La iglesia de San Sebastián es lo único que nos queda del antiguo Convento de San Sebastián, demolido poco después de 1835 a raíz del abandono del convento por parte de los monjes, como consecuencia de la orden de desalojo en aplicación de la ley de desamortización de Mendizábal. Durante la guerra de la independencia de 1808 los franceses ocuparon por dos veces el convento pues este se encontraba extramuros de la ciudad. Después de la desamortización de 1835 el convento es utilizado como fábrica de fundición de hierro y más tarde como almacén. En 1902 la iglesia es abierta como parroquia quedando intitulada a San Sebastián.

Este convento regido por monjes mínimos de San Francisco de Paula, fue erigido en 1533 sobre terrenos pertenecientes a religiosos jerónimos del Monasterio de la Murta de Alzira. El convento se levantó extramuros de la ciudad muy cercano a las Torres de Quart. El primer templo del convento fue consagrado en 1547 y persistió hasta 1725 en que fue demolido para construir la actual iglesia.

La parroquia de San Miguel fue erigida por el rey Jaime I el Conquistador a poco de la conquista de Valencia en 1238. Esta parroquia estaba situada en el Tossal, en el barrio del Carmen, hasta que en 1947 fue demolida y la titularidad de la parroquia pasó a esta, denominándose desde ese momento como Iglesia de San Sebastián y San Miguel. La parroquia de San Miguel se encontraba sin culto desde 1936 a consecuencia de los destrozos sufridos al inicio de la guerra civil. En 1947 la iglesia sufrió un derrumbe parcial y las autoridades municipales acordaron su total demolición.

De la antigua fábrica del convento de San Sebastián tenemos algún conocimiento por los dibujos de los planos de Mancelli (1608) y Tosca (1704) donde se nos describe con bastante precisión la planta del convento y su iglesia. La actual iglesia fue construida en fecha posterior a los planos citados, motivo por el cual lo que vemos representado en ellos es como hemos indicado la antigua fábrica y no la actual.

Situada en el barrio del botánico, la actual iglesia fue iniciada el 7 de septiembre de 1726 y finalizada el 29 de septiembre de 1739. Sobre planos de José de Cardona y Pertusa (1672-1732) discípulo de Tosca, fueron sus maestros de obras José Padilla que falleció en 1728 y su sobrino Jaime Padilla que prácticamente fue quien llevó el peso de la obra.

El templo declarado Monumento Histórico Artístico en 1981, está realizado en un estilo clasicista italianizante y vignolesco un tanto extraña a la tradición barroca valenciana propia de la época.

Su fachada principal formada por dos cuerpos de desigual altura, está estructurada con seis grandes pilares de orden gigante que sostienen un entablamento sobre el que se levanta el cuerpo superior. En el centro del cuerpo inferior se abre la portada barroca y en el lado de la epístola sobre la misma fachada se alza la torre campanario obra de Carlos Carbonell Pañella realizada en 1906 en estilo historicista. Esta torre sustituye a otra anterior que se encontraba situada en el mismo lugar. En la fachada flanqueando la portada principal se encuentran dos vanos que permitirían el acceso a dos habitaciones comunicadas con el vestíbulo de entrada. En la actualidad ambos vanos en forma de arcos de medio punto están cegados.

La portada de estilo barroco, está formada por dos cuerpos separados por una cornisa, dispone de una puerta adintelada a la que flanquean dos columnas dóricas que apoyan en un alto basamento. Remata este primer cuerpo un frontón curvo partido, de cuyo centro nace el cuerpo superior, que tiene un relieve con un símbolo eucarístico y un carcaj con flechas, símbolo martirial de San Sebastián. Flanquea este relieve dos pequeñas columnas jónicas y remata este segundo cuerpo otro frontón partido de menores dimensiones.

La iglesia es de planta de cruz latina con una sola nave de cuatro tramos, transepto no sobresaliente en planta, crucero, cúpula y cabecera semicircular. Dispone de capillas entre los contrafuertes comunicadas entre si. Estas se cubren con cúpulas de media naranja sobre pechinas y linternas. El presbiterio se cubre con bóveda de cuarto de esfera. La iglesia tanto en su nave central como las del transepto se cierran con bóvedas de cañón con lunetos. Las dos primeras capillas laterales del primer tramo a los pies del templo se cubren con bóvedas rebajadas sin cúpula por lo que su iluminación es muy deficiente. Dispone el templo de coro alto a los pies que se eleva sobre un sencillo vestíbulo cubierto a la entrada.

