Iglesia monacal siglo XII. La iglesia fue consagrada por segunda vez en 1258, tiene planta de cruz latina, nave única de cuatro tramos, nave de transepto con crucero y cabecera triabsidial, el central más grande que los laterales. Se cubre con alta bóveda de cañón apuntado sobre arcos fajones dobles que descansan en pilastras adosadas a los muros. Los arcos que sustentan la bóveda apoyan en semicolumnas adosadas a los pilares con plintos de sección cuadrangular. Los capiteles se decoran con motivos lisos, vegetales y geométricos. El empuje de las bóvedas se transmite al exterior a través de contrafuertes. Las naves del transepto se cubren con bóvedas de crucería.

El interior del templo se encontraba decorado con pinturas murales hoy prácticamente desaparecidas. El coro ocupaba los tres últimos tramos a los pies del templo y se separaba del resto de la nave por un monumental paramento de trazas barroca.

Adosado al extremo de la nave de crucero, en su lado sur, junto a la portada románica, encontramos una torre de planta rectangular con aspecto militar y que es conocida como torre de señales. Por encima de la portada una espadaña de dos vanos con dos campanas. En el testero de esta misma nave de transepto, se alzaba una pequeña capilla hoy desaparecida, conocida como Capilla de la Trinidad. Fue mandada construir a expensas de doña María Ximénez Cornel condesa de Barcellós como panteón propio para los de su estirpe. Realizada entre 1350 y 1354 a su muerte en 1360 fue sepultada en ella. La condesa de Barcellós no llegó a profesar en la Orden Sanjuanista pero vivía en el monasterio y quiso ser enterrado en él.

El brazo sur del crucero centra el exterior con un ventanal formado por cuatro arquivoltas de medio punto abocinadas, que descansan en un total de ocho columnas. La rosca exterior sobresaliente del muro y decorada con motivos geométricos. Los capiteles se adornan con decoración vegetal, seres monstruosos y figuras humanas. Por encima de ella una deteriorada cornisa con una colección de canecillos.

La iluminación interior se resuelve a través de cuatro vanos que se abren en el muro sur, un único vano que se abre en cada uno de los ábsides y los cuatro que se abren en la linterna del crucero. El muro norte no dispone de ventanas por que en ese lado se encuentra el claustro.

Sobre el crucero se alza un cimborrio que se cubre con bóveda de crucería simple de sección rectangular y en cuya linterna se abren cuatro vanos que iluminan el interior.

En el interior, frente a la puerta de acceso, encontramos una capilla realizada en el siglo XVIII, puesta bajo la titularidad de la Inmaculada Concepción. Se cubre con una cúpula barroca de sección octogonal realizada en ladrillo.

Por debajo de los aleros del tejado corren una serie de arquillos que apoyan en ménsulas con decoración de animales, caras, piñas etc.

Cabecera Formada por tres ábsides semicirculares, en la actualidad sólo se conservan dos (el central y el del lado de la epístola). El situado en el lado del evangelio (norte) se demolió en el siglo XVIII para construir en su lugar una sala o panteón dedicada a enterramientos de monjas.

Al exterior, el ábside central abre en su centro un vano protegido por tres arquivoltas molduradas que descansan en dos estilizadas columnas con decoración vegetal y en sendos pilares integrados en el muro. La rosca más exterior es el guardapolvos que apoyan en columnas que sobresalen del muro del ábside y descansan en ménsulas. La rosca que forma el guardapolvos es la parte más decorada de toda la ventana. Bajo la cornisa del ábside una colección de canecillos recorre todo el perímetro del mismo. Al interior los ábsides se cierran con bóvedas de cuarto de esfera. En la actualidad el Altar Mayor se decora con una pintura del Pantócrator.

El ábside sur, más pequeño que el central, abre al exterior una ventana en su centro, formada por arquivoltas molduradas abocinadas que descansan en cuatro columnas en alternancia con los pilares que forman las jambas. Rodea el ventanal un arco de medio punto que a modo de guardapolvos encuadra el conjunto. Este descansa en dos columnas sobresalientes del muro que apean en ménsulas. El vano que ilumina el interior lo forma una estrecha aspillera. Por debajo del alero corre una serie de canecillos lisos bastante deteriorados.

El ábside norte puesto bajo la titularidad de San Juan Bautista, fue demolido para construir en su lugar en el siglo XVIII, una desafortunada construcción para enterramiento o panteón de monjas. Realizado en ladrillo, de planta cuadrada y con dos cuerpos de desigual altura, se alza sobre un zócalo de piedra. Fue mandado construir durante el priorato de María Josefa de Montoliu de Boixadors (entre 1771-1785).

