El monasterio sigue la típica distribución de los monasterios del Cister. En este caso y dado que el monasterio es de clausura y femenino, adopta ciertas configuraciones especificas que no tienen los de la rama masculina. El monasterio se articula en torno a la iglesia con un eje Este-Oste, al Sur el claustro y alrededor de este todas las dependencias monacales. Las zonas de siervos y colonos a cargo del monasterio quedaban en el extremo Sur alejados de las zonas monacales y de clausura. La entrada a la iglesia se realiza por la fachada Norte, no siendo precisa ninguna portada monumental ya que el acceso de la población estaba vetado al ser de clausura y femenino. Todo el conjunto monacal se encuentra protegido por una considerable cerca o muralla de piedra que todavía se conserva en optimas condiciones.

No se conoce quien es el artífice de las obras del monasterio, por similitud y por ser contemporáneo del monasterio de Las Huelgas de Burgos, hay quien atribuye su construcción al maestro Ricardo, del monasterio de las Huelgas de Burgos o por lo menos a maestros de fábrica de este monasterio que ejercerían su influencia sobre este.

Entrada monasterio La entrada al recinto monacal se realiza a través de una portada estilo renacentista en la que se abre un gran arco de medio punto. Por encima de este, un entablamento con decoración de rosetas de flor sostiene un frontón triangular. En las enjutas que forman el arco se pueden ver dos pequeños escudos, en uno de ellos se puede ver la mitra y en el otro el báculo, atributos que ostentaba la abadesa del monasterio. Nada mas pasar esta entrada y sin solución de continuidad encontramos el rollo jurisdiccional y una espadaña sobre el edificio que queda a nuestra izquierda. Esta portada da paso a un amplio patio (patio del compás) alrededor del cual giraban todo un gran conjunto de edificaciones que eran casas, almacenes o establos donde se desarrollaba parcialmente la vida laboral diaria del personal no religioso al servicio del monasterio.

El rollo de justicia es del siglo XVI y da fe del hecho antes mencionado de disponer de jurisdicción civil y criminal sobre un total de once villas. No obstante hay que decir que este rollo fue traído a finales del siglo XIX desde su ubicación original en el Cerro de la Horca hasta este lugar mas protegido. Este cerro era el lugar donde se aplicaba la pena capital. A la izquierda podemos ver una portada en arco apuntado que da paso a una sala que era la antigua capilla de los ajusticiados, ya que en ella pasaban sus últimos momentos los reos antes de ser ejecutados. En la parte superior se levanta una espadaña de un solo vano con arco también apuntado de tradición tardorrománica. No tiene campana y el hueco permanece vacío. En el muro exterior de esta capilla un pequeño panel cerámico colocado en época reciente dice: Capilla de Forasteros. Este nombre le viene porque también fue usada como lugar de descanso y reposo de peregrinos y forasteros que estaban de paso. De todo este conjunto solo es original del siglo XIII la espadaña en piedra.

A nuestra derecha y al fondo de una amplia y cuidada zona ajardinada encontramos una serie de dependencias de uso privado. Destaca porque su edificio principal presenta en su centro un gran arco de medio punto flanqueado por dos leones y dos escudos junto al balcón principal. La planta baja abre al patio a través de una arquería que se conforma con seis arcos de medio punto en su lado Sur y una galería porticada adintelada apoyada sobre columnas en su lado Oeste. Ua inscripción en la fachada principal dice: "Esta obra se hizo el año de 1786".

Iglesia monacal de Santa María El templo fue consagrado en 1222 y actualmente se dispone en una falsa planta basilical de tres naves y cinco tramos en la central, nave de transepto y cabecera formada por un tramo recto y un ábside heptagonal en la nave central. Flanqueando el tramo recto dos pequeñas capillas o ábsides laterales de planta cuadrada y testero recto que se abren a la nave del transepto. El ábside central se cubre con una bóveda de cuarto de esfera reforzada por ocho nervios que confluyen en una clave central. Los nervios se apoyan en esbeltas semi-columnas adosadas en los vértices de los muros que recorren toda la altura del ábside. Flanquean estas columnas siete altas y alargadas ventanas apuntadas que dispone el ábside y que permiten la iluminación del templo, aunque las dos de los extremos están cegadas. El tramo recto que precede al ábside central y las dos capillas que la flanquean se cierran con bóvedas de crucería simple. A la cabecera le precede una nave transversal o nave de transepto no sobresaliente en planta. Estas se cubren con falsas bóvedas de crucería reconstruidas.

