Tiene la planta de esta iglesia, forma basilical, contando con tres naves separadas por columnas que sostienen arcos de herradura. El elemento más sobresaliente de la iglesia es el pórtico situado en la fachada sur, bellísimo, de doce arcos, enmarcados por un característico alfiz corrido. En el interior del templo encontramos una cabecera triabsidial, cada ábside con planta de herradura al interior y planas al exterior. Los ábsides se cubren con bóvedas califales de horno. Dispone de una nave transversal previa a los ábsides que ejerce de falso crucero.

Las tres naves del templo se separan por medio de columnas, cuyos capiteles, en su mayoría, son piezas reaprovechadas de edificios romanos o visigodos, sobre los que voltean arcos de herradura. La diafanidad del espacio interior se ve interrumpida por el iconostasio y los canceles que aíslan la cabecera tripartita del cuerpo de la iglesia, a la altura del falso crucero. Los capiteles carecen de cimacio. En la actualidad faltan los canceles centrales que debió tener la nave central en sus inicios.

Dispone de un falso crucero, presbiterio o zona de coro, si bien no acusado al exterior. En el interior separando las naves, se ofrecen una serie de cinco arcos y un sexto más ancho, limitado por canceles que forman un cuadrado perfecto. Esta zona que simula el crucero, estaba reservada en exclusiva a los monjes, los únicos que podían permanecer en ese espacio en el momento de la consagración del pan y el vino en el cuerpo de Cristo. Los canceles se complementaban con una serie de cortinajes que ocultaban el acto eucarístico del resto de los presentes que estaban en las naves del templo y que según el antiguo rito hispano no podían observar el milagro eucarístico.

Es interesante su iconostasio, que separa a los oficiantes, de los feligreses, limitado por tres arcos de herradura que se apean sobre dos columnas centrales. Los canceles están decorados con motivos vegetales, geométricos y zoomórficos.

Sobre la bóveda del ábside central y hasta la cubierta de la techumbre sorprende encontrar un espacio o estancia que recuerda los aposentos de las iglesias del prerrománico asturiano.

Los muros son de mampostería con sillares en sus esquinas, así como el paramento exterior del ábside central y la nave principal. Las naves laterales se continuaron de ladrillo y barro, quizás para aligerarla de peso. La iluminación de la nave central viene determinada por una galería de ventanas abiertas en el cuerpo alto de la misma, en total son seis ventanas de arquillos de medio punto a cada lados, los últimos no visibles desde el exterior, así como con dos celosías en los hastiales de la portada y del testero, parecidos a otros asturianos, y rematando las esquinas del tejado, modillones de rollo, de estirpe cordobesa adornados con rosetas y formas simbólicas.

La iglesia a excepción de los ábsides se cubre con una techumbre de madera realizada en el siglo XIV decorados con elementos mudéjares y escudos de Castilla y León.

En el lado sur, donde se supone estuvo el ya desaparecido claustro, está una de las dos portadas ahora accesibles, con arco de herradura, muy rebajado de tradición visigótica, sobre el que hay una inscripción de caracteres mozárabes, donde se consagra la refundación a san Miguel en el año 1050 por al abad Sabarico, que además nos dice que a él se le debe su apertura. La segunda puerta de características similares accede directamente a parte del crucero o coro.

La ventana del testero se compone de dos arcos de herradura labrados en una sola pieza, con columna central, y presenta quicio al interior para encaje de contraventanas, lo que indica que es reutilizada.

Fotos interior de la iglesia

San Miguel de Escalada es el triunfo de las arquerías mozárabes, con típico peralte de despiece desigual, sostenido por columnas monolíticas de mármol de traza visigoda; algunas con capiteles entregos de influjo asturiano. Fustes de mármol y capiteles unas veces rudos y desvastados, obra del siglo IX, que aquí se aprovecharon, recordando los de Gobiendes en Asturias. En otros casos, tallados para la iglesia, en mármol grasiento o en caliza los arremetidos en los muros, asi como las tres aras, más grande la de la capilla mayor, con exornaciones de animales y vegetales. Impostas molduradas rematan las jambas de los ábsides menores y los brazos del crucero; y recorren los muros, bajo las ventanas, frisos de dientes de sierra.