El retablo barroco que se encontraba en el Altar Mayor fue quemado en 1936. Con anterioridad hubo un gran retablo, obra del conocido como Maestro de Sigena, activo en el monasterio entre 1515 y 1521. El retablo renacentista fue finalizado en 1519 para ser posteriormente desmantelado en el siglo XVIII para construir otro barroco. Realizado bajo el priorato de María Juana Ximénez de Urrea (entre 1510-1521). Parte de sus tablas se encuentras dispersas por distintos museos de España y del Extranjero, se han localizado un total de quince tablas de las muchas que debio tener.

Portada románica Situada en la fachada sur de la iglesia. Dispone de catorce arquivoltas muy abocinadas formadas por arcos de medio punto que apoyan en veintiocho columnas cilíndricas. Tanto las arquivoltas como los capiteles de las columnas no disponen de decoración. Se fecha hacia 1282 en tiempos del rey Pedro III el Grande (entre 1276-1285).

A la derecha de la portada encontramos un arcosolio formado por un arco de medio punto que albergó el sepulcro de Rodrigo de Lizana. Este noble murió en la batalla de Muret (1213) junto a su rey Pedro II el Católico (entre 1196-1213) que está sepultado en el Panteón Real de este monasterio. Osenda de Lizana hermana de Rodrigo de Lizana era priora del monasterio (entre 1202-1215) en el momento de la muerte de su hermano. Sin embargo los restos mortales del rey y del resto de nobles muertos en Muret no llegarían a este lugar hasta 1217. El arcosolio hoy vacío albergó el sepulcro del noble aragonés hasta mediados de los años 70 del siglo XX en que desapareció sin que hayamos vuelto a saber nada de él.

Panteón Real Fue una de las primeras dependencias en ser construida, antes incluso que la cabecera como suele ser habitual. Situado en una capilla abierta en el testero del brazo norte de la nave del transepto, Se encontraba bajo la advocación de San Pedro y el retablo de la capilla estaba dedicado a la la Virgen de la Piedad (siglos XVI-XVII), algunas de sus tablas las podemos encontrar en el Museo Diocesano de Lérida. El retablo era obra del conocido como Maestro de Sigena realizado en 1517 bajo el priorato de María Juana Ximénez de Urrea (entre 1510-1521) y su sucesora Lucrecia Porquet, cuyos escudos nobiliarios figuran en el retablo. En la predela se podía leer una inscripción con el nombre de la priora que mandó hacer el retablo y su fecha de finalización.

La capilla tiene trazas románicas y acogía las tumbas de la reina fundadora doña Sancha, su hijo el rey Pedro II y las infantas Dulce (hija de doña Sancha y monja del monasterio) y Leonor (1182-1226), condesa de Tolosa, casada con Ramón VI de Tolosa y también hija de doña Sancha. El hecho de haber sólo un rey sepultado en este panteón deja en entredicho su condición de Panteón Real.

Consta documentalmente que Ramón Berenguer hermano de Pedro II el Católico también fue sepultado en este panteón, pero no se han encontrado evidencias de su sepultura, por lo que queda en el aire si sus restos llegaron a reposar en el mismo.

Es una pequeña sala con pequeño ábside semicircular orientado al este y testero recto al exterior. En sus muros norte y oeste albergan una serie de cuatro arcosolios con arcos de medio punto y nichos donde se encontraban los sepulcros de la familia real a razón de dos nichos por muro. En total cuatro enterramientos. Exteriormente el panteón suaviza su pesada forma con unas pequeñas columnas acodilladas en cada una de sus esquinas rematadas por capiteles lisos. Por debajo del alero una colección de ménsulas sustentan la cornisa.

Además del panteón real, la iglesia fue lugar de enterramiento de nobles damas profesas de la Orden. En el brazo del transepto norte se hallaban el alto apoyados sobre ménsulas, las arcas sepulcrales realizadas en madera policromada de doña Francisquina d'Erill y de Castro fallecida en 1494 y de doña Isabel de Aragón de Urgel y Monferrato (hermana de Jaime de Urgel), fallecida esta última en 1434. Ambos sarcófagos se encuentran en la actualidad en el Museo Diocesano de Lérida.

Sobre el panteón real se construyó una torre que se abre al exterior mediante cuatro vanos con arcos de medio punto y cuatro columnas acodilladas en las esquinas siguiendo las formas del panteón inferior. La torre se cubre con una cubierta piramidal y se considera fue levantada con carácter funerario a modo de linterna.

