El rey visigodo Flavio Recesvinto fundó el 3 de enero del 661 el Monasterio de San Juan Bautista, del cual solo resta la iglesia que ahora comentamos.

Esta iglesia ha sufrido numerosas reconstrucciones a lo largo de su historia, no obstante los volumenes compactos, el aparejo irregular, las estrechas aspilleras con derrame abiertas en la parte alta del muro de la arcada que se alza en la nave central, dan fé de la antiguedad de esta construcción visigoda que, a pesar de las reconstrucciones, no ha tenido más aditamento que el campanario de españada. Se considera por ello que es la iglesia más original y española de todo el arte medieval visigodo.

El rey Recesvinto al regreso de sus luchas con los vascones y enfermo de una afección renal, se detuvo en estas termas (fuente de aguas medicinales) y como sintió una gran mejoria decidió construir una basilica dedicada a a San Juan Bautista en acción de gracias.

En el siglo VIII, durante la dominación musulmana Baños de Cerrato es parcialmente despoblada, y la basilica parcialmente destruida. A partir del siglo IX se vuelve a repoblar y en el siglo XII la basilica pertenece al patrimonio de la reina doña Urraca. Mas tarde perteneció a los monjes de San Isidro de Dueñas y posteriormente fue parroquia hasta el siglo XVI para pasar a ser ermita en el siglo XVII

A pesar de la invasión musulmana, la basilica de San Juan no sufrió excesivos daños por parte de los musulmantes, debido en parte, al gran respeto que la figura de San Juan Bautista inspira al Islam.

La excavaciones han llegado a la conclusión que en su planta primitiva disponia de un ábside central y dos habitaciones separadas a cada lado.

Estos compartimentos aislados eran las llamadas "Diaconium" y "Prothesis" de la liturgia primitiva: el uno servía para vestirse los diáconos y el otro para preparar el pan sin levadura las virgenes de la congregación.
La posterior remodelación gótica suprimió ese espacio libre y anuló los ambitos laterales visigodos, convirtiendo la planta de la iglesia, en un aula rectangular basiical de tres naves y cabecera triple con exterior recto o también llamado de testero plano. Por tanto el ábside central es visigodo, mientras que los laterales son de época gótica. La cabecera orientada al este.

Tiene unas medidas de 20 metros de largo por 13 metros de ancho, el ábside central tiene 3,90 metros de ancho por 4,30 metros de largo. El ancho de la nave central es de 4,20 metros.

Los muros estan construidos con sillares grandes y bien labrados, colocados a hueso (sin argamasa). La nave central sobresale en altura sobre las laterales. Las naves se encuentran separadas por arcos de herradura que se apoyan en columnas con capiteles corintios. En total ocho columnas de marmol, formados por basa, fuste y capitel.

La iglesia se cubre con techumbre de madera a doble vertiente, colocada en época moderna. El ábside central presenta bóveda de cañón y los laterales bóvedas de crucería góticas.

La entrada a la capilla mayor se hace a través de un arco triunfal apoyado en jambas lisas con impostas levemente inclinadas hacia dentro; los muros de la capilla tienen la misma anchura que el arco toral, de forma que la bóveda y el arco tienen unido el dovelaje; el arco lleva una moldura exterior decorada con pequeños tallos y hojas dentro de lengüetas, y en la clave tiene una cruz con disco central y brazos ensanchados y rematados por volutas; sobre todo esto, en el centro del muro, está la incripción de Recesvinto, y aún mas arriba, una banda decorada con un motivo de circulos secantes, que también se repite en las impostas de puertas y ventanas, y que forma una banda continua en la parte alta de la nave central, tanto por dentro como por fuera. De todo lo visible, lo visigodo es la parte central en la que se suceden el pórtico, la nave sobre columnas y la capilla, mientras que todos los restantes muros externos corresponderían a obras posteriores.

En el interior del templo, sobre el arco toral o triunfal se encuentra una inscripción colocada por el rey visigodo Recesvinto, enmarcada por cuatro mensulas y veneras, en la que dedica a San Juan Bautista el edificio en el año 699 de la era hispanica y decimotercero de su reinado, que es el 661 de nuestra era.

La fecha de la era hispanica que cita 699 hay que quitar 38 años con la datación histórica actual por lo que la fecha de consagración actual sería 661.