A partir de este espacio la distribución del templo cambia y se adapta a una tipología propia de un convento femenino de clausura. La nave central queda dividida del transepto y de la cabecera por un muro perpendicular al eje de la iglesia realizado en el siglo XVIII. En él se abren tres vanos con arcos apuntados, hoy acristalados, el central mayor que los laterales y que permiten la comunicación o separación entre ambos espacios. Cuatro de los cinco tramos que tiene la nave central quedan ocupados por el coro de monjas. Este se distribuye con una sillería en forma de "U" dejando el centro de la nave libre. Al fondo del coro de madera, una puerta abierta en la sillería permite el acceso al quinto y último tramo del templo ocupando el espacio conocido como trascoro. Este espacio de coro de la nave central está reservado en exclusiva para los rezos de las monjas y en la parte más cercana a la cabecera tiene una mesa para la celebración de la eucaristía.

La nave lateral del lado de la epístola (derecha según se mira hacia la cabecera) no existe, puesto que este espacio queda ocupado por una de las pandas del claustro. La nave del evangelio (izquierda) totalmente independiente de la nave central fue utilizada como una especie de galería o lonja de entrada desde el exterior, tanto por la puerta situada en la fachada de los pies, como la situada en el lado Norte. Este espacio quedaba independiente como entrada al templo sin tener ningún tipo de comunicación con la iglesia donde estarían las monjas de clausura. Esta galería parece que fue construida en dos tiempos, en un primer momento se construiría la portada y parte de la nave más cercana a la cabecera y se le denomina vestíbulo de fieles. En un segundo momento y probablemente debido a la necesidad de dar culto religioso a la población, la nave fue prolongada construyéndose un poco más ancha como fácilmente se puede apreciar. En el muro se abrieron tres grandes ventanales góticos y se cubrió con una techumbre de cielo raso, abriéndose el acceso de poniente como entrada general de los fieles. A esta parte se le suele denominar como Salón Norte. Ambos espacios que en principio estaban compartimentados fueron unificados formando una sola nave. Hoy día ha sido completamente restaurada.

A esta nave lateral se abren las dos únicas puertas de entrada al templo desde el exterior. La principal situada en la fachada Norte sigue la misma tipología que el resto de las puertas que podemos encontrar en el monasterio. Una portada con arco apuntado y arquivoltas que descansan en tres pares de estilizadas columnas acodilladas con capiteles de motivos vegetales muy bien trabajados. Las arquivoltas están decoradas con baquetones, siendo la exterior en forma de dientes de sierra y la mas interior en forma de baquetones cruzados.

La segunda portada situada a los pies del templo y que es la que podemos ver desde la entrada al monasterio, es mas sencilla y desarrolla un arco apuntado con guardapolvos.

El Altar Mayor no dispone de retablo, su iconografía se basa en tres esculturas exentas de bulto redondo realizadas en el siglo XVI, en el centro una imagen de Santa María y flanqueándola imágenes de San Bernardo y San Benito, personajes ligados al Cister y de gran predicamento en la Orden.

Claustro situado al Sur de la iglesia y construido a principios del siglo XIII. El claustro cisterciense sigue un mismo patrón prácticamente en todos los monasterios de la Orden. Cada panda o ala reciben un nombre propio. Vamos a seguir esta nomenclatura aunque hoy en día los espacios hayan perdido su sentido y las pandas ya no obedezcan a su función original. Panda Este (del Capítulo), Panda Sur (del Refectorio), Panda Oeste (de las conversas), Panda Norte (del Mandatum).

