En 1544 es nombrado arzobispo de Valencia, Tomás de Villanueva, quien al llegar a la diócesis, se da cuenta de la necesidad de formación espiritual y teológica de los nuevos sacerdotes, para ello funda un colegio y lo pone bajo la intitulación de la Presentación de Nuestra Señora. Este colegio vendría a ser un antecedente de otra futura fundación, en este caso por parte del arzobispo Juan de Ribera, y su colegio del Corpus Christi. El colegio de la Presentación de Nuestra Señora se estableció en la entonces plaza de las Barcas (hoy calle del Pintor Sorolla), teniendo como vecina la Universidad o Estudi General.

La fecha de fundación del colegio fue el 7 de noviembre de 1550. Los colegiales en número de diez, estudiaban artes y teología, estaban sujetos como no podía ser de otra manera a las constituciones fundacionales. Su objetivo era formar sacerdotes con estudios eclesiásticos, académicos y teológicos conforme a las exigencias del concilio de Trento (1545-1563).

En el establecimiento estudiantil, los colegiales repartían su tiempo entre el estudio y las prácticas religiosas. Disponían de capilla, refectorio o comedor común, y dormitorios individuales. Los becarios de este colegio eran conocidos entre las gentes como los "tomasinos". Si al principio la fundación estaba bien dotada económicamente, con el paso del tiempo los ingresos menguaban y las necesidades aumentaban, al final sus únicos ingresos procedían de donaciones particulares e instituciones caritativas.

En el plano del padre Tosca, se puede ver que el colegio articulaba su planta alrededor de un patio claustral central. Durante la guerra de la independencia el edificio fue destruido, al retirarse el francés, hubo que reconstruir nuevamente el colegio a excepción de la capilla que se había salvado. Este edificio del que quedan fotos obedecía a formas neoclásicas. La fachada principal del edificio recaía a la actual calle de la Universidad, la capilla lo hacía a la calle Pintor Sorolla y una tercera a la calle Salvá. La cuarta era medianera con viviendas particulares.

La portada de la iglesia estaba formada por dos cuerpos, en el inferior se encontraba la puerta adintelada entre pilastras de orden dórico, el piso superior estaba ocupado por un pequeño cuerpo con un pequeño tejadillo que protegía un tondo con un relieve de la Presentación de la Virgen en el templo de Jerusalén. Este bajorrelieve se atribuye al escultor Juan Bautista Borja (* Valencia 1692 † Valencia 1756).

En la guerra civil española (1936-1939) el edificio fue saqueado, ocupado por la CNT y usado para labores sindicales. Después de la riada de 1957 el edificio quedó muy dañado, por lo que hacia 1960 el colegio fue demolido y en su lugar se construyó un edificio destinado a oficinas y despachos profesionales. La primera piedra de este nuevo edificio fue bendecida en 1959 por el arzobispo Marcelino Olaechea. Uno de los extremos del edificio se dedicó a colegio mayor seminario. Las obras del actual edificio fueron llevadas a cabo por el arquitecto Juan José Estellés Ceba (* Valencia 1920 † Valencia 08-10-2012). Este nuevo colegio seminario se ubica en la calle Pintor Sorolla nº 15 duplicado y lleva por nombre "Colegio Mayor de la Presentación y Santo Tomás de Villanueva". En su portada es visible el bajorrelieve que disponía la antigua portada de la iglesia, ya que este colegio mayor recoge la historia y la tradición del antiguo colegio seminario, que al decir de algunos es el segundo más antiguo del mundo.