Iglesia monástica o abacial siglos XII-XIII. La iglesia se construyó en dos fases, en un primer momento que podemos situar hacia finales del siglo XII, se levantó la cabecera y se dio inicio a la nave transepto. Esta obra parece haber sido llevada a cabo por un maestro de obras de origen francés, tal vez de Gascuña o Borgoña. En una segunda fase entre 1214 y 1247 (siglo XIII) se levantó el resto del templo y todo parece sugerir la mano de un maestro de obras de origen hispano y no tan diestro como el francés. Esta segunda fase fue sufragada con fondos aportados por Rodrigo Ximénez de Rada (* Puente la Reina-Navarra ca. 1170 † Vienne-Francia 10-06-1247). Ximénez de Rada fue arzobispo de Toledo entre 1209 y 1247, aunque también fue canciller mayor de Castilla entre 1230 y 1247, por tanto un hombre con suficiente poder como para llevar a cabo el patrocinio y mecenazgo sobre el monasterio.

Como hemos comentado fue iniciada por la cabecera en el último cuarto del siglo XII (hacia 1175) y consagrada en 1247. En los siglos XVI y XVII se realizaron obras de ampliación o reforma en todo el monasterio, no estando el templo ajeno a este movimiento edilicio.

La portada principal, de un románico tardío, se sitúa a los pies del templo, está formada por cuatro arquivoltas de medio punto abocinadas que descansan en sendas columnas, siendo pareadas las del arco de ingreso. Los capiteles están decorados con motivos vegetales y alguna ave con plumas y sobre ellos vuela un cimacio corrido con decoración vegetal. La fachada se encuentra dividida en dos cuerpos horizontales por una moldura, en el inferior encontramos la portada y en el nivel superior un gran óculo de sencilla ejecución y formas molduradas.

El templo dispone planta de cruz latina, tres naves de seis tramos, nave de transepto, crucero y girola de planta semicircular con cinco capillas absidiales en disposición radial. Dispone además de cuatro pequeñas capillas abiertas en los brazos de la nave del transepto, a razón de dos capillas por lado. Estas capillas adoptan en su testero forma de ábside semicircular visibles al exterior, aunque las dos del lado de la epístola fueron modificadas al construirse en ese lado la sacristía.

Todo el conjunto de absidiolos presentan ventanas aspilleradas abiertas en el muro e insertas en arcos rehundidos en forma de medio punto. La ventana queda encuadrada con un arco de medio punto en forma de baquetón y sin capiteles. Este conjunto de aberturas y arquerías de la cabecera se destacan entre grandes y gruesos contrafuertes.

Las naves laterales al tener menor altura que la central abren en cada uno de sus tramos, una ventana en arco de medio punto que permite la iluminación interior a través de un fuerte derrame interior. Se completa el juego de luces con un oculo en cada uno de los extremos del transepto y otro en el hastial de los pies por encima de la portada.

La nave central se sustenta en seis pares de pilares que reciben el apeo de arcos fajones apuntados. Las naves se cubren con bóvedas de crucería simples con nervaduras de sección aristada, mientras que las capillas absidiales lo hacen con bóvedas de cuarto de esfera sin nervios. La capilla mayor se cubre con bóveda gallonada. Las bóvedas del cuarto, quinto y sexto tramo de la nave central se cierran con bóvedas góticas-renacentistas estrelladas realizadas a mediados del siglo XVI siendo abad del monasterio fray Martín Egües Pasquier (abad entre 1503 y 1540). Todo parece indicar que estos tramos se derrumbaron y hubo que volverlos a levantar, de ahí su cambio de estilo. Los arcos de comunicación entre el presbiterio y la girola se abren con arcos peraltados y arcos tumidos.

Las capillas absidiales disponen de embocaduras en arcos de medio punto y bóvedas de cuarto de esfera, no obstante por ser la capilla absidial central mas grande que las restantes, dispone de dos gruesos nervios aristados como apoyo a la bóveda.

Tiene el templo una longitud de 85 metros x 45 metros. La nave central alcanza una altura de 16 metros y las laterales de 7,60 metros. A finales del siglo XVI se construyó en los dos últimos tramos, un coro alto en sustitución del coro medieval que ocupaba la nave central. La sillería coral se distribuye en dos ordenes de asientos y no tiene ningún tipo de ornamentación. Fue realizada en 1601 por el tallista Esteban Ramos.

En la nave del evangelio y a la altura del primer tramo encontramos una gran capilla que exteriormente sobresale incluso sobre la nave del transepto, es la Capilla de la Virgen de Barda (Patrona de la villa de Fitero). Fue realizada entre 1732 y 1736 sobre otra anterior del siglo XVII para ser utilizada como panteón funerario del abad Placido del Corral y Guzmán († siglo XVII). De planta rectangular y dos tramos, el primero se cubre con bóveda de medio cañón con lunetos y el segundo con cúpula y linterna; el testero tiene forma poligonal y se cubre con una bóveda de cuarto de esfera. Conserva una rica y exuberante decoración barroca a base de yeserías y pinturas murales.