El claustro adopta forma trapezoidal, siendo la panda Sur la que se desvía en relación al resto. Dispone de dieciséis arcos por las pandas Norte y Sur, mientras que en la panda Oeste, su número aumenta a diecinueve lo que provoca su forma trapezoidal. La panda del capítulo fue reformada en el siglo XVI. Las pandas abren al patio interior a través de arcos apuntados que apoyan en columnas pareadas que descansan a su vez sobre un zócalo corrido solo interrumpido en la panda de las conversas por una salida al patio interior. La panda del capítulo sin embargo difiere de las tres restantes ya que las arquerías románicas tuvieron que ser derribadas en el siglo XVI y sustituidas por cinco arquerías góticas entre contrafuertes para soportar el peso de un piso superior construido en estilo plateresco. Las techumbres de las pandas se cubren con armaduras de madera. Los capiteles de las columnas se decoran con motivos vegetales de gran calidad artística y sin decoración figurada como suele ser habitual en el Cister. Es una decoración a base de motivos vegetales resaltados o filigrana ahuecada y hojas suspensas en al aire extraordinariamente trabajadas. Todo el conjunto de capiteles del claustro denotan un mismo estilo por lo que es de suponer que este debió realizarse en una sola campaña y con relativa rapidez.

Su actual configuración es el resultado de las reformas de mediados del siglo XX que le devolvieron su primigenia fisonomía, retirando las actuaciones sufridas durante el siglo XVIII y que habían deformado demasiado su configuración original. Las columnas angulares que personalizan este claustro fueron devueltas a su lugar original abandonando la Sala Capitular donde se encontraban desde el siglo XVIII.

De estas columnas angulares destacan la columna situada en el ángulo Nor-Oeste del claustro, por conformarse con un grueso fuste con estrías en forma de zig-zag y flores resaltadas en forma de rosetas. Los capiteles se decoran con formas vegetales esculpidas a trépano y con filigrana ahuecada. Además aún podemos encontrar una segunda columna con un fuste similar (ángulo Sur-Oeste) solo que en este caso la decoración del fuste es de estrías acanaladas sin forma de zig-zag, el capitel se decora también con formas vegetales. Son únicos en su genero y se han convertido casi en icono del monasterio. Es de suponer que en los dos ángulos restantes debían tener columnas de similares características pero al efectuar la reforma de la panda del Capitulo en el siglo XVI estas debieron desaparecer. Uno de los fustes desaparecidos lo podemos encontrar en la sala capitular a modo de pedestal que sostiene la figura en piedra de San Andrés. El claustro es prácticamente contemporáneo de la iglesia

La fuente que ocupa el patio central fue traída por el rey Pedro I de Castilla desde el monasterio de Sana Clara de Astudillo (Palencia). En el muro Oeste del claustro podemos ver encastrado en el mismo muro, una fuente del siglo XIV, destacable por la cabeza de león que sirven de mascarón y por una celosía. Se trataría de una fuente elaborada por elementos prerrománicos y románicos de distinta procedencia, lo que explicaría la diversidad de sus elementos y sobre todo la celosía que es tal vez la parte mas destacable del conjunto.

La Panda del Capitulo está ocupada por la puerta de monjas, un pasillo que permite la entrada al brazo del crucero y por una pequeña sala dedicada a sacristía, además naturalmente de la Sala Capitular de donde toma el nombre la panda. La entrada a la iglesia desde el claustro (Puerta de las monjas) se realiza por un portada en arco apuntado con tres arquivoltas molduradas, la arquivolta más exterior decorada con dientes de sierra, mientras que la mas interior lo hace con baquetones cruzados. Las arquivoltas descansan en cuatro columnas con basa y capiteles decorados con motivos vegetales. Esta puerta que da acceso a la nave central de la iglesia en la zona del coro, era de uso exclusivo de las monjas.

El pasillo de entrada a la iglesia por la nave del transepto, era el antiguo armariolum o lugar donde se depositaban los libros que las monjas utilizaban en su lecturas por el claustro. Desaparecida esa función se abrió como lugar de paso a la iglesia. Junto a esta, una pequeña sala hace funciones de sacristía, función que parece ser ha cumplido desde su origen con mayor o menor relevancia.

