dos personajes efigiados.

Capilla de los Valcarce o de los Valcarcel Fue fundada por el Adelantado Mayor de Galicia don García Rodríguez de Valcarce († 23-09-1328). Construida como capilla funeraria de esta poderosa familia del Bierzo que además de hacerse con la propiedad del monasterio, logró imponer a varios abades de su propia familia. La capilla se encuentra en la fachada Norte junto al brazo del transepto. En su interior se podían localizar los sepulcros en el interior de nichos abiertos en los muros, sepulcros hoy desaparecidos.

Una inscripción de uno de los lucillos nos dice: "Aqui iase Garcia Rodrigues de Valcar / cer Adelantado maior de / Galisia. Fiso esta capilla / morio a XXIII de setiembre / era de mil CCCLXVI annos", que se traduce como: "Aquí yace García Rodríguez de Valcárcel, Adelantado Mayor de Galicia. Hizo esta capilla. Murió a 23 de septiembre de 1328." Nota: La diferencia del año de defunción es porque en el texto se hace mención a la era hispánica (1366) y nosotros la hemos traducido a la era cristiana (1328) que usamos habitualmente. En la lápida figura además el escudo del linaje de los Valcarce.

En el siglo XVI los monjes de Carracedo retiraron el privilegio de enterramiento del linaje de los Valcarce, por el constante abuso que esta familia había ido ejerciendo sobre los bienes del monasterio.

Capilla de la Portería siglo XVI. Desde aquí hay acceso al claustro reglar enfrentada con salida a la Panda Norte y Oeste.

Claustro reglar Adosado a la fachada Sur de la iglesia, alrededor del mismo se disponen las distintas salas de la vida monacal. Edificado a mediados del siglo XVI con formas góticas y en ladrillo, sobre el antiguo del siglo XIII que fue demolido. Las pandas se cubrían con bóvedas de crucería estrelladas realizadas en ladrillo. Solo se conservan unos pocos tramos en el ángulo Sur-Este. Los nervios apoyan en ménsulas adosadas a los muros.

En el centro de claustro había una fuente, hoy llevada a la población de Villafranca del Bierzo y que es conocida como La Chata. El agua provenía del exterior a través de una canalización de piedra que vertía en la fuente y desde aquí a la cocina. La fuente estaba formada por varias tazas y tenía como remate la figura de una niña que sujetaba cabezas de peces por cuyas bocas salía el agua.

En el ángulo que forman las pandas Norte y Este encontramos la sala capitular y en este mismo lugar una puerta que accede a la iglesia, es la puerta de los monjes realizada en arco de medio punto y de hechura muy sencilla. La entrada da paso a la antigua nave Sur de la iglesia medieval que es de las pocas partes que han sobrevivido del templo medieval.

Sacristía siglo XVI Realizada en 1533 en un gótico tardío, se cubre con bóveda estrellada con terceletes. Comunica directamente con la iglesia por el brazo del transepto Sur.

Sala Capitular finales del siglo XII o principios del XIII. Se sitúa en la panda Este del claustro reglar. Encima de la sala se encuentran las tres estancias de la infanta doña Sancha, estas se componían de una sala dedicada a audiencias, después reconvertida en calefactorio y conocida como Cocina de la Reina, y otras dos salas mas pequeñas utilizadas como archivo y como antecámara del archivo.

La Sala Capitular se alza en estilo románico, su portada es original del siglo XII, pero sus bóvedas son tardo-góticas de crucería del siglo XVI. Se trata de una sala de planta cuadrangular sostenida por cuatro columnas centrales con capiteles decorados con temas vegetales y animales. Las cuatro columnas forman un total de nueve tramos a razón de 3x3. Las columnas aquí están un poco mas elaboradas porque los fustes están formados por la unión de pequeñas columnillas adosadas entre si. En sus muros podemos ver seis lucillos con arcos apuntados con sepulcros de abades hoy vacíos.

La comunicación con el claustro se realiza a través de una portada románica flanqueada por dos vanos. La portada central en arco de medio es abocinada, formada por tres arquivoltas molduras que apoyan en otras tantas columnas con capiteles decoradas de tipo vegetal y animal. Los ventanales laterales son de diferente tipo, mientras la situada a la izquierda es sencilla en arco de medio punto, la segunda es geminada, una columna central divide el espacio rematado en dos pequeños arcos de medio punto. En la portada central podemos ver como la arquivolta mas interior descansa en las jambas, las cuales se encuentran decoradas en la zona del capitel a modo de friso con formas vegetales.

Entre los abades de los que existe constancia de su enterramiento está el abad Diego († 1155) cuyo epitafio consta en la tapa del sarcófago, y otro abad llamado Bernardo.

