Entrada monasterio La entrada se realiza por la fachada de levante, a través de una portada renacentista del siglo XVII. La puerta adintelada tiene sobre la parte superior una hornacina en cuyo interior vemos una escultura de mayor tamaño que el hueco, del conde Fernán González a caballo y los pies del caballo dos musulmanes derrotados. Sobre la hornacina un gran escudo con las armas del monasterio. En el del dintel de la puerta se puede leer Año de, soli deo honor et gloria, 1643. El escudo del monasterio está formado por un castillo con cinco torres almenadas, dos llaves cruzadas unidas por una cadena y en la parte superior una cruz griega patada. Este escudo lo veremos representado en muchos puntos a lo largo de todo conjunto monacal.

La fachada es obra del maestro de cantería, el cantabro Pedro Díaz de Palacios, quien trabajó en las obras del monasterio entre 1629 y 1659, encargándose de las obras de la nueva sacristía, las reformas en la sala capitular con la construcción de la escalera monumental y el claustro pequeño o nuevo. Pedro Díaz fue enterrado en el suelo de la nave central de la iglesia, cuya lápida en el suelo de la iglesia aún se conserva.

Claustro nuevo o claustro menor Construido en el siglo XVII (entre 1633 y 1655) en estilo herreriano por Pedro Díaz de Palacios († 1659) en el mismo periodo constructivo donde se hicieron las grandes reformas en el monasterio. De planta trapezoidal guarda cierta semejanza con el claustro mayor, solo que este es más pequeño. El claustro se elevaba en dos pisos, del superior solo resta parte de una de las pandas, los arcos son de medio punto, a razón de dos arcos en sus pandas este y oeste, y tres arcos en las pandas norte y sur. Las pandas del piso inferior se cubren con bóvedas de arista, las del piso alto han desaparecido, pero se cree lo harían con estructura de madera. Esta zona era la dedicada a los monjes legos que se ocupaban de los trabajos manuales, era por tanto una zona de trabajo y sus salas se dedicaban a bodegas, almacenes etc. Junto a Pedro Díaz de Palacios, trabajaría en el claustro nuevo en labores complementarias, Pedro López Pierredonda.

En el centro del claustro se levanta un altísimo árbol, conocido como "pinsapo" de la familia de los abetos. Este árbol tiene una altura de 30 metros y fue plantado en 1840 por lo que tiene una edad de 180 años. El pinsapo no es un árbol autóctono de Burgos, fue traído al monasterio desde Grazalema (Cádiz), plantado en el claustro menor y aclimatado de forma extraordinaria en este claustro. Es todo un referente del monasterio y de una belleza espectacular.

Sala capitular Se encontraba situada en la planta baja de la conocida como torre capitular, perfectamente visible desde el exterior del monasterio. La torre capitular se sitúa junto a la sacristía en la cabecera de la iglesia y con entrada original por la esquina sureste del claustro mayor. Se alzaba con dos pisos aunque en la actualidad su interior está completamente vacío. La torre fue levantada a mediados del siglo XII, pero ha sufrido reformas parciales a lo largo de los siglos, en la actualidad ha quedado muy desdibujada de su función original. Destaca el banco corrido adosado a los muros donde se sentaban los monjes y los arcosolios que guardaban los sepulcros de los abades. Mientras el piso bajo de la torre capitular fue realizado a mediados del siglo XII, el piso superior se completó a principios del siglo XIII.

La torre llegó a tener dos pisos, dedicadas a diversos usos, entre ellos biblioteca y scriptorium y pudo ser uno de los más importantes del reino de Castilla. La sala superior estuvo dedicada a "sala palatina" y era conocida como "sala del tesoro", era el lugar de reunión donde reyes castellanos se reunían en ocasiones de tomar decisiones que afectaran al reino. También pudo ser utilizada como aposentos para personajes de la nobleza que se alojaran en el monasterio. Esta sala se encontraba decorada con pinturas murales tardorrománicas (principios del siglo XIII). Los motivos pictóricos hacían referencia a animales mitológicos, reales, fantásticos y a castillos, en la actualidad se encuentran repartidas entre el Metropolitam museum of art de Nueva York, el Fogg art museum de la universidad de Harvard en Cambridge, USA y el museo de arte románico de Barcelona.

