En 1613 se construyó en el lado de la epistola, la capilla de la Comunión obra del fraile arquitecto Gaspar de Sent Martí (* Lucena del Cid-Castellón 1574 † Valencia 08-04-1644). Actualmente la capilla se cubre con bóveda de cañón con lunetos y cúpula. Para esta capilla nuestro fraile arquitecto también realizó el trasagrario. Asi mismo alargó en dos tramos la longitud de la iglesia hacia los pies, construyó un coro alto hoy desaparecido y dió comienzo a las obras de la fachada-retablo del templo.

Lo más interesante es la fachada recayente a la Plaza del Carmen, una de las mejores fachadas-retablo manieristas levantadas en Valencia. Fue realizada en dos fases: la primera que corresponde al cuerpo inferior, la llevó a cabo durante la primera mitad del siglo XVII el fraile arquitecto Gaspar de Sent Martí que en 1591 habia ingresado como carmelita en el monasterio. Sent Martí dotó a la fachada de un aspecto todavia bastante clásico y severo, en cambio tras su muerte en 1644, los arquitectos barrocos Juan Bautista Viñes y José Bonet ejecutaron entre 1701 y 1704 los cuerpos superiores siguiendo una estética mucho más recargada.

En el primer cuerpo tres columnas de orden jónico con fuste estriado, alzadas sobre un zócalo a cada lado de la puerta adintelada y dos nichos con sendas esculturas de José Esteve Edo colocadas en 1961 y que representan a San Simón Stok y a San Juan de la Cruz. Encima del dintel de la puerta el escudo de la Orden del Carmen.

En el segundo cuerpo, en el centro, una hornacina con la imagen de la Virgen del Carmen con el Niño en brazos. La flanquean cuatro columnas de orden compuesto también sobre zócalo y dos nichos con las esculturas de Santa Teresa de Jesús y Santa Magdalena de Pazzis, todas ellas fechadas en el siglo XVIII y salidas de la mano de Leonardo Julio Capuz.

En el tercer cuerpo o ático, un nicho flanqueado por dos columnas salomónicas con una escultura de San José y el Niño en brazos, obra también de Leonardo Julio Capuz sobre el 1720.

Capilla de Nuestra Señora del Carmen o de la Tercera Orden A la derecha de la portada puede verse como el muro toma una forma ondulada y sobre él destaca una cúpula con tambor y linterna: es la capilla de Nuestra Señora del Carmen, de planta oval, obra realizada entre 1774 y 1783 por Vicente Gascó Masot uno de los introductores del neoclasicismo en Valencia.

Con acceso desde el interior de la iglesia y desde la plaza del Carmen, esta capilla esta marcada por una sobriedad y elegancia clasicista a cuyo estilo se ciñen los relieves, obras de significativos escultores del dieciocho valenciano como Francisco Navarro, Pedro Juan Guisart y José Esteve Bonet. El interior está recubierto con estucos y mármoles y se ordena en base a doce semicolumnas estriadas de orden corintio adosadas al muro, alzadas sobre pedestales y unidas entre si por la parte superior por guirnaldas de flores doradas. Estas semicolumnas delimitan intercolumnios entre los que se disponen ocho nichos que antes alojaban esculturas realizadas por los ya citados Francisco Navarro y José Esteve Bonet y que fueron destruidas en la Guerra Civil Española de 1936. Hoy en día la imagen de la Virgen del Carmen que preside la capilla es obra de Pío Mollar Franch (* Valencia 1878 † Valencia 28-08-1953) realizada después de acabar la Guerra Civil. El lienzo bocaporte que cubre el nicho y la imagen de la Virgen es obra del pintor Manuel Diago Benlloch realizado en 1941 y representa a un ángel tenante portando el escudo del Carmen.