Locutorio se cubre con bóveda de cañón de mediados del siglo XIII. La bóveda se sustenta en gruesos arcos fajones de medio punto apoyados en gruesas ménsulas. En uno de los lados podemos ver un arcosolio construido en ladrillo con una bancada para sentarse. El locutorio era el lugar donde el abad repartía los trabajos diarios a los monjes, ya que en el claustro estaba prohibido hablar.

Pasaje salida a la huerta se cubre con bóveda de cañón de mediados del siglo XIII. Hoy este paso se encuentra cegado.

Refectorio Situado en la fachada Sur del monasterio, es junto con la Sala Capitular la estancia que mejor ha llegado hasta nosotros. Se trata de una gran sala rectangular, fábrica original del finales del siglo XII del primitivo cenobio. Su cubierta es de bóveda de crucería con terceletes, realizada en el siglo XVI al mismo tiempo que se construía la antigua biblioteca sobre esta sala. Se conservan restos de lo que fue el púlpito de lectura. Hoy el refectorio está acondicionado como Museo del Monacato Berciano.

Cocina siglo XVII. Al fondo la despensa. La cocina era común para monjes y para legos o conversos. Desde el ángulo que forma la cocina y la despensa una escalera de caracol nos permite el acceso a las dependencias superiores donde se encontraban las habitaciones del monje cillero y a la biblioteca que se encuentra sobre el refectorio.

Claustro de la Hospedería Construido entre los años 1698 y 1716 en estilo barroco. Mientras que del claustro reglar nos han llegado elementos que sirven para hacernos una idea de su configuración, del claustro de la hospedería y del tercer patio han llegado muy pocos restos. De claustro de la hospedería se sabe que disponía de dos pisos. Del tercer patio nos queda por ejemplo un cubo contrafuerte realizado en 1634. El patio se encontraba cercado por dos alas de habitaciones dedicados a los novicios y por la sala de monjes por su lado Oeste, estos elementos ya desaparecidos. De la sala de los monjes solo ha llegado a nosotros la cimentación y que fue reformada en el siglo XVIII.

Palacio Real o Estancias de la Reina Es como se llama a tres salas que se encuentran sobre la Sala Capitular, el locutorio y el pasaje a la huerta, y reciben este nombre por que en ellas residía la infanta Sancha Raimundez en los periodos que pasaba en el monasterio. Las estancias que han llegado hasta nosotros son del siglo XIII. Se accede por una escalera del siglo XVI que parte desde el claustro reglar por su panda del Capitulo.

La primera sala es conocida como Sala del Abad u Oratorio. De planta rectangular, se ilumina con un gran óculo que asomaba al conocido como tercer patio, óculo muy visible desde el exterior por su gran tamaño. La sala se cubre con una bóveda de crucería nervada con clave, donde figura el tetramorfos y en el centro de una mandorla la Virgen en Majestad. También esta sala ha sido utilizada como Archivo.

Esta sala comunica con otra sala mas pequeña de planta cuadrangular a la que se le denomina antecámara o antesala y que tenía una función incierta. Esta se cubre con una bóveda ojival sobre arcos fajones apuntados que se apoyan en ménsulas decoradas con grifos y leones.

Desde el oratorio del abad se accede a la tercera sala, a través de una portada con tímpano en el cual está representada una escena de la Muerte de la Virgen rodeada por los apóstoles. Rodea la parte superior del tímpano una arquivolta en la cual podemos encontrar cinco ángeles músicos. Para acceder a esta sala es necesario subir tres escalones.

Esta última sala es conocida como Cocina de la Reina, sala cuadrangular iluminada por ventanas y óculos con tracería gótica que miran al interior del claustro. La sala se sustenta en cuatro largas y finas columnas de fuste liso alzadas sobre altos plintos y con capiteles de temas vegetales muy simples. Se cubre la estancia por una armadura de madera de reciente reposición en sustitución de la antigua que debía de ser también de madera y que se decoraba con escudos y dragones. Completa la estancia una chimenea realizada en 1630 para calentar la estancia, de donde toma su nombre la sala. También podría haber funcionado como sala de audiencias del abad y en el siglo XVIII fue utilizada como panera. Se ilumina con dos grandes vanos y dos óculos en su muro occidental y dos ventanas abocinadas en el muro Sur. Desde esta sala y a través de una triple arquería se accede al exterior de la sala a un espacio conocido como el mirador de la Reina.

Se trata de una terraza cubierta que a modo de balconada se abre al exterior por su fachada Este. La galería se abre con tres arcos, el central apuntado y algo mas estrecho que los laterales que son de medio punto. Los arcos formados por una arquivolta decorada con pequeñas bolas se sustentan en dos alargadas y finas columnas con capiteles vegetales. El acceso a este mirador se realiza desde el exterior por una escalera moderna ex-profeso para esta función. La puerta en arco de medio punto y enmarcada por dos pares de columnas que sostienen sendas arquivoltas, un óculo a su derecha y una ventana geminada apuntada a su izquierda.