El crucero se cubre con una cúpula de media naranja sobre alto tambor octogonal que apoya sobre pechinas. El tejado de la cúpula está muy peraltado y cierra con tejas vidriadas de color azul. Sobre ella una alta linterna con cupulita. Vista la iglesia desde el exterior este conjunto es el que más destaca sobre la iglesia por su alto tambor. Las pinturas de las pechinas del crucero son obra de José Parreu (1694-1766) pintor valenciano del barrio de Ruzafa (pinturas suyas se encuentran en la Iglesia de San Valero y San Vicente Mártir de Ruzafa) y representan las cuatro virtudes cardinales.

En el muro exterior recayente a la calle Quart se abría a la altura de la nave del transepto una portada, que sería desmontada y reutilizada en la Iglesia de Santa Catalina de Siena (hoy Iglesia de Nuestra Señora del Sagrado Corazón) donde permanece en la actualidad. La entrada habitual al templo se realiza en lugar de la portada de los pies, por un paso situado en la planta baja de un edificio moderno de nueva construcción junto a la cabecera de la iglesia. La portada de los pies se abre generalmente en domingo y días festivos.

En el interior, la decoración se centra en los elementos arquitectónicos ya que los elementos muebles se perdieron entre la Desamortización de Mendizábal de 1835 y la Guerra Civil de 1936. Destaca el alto zócalo de sus paredes con azulejos de cerámica realizados hacia 1742. Asimismo la iglesia se alza por su interior sobre grandes pilastras estriadas de orden corintio. Las capillas laterales se abren a la nave central con grandes arcos de medio punto que apoyan sobre impostas.

Nada más atravesar la puerta principal entramos en un pequeño vestíbulo que da paso a la nave central de la iglesia. Las capillas que podemos encontrar son las siguientes: Empezando por la nave de la epístola y los pies son: (entrando a mano derecha)

• Capilla con cubierta de bóveda rebajada. Sin ningún tipo de decoración, solo alberga una mesa de altar y sobre ella en el muro un lienzo de la Virgen con el Niño.

• Capilla de la Virgen de los Desamparados. Capilla cubierta con cúpula de media naranja. En el centro del retablo de corte clásico una hornacina con una imagen de la Virgen de los Desamparados entre dos ángeles. Flanqueando el retablo, sobre sendas peanas, a la izquierda una escultura de San Vicente Mártir y a la derecha de San Vicente Ferrer.

• Capilla que se cubre con cúpula de media naranja y con un retablo en cuya hornacina central se encuentra una imagen de la Virgen María.

• Capilla de San Luis Gonzaga que se cubre con cúpula de media naranja y que alberga un retablo de corte clásico en blanco y dorado en cuya gran hornacina central encontramos una imagen de San Luis Gonzaga. Sobre la mesa del altar en una caja acristalada una pequeña imagen de San Antonio de Padua.

Siguiendo nuestro camino entramos en la nave del transepto en cuyo lado derecho encontramos un gran retablo de inspiración renacentista de la Inmaculada Virgen María. En el centro presidiendo el retablo la Virgen Inmaculada, en un nivel inferior y en el interior de sendas hornacinas a la izquierda San José y a la derecha Santa Teresa de Jesús con bonete de doctora de la iglesia, pluma, libro y la paloma del Espíritu Santo. Sobre la mesa del altar una pequeña escultura de la Sagrada Familia.