La mesa de altar del ábside central, es un tablero plano que tiene una inscripción que dice: + Hic sunt reliquiae recondite, id s(un)t de cruore d(om¡)n¡, de ligno Domini, de sepulcro D(omi)ni, s(an)c(t)e Marie, s(an)c(t)or(um) Petri et Pauli, s(an)c(t)i Andre(e) ap(o)st(o)li s(an)c(t)i Tome ap(o)st,(o)l¡, s(an)c(t)¡ Adríani, s(an)c(t)¡ luliani, s(an)c(t)or(um) Cosme et Damiani + s(an)c(t)i lacobi ap(o)st(o)li frati(is) s(an)c(t)i Ioannis.

Que se puede traducir como: Aquí están guardadas reliquías, a saber, de la sangre del Señor, de la cruz del Señor, del sepulcro del Señor, de Santa María, de los santos Pedro y Pablo, de san Andrés apóstol, de santo Tomás apóstol, de san Adrián, de san Julián, de los santos Cosme y Damián, Santiago apóstol, hermano de san Juan.

En uno de los ábsides laterales, la mesa de altar conserva un tablero con una inscripción que dice: +HIC SVNT RELIQ VIE RECONDITE SANCTE / MARINE ET SANCTE CECILIE ET SANCTI / ACISCLI ET SANCTI CRISTOFORI ET SANC / TE COLVMBE cuya traducción sería: "Aquí están recónditas (ocultas) las reliquias de santa Marina y santa Cecilia y san Acisclo y san Cristóbal y santa Columba". Esta lápida fue encontrada en unas excavaciones realizadas en el templo en el año 1874 y colocada en su actual emplazamiento como ara de altar.

Torre y panteón de los abades La torre situada en el ángulo sur-este, es de finales del siglo XI, de estilo románico y por tanto posterior a la iglesia. Unido a ella y formando parte inseparable se encuentra una nave rectangular que parece ser tenía en origen carácter funerario. La torre, tenía tres plantas, la planta baja se cubría con una bóveda hoy ya desaparecida. Destaca el ventanal que se abre en el muro oeste (sobre la puerta de entrada) con arco de medio punto en el que se inscribe un doble arco de herradura. Un muro hoy desaparecido comunicaba con la capilla propiamente dicha.

También conocida como capilla de san Fructuoso (san Fructuoso de Braga o del Bierzo, obispo, † Braga, Portugal 665) y también en menor medida, como capilla de san Gonzalo. La misma es de nave única con dos tramos, testero recto y con anterioridad con cubiertas abovedadas apuntadas realizadas en el siglo XV, hoy desaparecidas. La actual techumbre de madera fue realizada hacia 1895. La entrada a la capilla se realiza por la puerta que se abre en el pórtico de la iglesia y que da paso a la torre, pero la dispone de su propia entrada en su fachada sur con arco de medio punto. Su nombre de panteón de los abades, le viene por qué en ella eran enterrados los priores de la orden de san Rufo.

Fotos torre y capilla

Pórtico Situado en la fachada sur de la iglesia. El pórtico consta de doce arcos de herradura, siendo los siete más occidentales obra mozárabe del siglo X (hacia el 930) muy similares a elementos de la iglesia de Santiago de Peñalba lo que ha dado pie a pensar, que fue el mismo taller de escultura quien trabajó en ambos edificios. Los cinco restantes son añadido posterior con capiteles de mayor tamaño, y con una de sus caras planas, por haber estado adosados a un pilar o muro. Esta segunda fase del pórtico se considera es obra del siglo XI (hacia 1088). Los doce arcos del pórtico se apean en fustes de caliza fina con basas y capiteles corintios y cimacios de mármol blanco. Va cerrado el pórtico a su izquierda, por un pequeño muro de sillería, donde se abre una ventana geminada, con alfiz de esmerado trazado, y con los arcos de herradura determinados por un parteluz.

Ya hemos comentado que en el muro sur de la iglesia, en el pórtico, es donde se abren las dos puertas de acceso a la iglesia. Una tercera puerta se abre en el extremo oriental de la galería que da paso a la capilla de san Fructuoso, bajo la torre, y es de arco de medio punto, habiéndose utilizado en su tímpano un fragmento del cancel mozárabe. En este tímpano figura encastrada una lápida funeraria que dice: XIIII K(a)L(enda)S SEPT(em)B(ris) / OBIIT MARIA DIDACI / SOROR N(ost)RA que se traduce como: "A 13 días de las kalendas de septiembre falleció María Díaz, nuestra hermana”.

Junto a la puerta de acceso a la torre, en el propio pórtico, vemos un lucillo con un sarcófago o enterramiento del prior Raunulfo († 1260).