El destino de los restos mortales de sus inquilinos es bastante tétrico, pues durante el asalto al monasterio en 1936, los anarquistas abrieron los sepulcros y esparcieron los restos a su antojo por el lugar. La momia de la reina Sancha que dentro de lo que cabe se encontraba en buenas condiciones, sirvió de pareja de baile para uno de los anarquistas que no encontró mejor manera de divertirse.

Claustro De planta cuadrangular, se sitúa adosado al occidente de la actual iglesia. Reconstruido parcialmente en 1974 por Fernando Chueca Goitia (1911-2004), en la actualidad sólo se conservan dos de las cuatro pandas (la sur y la este). Las dependencias monacales se distribuían alrededor del claustro.

La panda sur se introduce en los pies del templo formando el coro. También encontramos el refectorio, la cocina y un vestíbulo de entrada desde el palacio prioral aunque estas dos últimas dependencias en la actualidad han desaparecido.

En la panda este se encontraban los dormitorios de las dueñas o de cruces enteras y la sala capitular de finales siglo XII, que albergaba las famosas pinturas de principios del siglo XIII conocidas como Pinturas de Sigena y que se perdieron en gran parte en el incendio de 1936. Ese mismo año un técnico catalán José Gudiol arrancó las pinturas que se habían podido salvar y en 1960 Ainaud de Lasarte repitió la operación. Fueron llevadas al Museo Nacional de Arte de Cataluña en Barcelona donde teóricamente se conservan en depósito.

En el ala norte habían más dormitorios y además adosada una segunda ala dedicada a dependencias de la reina doña Sancha. En la panda oeste se encontraban el noviciado y el locutorio. Ya hemos comentado que estas dos últimas pandas han desaparecido en la actualidad.

Las alas del claustro se cubrían con bóveda de medio cañón y disponía de doce arcadas de medio punto por panda. Los arcos descansaban en columnas y capiteles sin decoración y al suelo en un banco corrido. Hoy día estas arcadas han desaparecido y en su lugar se han levantado unas burdas arcadas de ladrillo.

• El refectorio situado a los pies del templo, era una sala rectangular de 29 x 8,50 metros situada en la panda sur del claustro, que sustentaba su bóveda con diez arcadas apuntadas. En la actualidad se ha restaurado como capilla de uso propio de las monjas.

• La sala capitular fechada hacia 1196, se cubría con techumbre plana de madera dorada y policromada de estilo mudéjar que ardió en agosto de 1936 al mismo tiempo que las pinturas. La sala es una estancia de planta rectangular (16,88 x 8,44) que se cubre con cinco arcos fajones apuntados que forman seis tramos. Una jacena o viga maestra longitudinal recorre toda la sala dividiendo cada tramo en dos secciones. La entrada se realizaba a través de cuatro puertas de medio punto y se iluminaba mediante seis vanos, uno por tramo.

Las pinturas que decoraban todos los espacios de la sala fueron redescubiertas en 1882 ya que con anterioridad se encontraban tapadas por unos lucidos de cal y yeso. Las pinturas de la sala capitular realizadas al temple, se fechan hacia 1220. Por sus características denotan influencias inglesas aunque sus rasgos bizantinos hacen suponer que los pintores serían de origen italiano, enviados desde Sicilia por la princesa Constanza (1179-1222) esposa del rey de Sicilia Federico II Hohenstaufen. Constanza de Aragón, hija de los reyes de Aragón Alfonso el Casto y Sancha de Castilla contrajo matrimonio con el rey de Hungría, a la muerte de este, volvió a Aragón e ingresó en nuestro monasterio para volver a salir en 1209 para contraer segundas nupcias con Federico II convirtiéndose en reina consorte del Sacro Imperio Romano Germánico.

La temática pictórica está dividida en tres ciclos, así el ciclo del Antiguo Testamento, del Nuevo Testamento y la Genealogía de Cristo. Son de autor anónimo, al que habitualmente se le suele llamar como Maestro de Sigena. Eran pinturas en las que predominaban las tonalidades azules, verdes y amarillos.

El ciclo del Antiguo Testamento estaban formadas por un total de veinte escenas y se encontraban en las enjutas que forman los arcos fajones: La creación de Adán, la creación de Eva, la advertencia divina (la admonición), la tentación de Eva, la expulsión del Paraíso, el castigo divino (el ángel enseña a trabajar a Adán), el trabajo de Adán y Eva, ofrendas de Caín y Abel, muerte de Abel, construcción del Arca de Noé, entrada de los animales en el arca, el Diluvio Universal, la embriaguez de Noé, el sacrificio de Isaac, la destrucción del ejercito egipcio en el Mar Rojo, el pueblo de Israel ante la columna de fuego, entrega de las Tablas de la Ley, la Adoración del Becerro de Oro, Moisés hace brotar agua de la roca y la última la unción de David. Acompañan las escenas un conjunto de motivos vegetales y de animales que enriquecen la narración.