El Altar Mayor La cabecera es de planta semicircular precedida por un tramo recto. Se cubre la cabecera con bóveda de cuarto de esfera. El retablo de la iglesia desapareció en la Guerra Civil de 1936 y en la actualidad está decorada con pinturas al fresco realizadas por el pintor de Alcora nacido en 1926, Joaquín Michavila Asensi. En el centro del testero sobre el fresco observamos una escultura en madera policromada de Cristo en la cruz de 1,80 metros de altura obra de Octavio Vicent. Este Cristo centraliza las pinturas, ya que a ambos lados podemos ver en el lado izquierda una figura que representa a San Miguel Arcángel y en la derecha a San Sebastián, ambos titulares del templo. Bajo el Arcángel vemos un grupo de personas presididos por la Virgen María que se encuentran alrededor de una especie de púlpito que lleva el emblema del papado (tal vez los doce apóstoles), sobre ellos una inscripción latina dice: "Tu eres Pedro" ; en el lado derecho otro grupo de personas se juntan alrededor del emblema de la ciudad de Valencia. Por la parte superior del fresco en la imposta que separa el muro testero de la bóveda de horno, corre una inscripción en letras doradas que dice: "Yo soy el camino, la verdad y la vida". En la bóveda de horno encontramos una representación de la Gloria Celestial presidida por Dios Padre. Le acompañan elementos simbólicos como el Agnus Dei, el libro de los siete sellos o el tetramorfos (los cuatro evangelistas).

Presiden el Altar Mayor sendas esculturas de bulto redondo sobre altas peanas de San Miguel Arcángel y San Sebastián, titulares como ya hemos comentado del templo y que hasta no hace mucho tiempo se encontraban en otro lugar del templo.

Frente al retablo de la Inmaculada y continuando por la nave del transepto pero ya en el lado del evangelio encontramos:

La capilla de San Francisco de Paula. Se encuentra adosada al transepto de la nave del evangelio. Es de construcción un poco posterior al resto de la iglesia, tiene planta de cruz griega y se cubre con cúpula semiesférica octogonal sobre pechinas, con lunetos que permite la entrada de luz.

En su retablo se conserva un óleo sobre tabla de San Francisco de Paula pintada por Vicente Macip (* Andilla, Valencia ca. 1475 † Valencia 1550) de mediados del siglo XVI, mientras que las pinturas murales que decoran la capilla están realizadas por José Llacer en 1744. La tabla en origen se encontraba en el altar mayor del antiguo convento de mínimos de San Sebastián pero en 1725 fue trasladada a esta capilla levantada en su honor con motivo de la construcción de la actual iglesia conventual.

En la tabla de San Francisco de Paula vemos al santo napolitano de aspecto anciano que se recorta sobre un paisaje mientras señala un sol con la palabra CHARITAS. Se apoya en un bastón y en el suelo a sus pies una mitra, símbolo de la renuncia al poder. El santo fundó la "Orden de los mínimos franciscanos" o "Hermanos menores reformados". A los tres votos de pobreza que debían cumplir los franciscanos: castidad, obediencia y pobreza, el santo añadió un cuarto voto: la humildad; la mitra en el suelo tal vez pretenda aludir a este nuevo voto monástico.

Esta capilla es la mejor conservada de toda la iglesia y destaca en líneas generales por encontrarse enlucida en color blanco. En la pared de entrada a la capilla encontramos a la izquierda una hornacina con una escultura de un santo portando una cruz, la hornacina de la derecha permanece en la actualidad vacía. Las dos esculturas que ocupaban estos huecos son las que se encuentran en la actualidad en el Altar Mayor.

• Capilla del Sagrado Corazón de Jesús. Se cubre con bóveda de media naranja y alberga en el interior de un nicho abierto en el muro al Sagrado Corazón de Jesús. Sobre la mesa del altar urna-relicario con la Virgen de la Cueva Santa entronizada en la capilla en diciembre de 2014, obra del escultor valenciano Pedro José Arrue de Mora (Pedro Arrue). La Virgen de la Cueva Santa es patrona de los espeleólogos de España proclamada por el papa Pío XII el 28 de enero de 1955.

En los muros laterales de la capilla dos lienzos, el de la izquierda Cristo manifestándose a un sacerdote (tal vez el jesuita Bernardo de Hoyos) y el de la derecha de similares características, pero en este caso Cristo se manifiesta a una monja (tal vez Santa Margarita María de Alacoque).

• Capilla del Beato Gaspar Bono El espacio de la capilla lateral se abrió para dar paso a una nueva capilla, la dedicada al Beato Gaspar bono. La capilla de paso se cubre con bóveda de media naranja al igual que el resto de sus compañeras del templo. En la embocadura de la nueva capilla podemos leer una cartela sostenida por ángeles que dice: "Gaspar Bonus miles Christi Jesu" Ex. Epist. II Paul ad Timot Cap. II (Gaspar Bono soldado de Jesucristo). La capilla se cerraba por una verja dorada, la cual hoy ya no existe.