La pintura del castillo y la del grifo junto al árbol de la vida se encuentran en el Museo de arte románico de Barcelona, el dragón con cola de serpiente y el león se encuentran en el museo de Nueva York. En total el museo de arte románico de Cataluña, posee siete fragmentos procedentes de Arlanza, siendo los antes citados los más representativos.

En el siglo XVII la torre capitular sufre una gran transformación, los dos pisos que la forman se unifican y la torre se cierra con una cúpula barroca hoy desaparecida, en la actualidad se cubre con una estructura de madera para evitar los daños por lluvia. Los muros se cubren con yeserías ocultando las pinturas murales, además se construye en la sala baja una escalera monumental para acceder al claustro alto del monasterio. Con el abandono del monasterio a raíz de la desamortización de Mendizábal de 1835, la cúpula barroca cae y las lluvias ponen al descubierto las pinturas murales lo que provocará que estas sean arrancadas y expoliadas, tal y como hemos indicado. Las obras de reforma de la sala capitular fueron realizadas por el maestro Pedro Díaz de Palacios. La construcción de la escalera monumental hace que la sala capitular pierda su razón de ser y se haga necesario eliminar el piso superior, la torre capitular se transforma entonces en una sala de paso.

Sacristía Realizada en la década de 1630 por el maestro Pedro Díaz de Palacios. De planta cuadrada, tiene acceso desde el interior de la iglesia por el ábside lateral sur a través de un pasillo en esviaje. La sacristía nueva está conformada en dos salas: la antesacristía y la sacristía. La antesacristía se cubre con una bóveda de cañón acasetonada y tenía comunicación con la escalera monumental que ocupaba el espacio de la antigua sala capitular. Sin embargo en la actualidad la visita se realiza a través de una corta escalera de nueva construcción con paso a través de la antigua sala del capítulo. La sacristía destaca por la bóveda semicircular de estilo renacentista apoyada sobre trompas aveneradas. En la clave de la bóveda podemos ver el escudo del monasterio. La sala en la actualidad alberga distintos elementos (lápidas, tapas de sepulcro, capiteles, trozos de columnas, cerámica etc.) restos todos ellos encontrados diseminados en el monasterio sin orden alguno. En uno de sus muros podemos ver la pila lavamanos.

Claustro mayor Construido hacia 1617 en estilo herreriano, se levanta sobre el anterior románico de mediados del siglo XII hoy desaparecido. El mismo se levanta en dos pisos y alrededor de este se distribuían las diversas salas que articulaban la vida diaria de los monjes. En la panda oeste se encontraba la sala del refectorio que ocupaba prácticamente toda la superficie del ala. El refectorio tenía capacidad para cerca de 200 monjes y junto al mismo en una sala anexa se encontraba la cocina.

En el centro del claustro se encontraba una decorada y elegante fuente, trasladada en 1931 a la ciudad de Burgos, en el Paseo de la Isla, es la conocida como fuente andina por la decoración de rostros que recuerdan a indígenas de los Andes. En la esquina del claustro con el acceso a la iglesia (ángulo noroeste) se encontraba el conocido como sepulcro de Mudarra y que como ya hemos comentado hoy se encuentra restaurado en el claustro de la catedral de Burgos. El sepulcro románico contenía los restos de Mudarra, hermanastro de los siete infantes de Lara, con una larga e interesante historia. El claustro mayor era lugar habitual de enterramientos en la Edad Media, este no iba a ser una excepción, y en sus muros podemos encontrar un sepulcro hoy vacío donde antes hubo un enterramiento y lápidas funerarias con inscripciones.

En la panda este del claustro el piso alto había desaparecido, dentro del proyecto de rehabilitación efectuado años atrás, se ha construido en la crujía que comparten ambos claustros, una estructura de madera que ha permitido crear unos espacios y una pasarela de madera laminada que hace de mirador sobre el claustro mayor y sobre el claustro nuevo, en la misma se han abierto toda una serie de salas, actualmente vacías pero que es proyecto que sean usadas en el futuro para usos culturales.