La lápida votiva esta situada encima del arco triunfal del presbiterio sobre la clave y por debajo del friso (imposta) que recorre los muros decorando la parte alta de la nave mayor. La piedra donde figura la inscripción es rectangular (98 cm. de ancha por 73 cm. de alta) y está sostenida al muro en el que se encuentra incrustada por cuatro ménsulas decoradas cada una de ellas en sus esquinas. Los canecillos representan circulos de radios curvos y figuras aquiliformes a sus costados. El texto de la lápida está tallado a bisel con trazos variables y desiguales y las letras se distribuyen a lo largo de seis renglones, con separación entre los versiculos. La dedicatoria de la lápida votiva está escrita en verso, en hexámetros posiblemente realizados por un poeta de renombre en la época de Recesvinto.

"Precursor del señor, mártir Juan Bautista poseé esta casa, construida como don eterno, la cual, yo mismo, Recesvinto rey, devoto y amador de tu nombre, te dediqué, por derecho propio, en el año tercero, despues del décimo como compañero inclito del reino. En la Era seiscientos noventa y nueve" (Traducción de P.Palol)

A destacar que en la iglesia hay dos replicas en yeso de la lápida votiva, una apoyada en la pared para que los visitantes puedan contemplarla de cerca, la segunda en su lugar original tal y como estuvo colocada. La original se encuentra en el Museo Arqueológico Nacional aunque la misma no está expuesta al público.

El templo se ilumina a traves de pequeñas ventanas en forma de herradura abocinadas, en el muro del fondo del presbiterio, en el hastial de la fachada por encima del pórtico y en la nave central por encima de las arcuaciones de los muros de la misma. En el ábside central encontramos una ventana central con arco de herradura con una vistosa celosía.

Un elemento caracteristico es, sin discusión, el arco de herradura, cuyos rasgos principales son la prolongación de la curvatura del arco un tercio del radio, despiece de las dovelas del centro; el último tercio del trasdós no sigue la curvatura del intradós. Hay que señalar que el canón del arco de herradura visigotico está tomado del arco de la puerta de ingreso al templo de San Juan de Baños.

Las columnas de la basilica son de marmol, problablemente reaprovechadas de algún templo romano anterior. Los capiteles de tipo corintio presentan hojas de acanto carnosas y redondeadas, con los detalles tallados en profundos surcos.

La decoración se reduce a los capiteles y los frisos decorativos. Ocho capiteles corintios soportan los arcos de separación de las naves, encuadrándose seis dentro de la tradición romana, siendo los dos de los pies del templo, más esquemáticos, propios de la estética visigótica. El resto de la decoración está formada por una serie de frisos, localizados en su lugar original, y un grupo de piezas reutilizadas en el extradós del arco del pórtico, aunque frecuentemente aparecen fragmentados o rotos.
Los motivos tallados a bisel a partir de un dibujo realizado con compás, presenta una composición homogénea y rigurosa en circulos secantes que dibujan cuatrifolios; un ejemplo sumamente ilustrativo del carácter geométrico de la ornamentación escultórica de los visigodos.

Sobre los arcos de separación de las naves se prolonga el muro de la nave central y se sitúan los pequeños arcos abocinados de las ventanas del templo, cuatro a cada lado. Por encima de las ventanas destacan los frisos esculpidos como impostas, ornamento que se encuentran tanto en el interior como en el exterior del edificio. La banda de frisos que marca la imposta del arranque de la bóveda de la capilla mayor repite un motivo de circulos tangentes, a modo de flores de cuatro petalos. A lo largo y por encima de este motivo corre un pequeño contario de tradición romana. Este dibujo adorna la parte superior de los muros de la nave central, extendiendose sobre la inscripción de la dedicación de la basilica situada en el arco triunfal y rozando la linea del extradós de las ventanas superiores.

El trasdós del arco triunfal está decorado con un friso de pequñas palmetas yuxtapuestas y una moldura a modo de contario, conteniendo en su piedra clave una cruz tallada a bisel, de tradición toledana por la forma de los brazos alrededor de un disco central. Por su parte la linea de impostas de las capillas laterales esta decorada a base de circulos entrelazados. En el aspecto decorativo también destaca la ornamentación de los cuatro modillones (salientes ornamentales) que enmarcan la inscripción fundacional por la que sabemos en que año fue edificada la iglesia. En este caso, la decoración se centra en una rueda de círculos curvos en su base, una palmeta, y dos cabezas de águilas en los laterales cuyas alas se unen hacia arriba cubriendo toda la parte superior de la piedra.