La advertencia divína	La tentación de Eva	La expulsión del paraíso	El castigo divino
El trabajo de Adán y Eva	Las ofrendas de Cain y Abel	La construcción del arca de Noé	La embriaguez de Noé
El sacrificio de Isaac	Camino de la tierra prometida	Entrega de las Tablas de la Ley	La unción de David

El ciclo de la Genealogía de Cristo se encontraban en el intrados de los arcos fajones que sustentaban la techumbre, a razón de catorce figuras por arco, lo que hace un total de setenta personajes que nos describen los antepasados de Cristo, desde Jesé (padre de David) hasta él mismo.

Las representaciones del Nuevo Testamento se encontraban en los muros perimetrales de la sala y estaban formadas por once escenas: La Anunciación, la Visitación, el Nacimiento, la Adoración de los pastores, presentación de Jesús en el templo, Tentación de Cristo, Resurrección de Lázaro, la Flagelación, la Crucifixión, María ante el sepulcro y Cristo descendiendo a los infiernos. En este ciclo faltan algunas escenas que en el momento de su estudio ya faltaban por haberse perdido en épocas más antiguas.

El nacimiento de Jesús	La presentación en el templo	La Anunciación

Después de la Guerra Civil las pinturas que no habían sido destruidas en el incendio, fueron arrancadas de su emplazamiento original y llevadas en 1945 al Museo Nacional de Arte de Cataluña donde se exhiben en una sala simulando una réplica de la construcción original. Por suerte la distribución original de la sala nos ha llegado por una acuarela del pintor Valentín Carderera (1796-1880) realizada en 1866, que nos permite imaginar la belleza y magnificencia de la sala capitular y sus pinturas, tristemente desaparecidas. La serie más amplia de pinturas recuperadas corresponde a la genealogía de Cristo de la que se lograron recuperar 24 pinturas sobre un total de 70.

Entre el patrimonio mueble que pudo salvarse destaca la silla prioral de Blanca de Aragón y Anjou que en la actualidad se encuentra en el Museo de de Lérida. No tuvo suerte la biblioteca y los archivos del monasterio que se perdieron para siempre.

• El refectorio. Sala rectangular que se encontraba a continuación del coro de la iglesia en la panda sur, y que estaba formada por un rectángulo de 29 x 8,50 metros, con diez arcos apuntados. En la actualidad es utilizado como capilla propia de actividades monacales. A continuación del refectorio se encontraba la cocina en la actualidad desaparecida.

• El dormitorio de las dueñas o de cruces enteras situado en la panda de levante era una gran habitación de planta cuadrangular. En la actualidad la techumbre que lo cubría ha desaparecido y sólo nos quedan las arcadas y nervios que la sustentaban.

• En las esquinas del muro norte del claustro, dos pequeñas torres llamadas la de la izquierda de Urriés y la de la derecha de Azcón, daban protección al monasterio. No hay que perder de vista que en el monasterio profesaban mujeres de la más alta nobleza aragonesa.

Palacio prioral Exterior al claustro y por su frente sur se situaba el Palacio Prioral y la Hospedería. Ordenado construir por la priora Blanca de Aragón en el siglo XIV. La sala más importante era la conocida como Salón del Trono, Sala de Recepciones, Sala del Palacio Prioral o Sala Pintada que de todas maneras se le ha llamado.

La sala recibió el nombre de Pintada, por las pinturas que la decoraban obra del cartujo fray Manuel Bayeu Subias, cuñado de Goya. Pinturas desaparecidas en el incendio de 1936 junto con el palacio. Las pinturas representaban los retratos idealizados de las prioras que tuvo el monasterio. De Manuel Bayeu se conservan pinturas murales en el presbiterio de la Catedral de Jaca. El salón del trono era una gran sala rectangular de 14 x 7 metros en la cual las monjas recibían a las visitas más importantes o trataban asuntos propios del señorío. La sala se cubría por un techumbre abovedada de madera reforzada por unos tirantes.

Conjuntos murales pictóricos Un conjunto mural es el que podíamos encontrar en la cabecera y concretamente en el ábside central. De los escasos restos que nos han llegado podemos apreciar la presencia de un Pantocrátor que existió hasta 1989 y que en la actualidad se desconoce su paradero. Fechado a mediados del siglo XIII, se considera obra posterior a las pinturas murales de la sala capitular. Otros muchos restos pictóricos se encuentran por los diversos muros de la iglesia, lo que nos permite inferir que todo el interior debía encontrarse decorado con pinturas al fresco.