Le sigue la Sala Capitular y junto a ella dos estancias hoy desaparecidas o mas bien transformadas, el locutorio y salida a la huerta y una gran sala que bien pudieran haber sido los dormitorios de las monjas.

En el lado Sur se encuentra la panda del refectorio, por ser este lugar donde se encontraba esta estancia, además del calefactorio y la cocina. No obstante esta panda es la que mas ha sufrido el paso del tiempo y de su configuración original no queda casi nada, sin embargo sus salas siguen cumpliendo los mismos objetivos solo que adaptadas a los nuevos tiempos.

En el lado Oeste se encuentra la Panda de las Conversas, en este lado se encuentra la antigua cilla o almacén de víveres. Tenía salida al patio de compás, en la actualidad ya no cumple esta función. Esta parte de la panda era habitualmente zona de trabajo de las conversas y en ella se encontraban las estancias reservadas a las mismas. Tenían su propio acceso a la iglesia a través de una puerta abierta desde el claustro al trascoro de la iglesia. Por norma general las monjas de clausura no tenían contacto habitual con las hermanas conversas por lo que hacían vidas separadas. En el ángulo Sur-Oeste encontramos una estancia que era la antigua portería. En ella se encuentra la escalera que sube a los dos pisos altos del monasterio construidos en 1754.

Sala Capitular Situada en la panda Este, es de planta cuadrangular (10,15 x 10,20 metros de lado), su bóveda octopartita con clave central, se sustenta en ocho nervios que apoyan en cuatro semi-columnas angulares y otros tantos nervios en ménsulas apoyadas en los muros. La entrada desde el claustro se realiza a través de una portada en arco apuntado con tres arquivoltas de baquetones lisos. La flanquean cuatro ventanales de similares características. Las columnas que sustentan los arcos, son muy estilizadas y sus capiteles se decoran con motivos vegetales y florales. Las columnas se agrupan formando conjuntos de ocho columnillas que rodean a una central algo mayor. La clave central de la bóveda es un gran florón decorado con motivos vegetales.

En el muro Este se abren dos ventanales con arcos apuntados que junto con el acceso a la Sala son los dos únicos puntos de luz que penetran en la habitación. Adosado a los muros una bancada en piedra con dos gradas, y un respaldo en madera (siglo XX) permiten a las monjas sentarse en las reuniones capitulares.

En el centro de la sala se conservan los sarcófagos de Mencía López de Haro, abadesa y fundadora del monasterio y su sucesora y sobrina María Diaz de Haro. También podemos encontrar una gran escultura sedente de San Andrés, del siglo XIII, que preside la estancia sobre uno de los fustes angulares que ya hemos visto en el claustro y que fue retirado del mismo. Los sarcófagos se encuentran decorados, destacando el de la abadesa fundadora, pues en él además de ver repetidamente su escudo heráldico (dos calderos con cabezas de serpientes) podemos ver distintas escenas bíblicas: la Crucifixión, la Epifanía y la Natividad, esculpidas en una talla un tanto rustica. El sarcófago de María de Haro es más sencillo y solo lleva esculpido el báculo abacial que es común en ambos sepulcros. Ambos se alzan sobre peanas con forma de león. El escudo heráldico de la abadesa Mencía de Lara está formado por unos calderos (la familia Lara) y unas cabezas de lobo (la familia Haro). Se puede ver la figura de la abadesa en actitud orante en el frontal del sepulcro junto a los bajorrelieves con las escenas bíblicas. En el suelo de la sala se pueden ver cinco enterramientos de diversas abadesas del monasterio.

De este monasterio se conserva en la Biblioteca Nacional de Francia en París, un códice tipo beato, obra maestra de principios del siglo XIII. Se compone de 334 páginas y 69 ilustraciones y es conocido como el Beato de San Andrés de Arroyo. El beato era propiedad del monasterio y salió del mismo con la Desamortización de Mendizábal de 1836, para ser vendido posteriormente a Francia.