Iglesia monacal En el año 1080 (siglo XI) dieron comienzo las obras de construcción de la iglesia románica, siendo abad del monasterio Vicente (abad entre 1074 y 1089) y rey de Castilla, Alfonso VI el Bravo. Un epígrafe situado en el ábside de la epístola decía: ERA MCXVIII: SUMSIT INICIUM HANC OPERAM, este epígrafe hoy ha desaparecido pero se conserva una transcripción de la misma en el cercano monasterio de Santo Domingo de Silos. El año de la transcripción alude a la era hispánica en lugar de la era cristiana por la que nos regimos actualmente.

De la fábrica de la iglesia se citan a los arquitectos de origen franco: Osten y su hijo Guillelme. La iglesia se conforma en planta basilical de tres naves y cuatro tramos en cada una de ellas, cabecera con tres ábsides semicirculares precedidos por un tramo recto. El ábside central más grande y profundo que los laterales, estos se cubren con bóvedas de cuarto de esfera y los tramos rectos con bóvedas de cañón. El conjunto triabsidial se refuerza al exterior por gruesos contrafuertes de estructura prismática, realizados en las transformaciones góticas para soportar el peso de elevación de altura de los ábsides.

En el ábside lateral sur hubo una inscripción hoy perdida que decía: "Gobernando el abad Vicente, era 1119 (año 1081) hicieron esta obra Guillermo y su padre Osten" La primera fecha es de la era hispánica vigente en el momento de hacer la inscripción, la segunda corresponde a nuestra era cristiana.

Aún se conservan las columnas con capiteles decorados que sustentaban las bóvedas de los ábsides y los arcos triunfales de medio punto doblados apoyados en columnas pareadas. Los capiteles están decorados con motivos vegetales, geométricos y zoomorfos (leones afrontados, pareja de palomas y dos leones compartiendo una misma cabeza). La cabecera con los tres ábsides semicirculares, esbeltos y de amplios presbiterios, es lo mejor conservado de todo el conjunto. Destaca el ábside lateral norte que ha llegado casi al completo y es el mejor conservado. Los arcos triunfales se proyectan sobre columnas geminadas hasta una primera imposta ajedrezada que recorre toda la cabecera, para después continuar con los capiteles labrados hasta la altura de una segunda imposta pero esta vez con una sola columna. En los muros testeros de los ábsides se abren vanos aspillerados presbiteriales.

Las bóvedas de la iglesia se sustentaban en pilares cruciformes con semicolumnas adosadas, alzado todo el conjunto sobre podios cilíndricos, elementos estos últimos que es lo único que ha sobrevivido a la ruina del monasterio y que nos permiten entender la altura que debía tener el templo.

Entre finales del siglo XV y principios del XVI el abad Diego Ruiz de la Parra (abad entre 1483 y 1512) dio inicio a un periodo de reformas. Las obras fueron llevadas a cabo por el arquitecto Simón de Colonia (* Burgos ca. 1450 † Burgos ca. 1511) y su hijo Francisco de Colonia (* Burgos ca. 1470 † Burgos 1542) que modifican la iglesia con formas góticas. En una fuerte transformación del templo se igualan las naves en altura, se abovedan las naves quitando las cubiertas de madera por otras de crucería, se construye un coro alto sobre el nártex o pórtico de los pies, se levanta una torre linterna sobre el crucero y se eleva el ábside central construyendo una bóveda nervada espectacular, que desgraciadamente solo ha llegado a nosotros en foto. Los arcos formeros se hacen apuntados y se abren nuevas ventanas en los muros. Se pueden ver los arranques de los arcos que sustentaban las bóvedas, hoy ya desaparecidas por derrumbe. A la renuncia del abad Ruiz de la Parra, su sucesor fray Gonzalo de Arredondo Alvarado (abad entre 1512 y 1521) continúa las obras. Las mismas contaran con la ayuda económica de la Casa de los Osuna. En el muro del lado de la epístola se podía leer: "Ximon de Colonia me fecit, anno de 1507" y en la linterna "Francisco de Colonia me construyó, anno de 1525".