La decoración del pórtico es contemporánea a la escultura interior del templo, y el trasdós del arco de entrada también tiene la misma ornamentación que el del abside triunfal, incluso con la cruz patada de Malta en la piedra clave. En las dos piedras colocadas a la derecha del arco aparecen una venera o rosetón mal tallado y una hoja de acanto. Al igual que en el resto de los monumentos religiosos de la etapa hispanovisigoda de los siglos VI y VII la decoración del templo está realizada a bisel. Sin embargo las influencias romanas son claras en la decoración de los capiteles, ábaco, moldura de ovas y perlas y en el friso de acantos que bordea el arco triunfal.

En el suelo del ábside situado al norte, se conserva una primitiva pila bautismal, que, debido a sus dimensiones, más parece una bañera. Recordemos que en aquella época el bautismo se hacia por inmersión y era frecuente que los nuevos bautizados fueran personas adultas.

La puerta de acceso a San Juan, situada al oeste, está precedida de un portico abierto con un arco de herradura sobre el que se levanta la espadaña. El arco de entrada disponde de trece dóvelas talladas que forman en su parte más ancha un friso decorativo presidido por la cruz griega. El dintel de la puerta tiene tallado en su dovela central la cruz griega patada, mientras que los capiteles de las columnas del arco de herradura y el borde externo de las dovelas del arco están adornados con flores de cuatro pétalos.

La espadaña situada sobre el pórtico de entrada es moderna, colocada en el año 1865 y con una sola tronera y un pequeño arco de herradura.

Al interior de la iglesia a traves del pórtico se accede a traves de un vano rectangular con un dintel en madera.

Un San Juan de alabastro es la efigie titular, rota en dos fragmentos por los soldados franceses en 1808. Se encuentra en el museo parroquial y aparte de ser el santo titular del templo es patrón de Baños. Se trata de una escultura de 54.5 por 16 cm. labrada en alabastro blanco que algunos historiadores califican como romana, mientras que otros la sitúan en la primera mitad del siglo XV. Esta estatua no está esculpida por el reverso problablemente al ser plana estaba diseñada para ser adosada al muro. Los ligeros restos de color dorado que se conservan en el pelo hacen pensar que la escultura pudo tener policromia. En la talla aparece el santo con barba simétricamente ondulada y cabellos con largos mechones que caen hasta los hombros. El cuerpo de San Juan se presenta debilitado y cubierto con una túnica con pliegues y un manto. Sus piernas son delgadas y aparecen desnudas desde las rodillas hasta los pies. El santo lleva en su mano izquierda (de mayor tamaño que la derecha) el Libro de los Siete Sellos y el Cordero Pascual (Agnus Dei), mientras que con el dedo índice de su mano derecha apunta hacia el animal.

En el presbiterio de la iglesia se encuentra una reproducción en bronce de la corona votiva de Recesvinto, perteneciente al tesoro de Guarrazar y cuyo original se encuentra en el Museo Arqueologico Nacional en Madrid. Fue colocada en ese lugar al cumplirse el 13º centenario de la construcción de la basilica.

La corona es una pieza de oro y orfebreria de ancho aro con pedreria entre palmeta degenerada y en sus bordes superior e inferior destaca una estrecha greca alveolada de circulos secantes. Del borde inferior cuelgan 23 letras formando la palabra "Reccesvinthus Rex Offeret". La corona cuelga de cuatro cadenas formadas por cinco eslabones en forma de hoja o corazón calado. De la unión de las cuatro cadenas dimana una valiosa cruz de perlas y piedras. Las medidas de la corona son 86,5 cm. de alto por 21,5 cm.de diametro. La cruz tiene 15,5 cm. de alto por 7 cm.de ancho.

Esta corona proveniente del tesoro de Guarrazar en Toledo, hacia 653-672. En una placa de oro repujado, se han engastado piedras y cabujones al modo bizantino. Penden de ella una cruz y unas letras colgantes que componen como ya hemos dicho el nombre de Recesvinto. Este tesoro, junto con el de Torredonjimeno (Jaén), constituye una de las colecciones de piezas de orfebreria más importante de la Alta Edad Media europea.

Desde el año 1974, cada 24 de junio se celebra liturgia en la iglesia siguiendo el rito mozárabe. En el rito mozárabe la Sagrada Hostia se divide en nueve partes correspondientes a los nueve principales misterios de Cristo, desde la Encarnación hasta su Iglesia. Además, el Credo se dice despues de la consagracion y el padrenuestro antes, se leen textos del Antiguo Testamento y se comulga bajo las dos especies.