Construida entre 1786 y 1787 por el arquitecto Joaquín Martínez (* Valencia 1750 † Isla de León-San Fernando de Cádiz 24-10-1813) es un estilo académico. Fue construida como capilla funeraria para albergar los restos mortales del beato Gaspar Bono que en 1786 había sido beatificado por el papa Pío VI.

Está decorada con mármoles, estucos y dorados, mientras que la cúpula está rematada por una linterna cuyo tambor alterna cuatro óculos y cuatro medallones, estos últimos con los monogramas de Jesús, María, José y Charitas. En los plementos de la cúpula, pinturas realizadas en 1844 atribuidas a José Camarón Bonanat en alternancia con decoración de casetones. Recientemente se ha reconsiderado tal atribución y a falta de estudios más exhaustivos se considera que la obra hay que atribuírsela a Mariano Salvador Maella Pérez (Valencia 1739 - Madrid 1819).

Las cuatro pinturas al fresco realizadas sobre lunetos trapezoidales recogen momentos de la vida del beato Gaspar Bono. Así encontramos al Beato Gaspar Bono ante la Santísima Trinidad, El éxtasis del beato Gaspar Bono, El beato Gaspar Bono antes sus devotos y por último la Apoteosis del beato Gaspar Bono.

La capilla se alza sobre ocho pilastras dóricas de mármol, estas enmarcan cuatro paños adornados con cuatro medallones con decoración de talla del escultor académico José Cotanda Clemente (1758-1802). La decoración de la capilla se compone de dorados con elementos vegetales, máscaras, peces y otros elementos de corte fantástico. La capilla del Beato Gaspar Bono es de planta circular, tenía un camarín adosado (hoy desaparecido) al objeto de albergar sus restos mortales, está presidida por una talla de las conocidas de vestir del titular de la capilla. En el centro de la capilla encontramos la pila bautismal. Se cubre con cúpula de media naranja con tambor y linterna. La decoración del tambor alternan medallones realizados por Cotanda con pinturas de Camarón, estas últimas hoy desaparecidas y por tanto sus huecos quedan vacíos.

Los medallones de Cotanda antes mencionados están realizados en estuco y representan cuatro milagros atribuidos al beato Gaspar Bono. Bajo ellos una cartela explicativa del milagro y las circunstancias del mismo.

Sobre el nicho central que preside la capilla, hoy ocupada por una pequeña figura del Beato Gaspar Bono, se encontraba un lienzo bocaporte de Mariano Salvador Maella Pérez con una escena representando las Exequias del beato Gaspar Bono, óleo sobre lienzo realizado hacia 1786/1787 que en la actualidad se encuentra en el Museo de Bellas Artes de Valencia. El lienzo cubría el nicho donde se encontraba la urna funeraria con los restos del beato Gaspar Bono.

Con la desamortización de Mendizábal y el abandono del convento por los monjes, los restos del beato fueron trasladados a la Iglesia de San Nicolás. Desgraciadamente durante la Guerra Civil, la urna con su momia fue profanada y sus restos esparcidos. En la actualidad los restos que se conservan permanecen en la citada iglesia de San Nicolás.

• Capilla de San Pancracio. La capilla alberga un retablo en cuya hornacina central encontramos la imagen de un joven San Pancracio. Porta en una de sus manos la palma del martirio y con la otra señala hacia arriba. El libro que normalmente suele llevar lo han situado en este caso a sus pies. La capilla se cubre con cúpula de media naranja. Sobre la parte superior del retablo encontramos un circulo pintado con un libro donde se puede leer: "Venite ad me et ego dabo vobis omnia bona" (Venid a mi y os daré todos los bienes).

Sobre la mesa del altar una pequeña imagen del Sagrado Corazón de Jesús sentado en un trono, con la bola del mundo en una de sus manos y una corona a sus pies. (imagen que simboliza que el Sagrado Corazón de Jesús reina en esta casa).

• Capilla que se cubre con bóveda rebajada y que alberga un sencillo retablo de inspiración clásica con una imagen de Cristo en la Cruz.