En la fachada lateral norte, a los pies del edificio, se encontraba la portada de acceso al templo, de estilo románico y que en la actualidad se encuentra en el Museo Arqueológico Nacional de Madrid. La portada románica está fechada a finales del siglo XI o principios del XII y actualmente está reconstruida en una sala del museo. En el muro de la fachada sur de la iglesia que apoya en el claustro mayor existieron dos puertas de acceso que fueron tapiadas y se aprovecharon para construir unos arcosolios para enterramientos.

El monasterio de San Pedro de Arlanza, ha sido lugar escogido por muchos personajes para ser enterrados, entre los principales el conde Fernán González y su esposa Sancha, y otros no tan famosos como los anacoretas san Pelayo, san Arsenio y san Silvano, todos ellos trasladados a la colegiata de san Cosme y san Damián en 1841. También se dice que los padres del conde fueron enterrados en el monasterio. En el suelo de la nave central frente a la capilla mayor, se pueden ver lápidas de enterramiento de distintos personajes, una de ellas lleva el báculo de una abad, una segunda lápida nos indica el lugar de descanso del arquitecto Pedro Díaz de Palacios.

En el ábside lateral de la nave de la epístola se encontraba una imagen de la Virgen María en posición sedente y que era conocida como Virgen de las Batallas. Fechada a mediados del siglo XIII, recibe su nombre por la falsa creencia que la misma era llevada por el conde Fernán González en todas sus batallas. Con la desamortización de Mendizábal de 1835 el rastro de la imagen se perdió hasta que en 1997 apareció en una sala de subastas de Nueva York en manos de un particular. El Estado español adquirió la pieza y actualmente se expone en el museo de Burgos que la tiene en deposito por el Museo del Prado.

Coro El coro se construyó en el periodo de reformas góticas, se sitúa a los pies del templo aprovechando el antiguo nártex del siglo XIII. Es una pequeña sala de 4,32 metros x 6,55 metros, abierta al interior del templo y que se encuentra algo más elevada que este, de ahí la pequeña escalera en semicírculo que se conserva en ruinas. Destaca la presencia de un gran óculo en el muro testero, hoy solo parcialmente conservado. La sala cumplía funciones de cámara funeraria en calidad de "enterramientos privilegiados" ya que aquí debieron reposar los cuerpos de Fernán González y su esposa Sancha hasta que los mismos fueron trasladados en 1274 al interior de la iglesia por orden del abad Domingo Fernández (abad entre 1271 y 1284). Los sepulcros fueron colocados en el centro del altar mayor, pero en 1369 el abad de turno considerando que los sepulcros molestaban a la hora del culto, los volvió a mover colocándolos en el lado del evangelio. Con la desamortización de Mendizábal fueron trasladados esta vez a la colegiata de Covarrubias. El sepulcro de Fernán González es una simple urna de piedra del siglo XV, con una tapa del siglo XIX. El sarcófago de su esposa es un sepulcro romano del siglo IV aprovechado para la ocasión. En el sepulcro destaca el típico medallón circular con una pareja y a ambos lados la decoración de estrígiles y bajorrelieves.

Torreón exterior En la fachada norte junto a la cabecera, se alza adosada al muro la torre campanario, construida entre finales del siglo XII y principios del XIII es por tanto algo posterior al templo. Fue levantada durante el abaciato de frater Ximeno. Al exterior destacan un conjunto de altas arquerías ciegas de arcos apuntados. La torre de planta cuadrangular adopta carácter defensivo, adosada a ella se encuentra un grueso y alto cubo por donde corre una escalera de caracol que permite el acceso al torreón. En el siglo XV en el programa de reformas de la iglesia se elevó en altura con un cuerpo de campanas, trabajos realizados por Simón de Colonia a finales del siglo. En cada una de las esquinas del piso alto encontramos escudos con las armas del monasterio. Hasta la construcción de la nueva sacristía, la planta baja del torreón cumplía funciones de sacristía.