Almoina o Almoyna es palabra vernácula que quiere decir limosna. La Almoina de la Seu fue una institución de caridad que daba socorro (principalmente alimento) a los necesitados de la ciudad. Sería lo más cercano posible salvando las distancias, a la actual Casa de la Caridad.

Creada en 1303 por el obispo de la diócesis Ramón Despont para dar alimento a los necesitados y pobres vergonzantes que habían en la ciudad. Un pobre vergonzante era una persona que sin ser pobre de solemnidad, -podía disponer de casa o bienes-, sus ingresos no le llegaban para subsistir. En ocasiones también eran conocidos como pobres ocultos, ya que su necesidad era escondida al resto de sus vecinos. Su primer administrador fue Ramón Conesa y tenía su sede en la plaza de la Almoina (hoy plaza de Décimo Junio Bruto), en el lugar donde hoy se levanta el Centro arqueológico de la Almoina. En razón a su primer administrador, al principio a la institución se le llegó a denominar la almoyna d'en Conesa.

En el lugar donde se abría la plaza de la Almoina, se levantaba la casa de un rico mercader: Bernat d'Esclapers († 1311) quien al morir sin descendencia dejó sus bienes a la institución de la almoina, entre ellos una casa junto a la catedral, donde quedó instalada la Almoina de la Seu en 1314, tal y como hoy la recordamos.

Al ser una institución creada por el obispo y por tanto eclesial, la administración y su mantenimiento estaba a cargo del cabildo catedralicio. Los fondos se obtenían bien por donaciones, bien por asignación de rentas de aquellos señoríos propiedad de la iglesia, como fue Benimaclet. Se tiene constancia que en 1472 el canónigo de la catedral, Vicent Climent, legó todos sus bienes a la Almoina de la Seu.

Con el tiempo la sede de la almoina, se fue ampliando con casas que atendían otras necesidades de la iglesia, así en la almoina se impartieron clases de gramática y teología, algunas casas se usaban como almacenes, viviendas del clero y era el lugar de residencia del pavorde-administrador de la almoina. En ocasiones se utilizó como refugio de aquellas personas que se acogían al asilo de la iglesia.

Ya en la década de los setenta del siglo XX, la almoina había dejado de existir como tal institución, pues su razón de ser hacía muchos años que se había perdido. Hasta ese momento los edificios que componían la almoina eran una serie de casas propiedad de la iglesia que tenían usos variados. Cuando finalmente los edificios fueron derribados, dio inicio hacia 1985 un periodo de excavaciones en busca de los orígenes romanos de la ciudad, que acabaron con el establecimiento de un centro arqueológico al que ya hemos aludido. En 2005 y antes de que se creara el centro arqueológico de la almoina, los terrenos fueron permutados por la iglesia y el ayuntamiento de Valencia, por el cual estos se quedaban con el terreno y a cambio a la iglesia se les cedía diversos terrenos en la ciudad para construir nuevas iglesias parroquiales.

En la actualidad la actividad de la Almoina de la Seu, ha pasado a ser realizada por Caritas, dependiente también de la iglesia y con otro modelo de financiación y estructuración más acorde a los nuevos tiempos. La almoina ha dado nombre a la puerta románica de la catedral situada en sus cercanías -era la puerta natural de salida hacia la institución- y dio nombre a la plaza de la Almoina por la que siempre ha sido conocida en Valencia.