El Ateneo Mercantil de Valencia tiene como fecha oficial de fundación el 23 de marzo de 1879. Reunidos en el Colegio de san Pablo (actual instituto Luis Vives), un grupo de personas ligados al mundo de lo mercantil, crean una asociación recreativa y cultural enfocada a los empleados del comercio. Nace con un carácter apolítico con el fin de impulsar la vida comercial y empresarial de la ciudad. Sus cabezas visibles fueron Estanislao García Monfort (* Utiel, Valencia 1844 † Murcia 24-03-1907) y Eduardo Pérez Pujol (* Salamanca 06-03-1830 † Valencia 09-03-1894) aunque su primer presidente fue entre 1879 y 1881 Virgilio Beltrán Ibáñez (* Calamocha, Teruel 1858). García Monfort sería el cuarto presidente entre 1883 y 1893.

Los antecedentes del Ateneo los encontramos en la sociedad denominada "La Dependencia Mercantil", regida por los dependientes de comercio, existente ya en 1876 y que acabaría desapareciendo. Tuvo el Ateneo su primera sede en la calle Ruzafa nº 7; en 15 de noviembre de 1908 se fusionaron con el "Círculo Valenciano" y trasladan la sede social a los locales de esta asociación en la entonces plaza de San Francisco (hoy plaza del Ayuntamiento), lugar en el que continúan.

El Ateneo Mercantil impulsó las primeras escuelas de comercio donde se daban clases de aritmética mercantil, caligrafía, contabilidad, correspondencia comercial, teneduría de libros y los idiomas francés e inglés. Además celebraban certámenes de pintura y escultura, conferencias, música y actividades lúdicas festivas. El Ateneo facilitó la creación de la cámara de comercio de Valencia, las escuelas de comercio y la Bolsa de Valencia.

El acontecimiento más importante de la sociedad fue la celebración de la Exposición Regional Valenciana de 1909, impulsada por Tomás Trénor Palavicino (* Valencia 06-04-1864 † Madrid 1913). La exposición pretendía abrir Valencia al comercio exterior y a las innovaciones comerciales y mercantiles. Fruto de esta colaboración y a instancias del Ateneo Mercantil fue la creación del himno de la exposición, con letra de Maximiliano Thous Orts (San Esteban de Pravia, Asturias 30-11-1875 † Valencia 1947) y música del maestro José Serrano. Este himno ha llegado a convertirse en himno oficial de la comunidad valenciana. A raíz del éxito de la exposición, Tomás Trénor, que fue presidente del Ateneo entre 1908 y 1911 fue nombrado por el rey Alfonso XIII, como marqués del Turia.

Como reconocimiento a la gran labor cultural y comercial realizada por el Ateneo Mercantil desde su fundación, el Ayuntamiento de Valencia les concedió la medalla de oro de la ciudad y el consejo de ministros de España la declaró entidad de utilidad pública en 1970.

La primera sede social de la plaza del Ayuntamiento fue obra del arquitecto Joaquín María Arnau Miramón, tenía fachada a la entonces conocida como calle de San Vicente de la Chamorra, hoy de Moratín. Este edificio fue derribado en 1934 y en su lugar se construyó la sede actual. Durante la guerra civil española (1936-1939), el Ateneo pasó a denominarse Ateneo Popular Valenciano, bajo el control de las organizaciones sindicales. Después de la guerra la asociación siguió clausurada hasta 1952 y se tuvo que volver a refundar.