Las ocho esculturas que ocupaban los nichos han sido sustituidas por ocho pinturas al óleo realizadas por Manuel Diago y que representan a: Santa Teresa de Jesús, San Juan de la Cruz, San Andrés Corsini obispo, Santa Magdalena de Pazzis, Santa Teresita del Niño Jesús, San Francisco de Sena, San Alberto de Sicilia y Santa Teresa Margarita. En los intercolumnios en un nivel superior podemos encontrar diez relieves realizados en estuco, uno sobre cada uno de los lienzos antes descritos y dos más sobre la puerta de salida a la calle y el otro sobre la puerta interior al templo. Los relieves representan la Aparición de la Virgen de San Alberto de Jerusalén, la Virgen entrega el escapulario a San Simón Stock, el sueño profético de la madre de San Andrés Corsini, san Juan de la Cruz recibiendo la comunión por parte de un ángel, Aparición de la Virgen Inmaculada a Santa Teresa de Jesús, Aparición de Cristo a Santa Teresa de Jesús, Aparición de la Virgen a santa Marí Magdalena de Pazzis y Santa María Magdalena de Pazzis tentada por el diablo el que hace huir Santo Tomás de Aquino quien la corona de espinas.

La cúpula que cubre la capilla se decora con casetones de forma octogonal y florones, inspirados ambos en el renacimiento italiano. En la base del tambor de la cúpula podemos encontrar una serie de ocho pequeños lienzos al temple con representaciones de heroínas bíblicas en alusión a las virtudes de la Virgen María: Rut encarna la Pureza, Judit la Prudencia, Abigail la Fortaleza y Esther la Sabiduría. Completan el conjunto otros dos lienzos con la representación de la Virgen del Carmen como Virgen de la Misericordia y la Aparición de la Virgen del Carmen al papa Juan XII. Completan el total de los ocho lienzos, dos obras más, a modo de grisallas con representaciones de excelencias marianas.

Asociada a la historia de esta capilla se encuentra el hecho de la aparición milagrosa en 1341 de una imagen mariana conocida como Virgen de la Consolación o la "Moreneta del Carme". Se trata de una talla románica de la Virgen María en posición sedente y con el Niño Jesús en brazos. Según la tradición la imagen fue hallada en el lugar donde hoy se levanta la capilla, al oírse milagrosamente el tañir de una campana por las noches. Los monjes del convento lograron desenterrar la imagen, la cual se hallaba bajo la campana, siendo entronizada en un primer momento en una de las capillas de la iglesia y más tarde cuando se construyó la nueva capilla en el lugar del hallazgo, en su Altar Mayor. En la actualidad la imagen de la "Moreneta del Carme" se encuentra en el Convento de la Encarnación de la calle Balmes a donde fue llevada en 1840 al abandonar los monjes el convento.

Además de la talla titular de la Virgen del Carmen que preside hoy día el Altar Mayor de la capilla, tenemos otra imagen, copia de esta, que es la que procesiona en los distintos festejos que se celebran en las calles, la imagen procesional es obra de Luis Carlos Román López realizada en 1982 en madera y fibra de vidrio. Una característica de la Virgen del Carmen es que la misma no lleva al Niño Jesús en brazos, ya que lo habitual es que sostenga al Niño en brazos y el escapulario.

La Torre campanario comenzada por fray Gaspar de Sent Martí, fue paralizada a su muerte en 1644, para volver a ser retomada en 1647 por Juan de Yraola y Matias Coder. En 1741 José Minguez añade el cupulino ochavado barroco, cubierto con tejas blancas y azules que remata la torre y la veleta con el ángel.

Construida la torre campanario en piedra, tiene planta cuadrada. En el cuerpo de campanas se abre un arco de medio punto en cada uno de sus lados, flanqueados por pilastras estriadas de orden dórico. Sobre este, una balaustrada con adornos de bolas y llamas. En lo más alto de la torre una veleta que adopta la forma de un gran ángel de bronce y que se le conoce con el sobrenombre de "el angelot del Carme".

El nombre de sus seis campanas son las siguientes. La Matilde (1941), Cristo Rey (1941), Maria del Carmen (1940), El Vicent (1941) y la Santa Cruz (1941) y Elena (1940). Como podemos comprobar las mismas fuerón colocadas después de la guerra civil ya que las que poseia la iglesia desaparecierón durante el conflicto bélico.

En una de las capillas laterales encontramos el Retablo de las Almas, obra de Joan de Sarinyena, costeado por Dorotea hija del pintor Joan de Joanes. La tabla central del retablo desapareció durante la Guerra Civil.

Tambien podemos encontrar una pintura sobre tela de sarga pegada a tabla de Cristo Varón de Dolores (siglo XV), atribuida al maestro de Cabanes o a Vicente Macip.