Preside la capilla un baldaquino barroco realizado en 1740, con cuatro columnas salomónicas y levantado para guardar al Cristo de la Guía. De hecho la capilla estuvo dedicada al Cristo de la Guía hasta 1918. Conserva una talla gótica de finales del siglo XIII de la Virgen de los Remedios, que aquí es conocida como Virgen de la Barda. Procede su nombre de una leyenda según la cual, una barda (una planta con espinas) se introdujo a través de una vidriera en el interior de la capilla rodeando con sus espinas los pies de la Virgen. La talla conserva restos de policromía y fue muy restaurada en 1965. El camarín de la Virgen es obra de 1918 y permanece oculta detrás de un cortinaje.

El altar mayor está presidido por un retablo de estilo manierista realizado hacia 1583 según trazas de Diego Sánchez. La decoración del retablo fue firmada por el abad fray Marcos de Villalba (abad entre 1590 y 1591) y el pintor Rolan Moys. Las pinturas sobre tablas fueron realizadas entre 1590 y 1592 por el flamenco Rolan Moys († Zaragoza 18-11-1592) y su ayudante Felices de Cáceres. La esculturas que completan el conjunto son obra del escultor Antón de Zárraga († Arnedo-La Rioja 1620).

El retablo se enmarca entre dos columnas acanaladas de orden gigante, se distribuye en banco, tres pisos y tres calles. La calle central dispone de un grupo de tres tallas del escultor Antón de Zárraga a razón de una por piso. En el nivel inferior está representada la Asunción de la Virgen, en el nivel intermedio, la coronación de la Virgen y en el nivel superior un calvario con la Virgen y san Juan. Completan el conjunto una serie de pinturas sobre tabla del flamenco afincado en Zaragoza Rolan Moys. A la izquierda de la Asunción, la adoración de los pastores y a la derecha la Epifanía o la adoración de los reyes magos. Flanqueando la coronación en el piso intermedio, cuatro tablas, a la izquierda san Lorenzo y san Benito de Nursia, a la derecha santa Lucía y santa Águeda. El tercer piso se reserva para dos tablas dedicadas a san Bernardo. A la izquierda la lactancia de san Bernardo (Lactatio Bernardi) y a la derecha Cristo en la cruz abrazando a san Bernardo. El banco está ocupado por siete casas, el central reservado al Sagrario, a los lados san Juan Bautista y san Juan Evangelista y las cuatro restantes por cuatro padres de la iglesia. En la base del retablo se abren dos puertas disimuladas que dan paso al trasaltar y que se encuentran pintadas con imágenes de san Pedro y san Pablo bajo veneras figuradas.

Junto a la cabecera en el lado de la epístola encontramos una gran sala, es la sacristía, realizada entre los siglos XVI y XVII. De planta rectangular y con tres tramos, se cubre con bóvedas de cañón con lunetos. En su interior las cajoneras y armarios se insertan en nichos abiertos en el muro en arcos de medio punto.

En el quinto tramo, lado de la epístola, se construyó una pequeña capilla que hace pared con el claustro. Es la capilla del bautismo, realizada en la segunda mitad del siglo XVI cuando las necesidades de la población de Fitero para recibir este sacramento la hizo necesaria, ya que como es de suponer este tipo de capillas no lo eran en un monasterio cisterciense.

Entre los retablos o altares de sus capillas laterales encontramos:

Lado evangelio:
• Retablo de la Purísima ca. 1590, nave transepto evangelio
• Cristo de la Guía, nave transepto evangelio de principios siglo XVII. Conjunto escultórico formado por Cristo en la cruz, y a sus pies san Juan y la Virgen.
• Retablo de santa Teresa de 1730, obra de José Serrano
• Retablo de la Asunción ca. 1570 atribuido a Diego González de San Martín
• Retablo de san Benito (principios siglo XVII)
• Retablo de san Ignacio de Antioquia (ca. 1600) con un lienzo del santo.
• Retablo de la Virgen del Rosario con una talla de madera policromada.

Lado epístola:
• Retablo de san Miguel (transepto) principios siglo XVII
• Retablo de san Raimundo (transepto) barroco ca. 1730
• Retablo de san Bernardo
• Retablo de san Ildefonso
• Retablo de san José barroco ca. 1700. Preside el retablo una imagen de san José y el Niño Jesús. En el ático encontramos un lienzo.
• Retablo de Cristo de la columna

Frente a la capilla de la Barda y en alto mirando la nave central, encontramos el órgano barroco, realizado entre 1657 y 1669. Obra del francés Nicolás Brisset por encargo del abad Fernando de Ferradillas. El mismo ha sufrido varias restauraciones incluidas las del siglo XX. Frente al órgano y junto al pilar del crucero encontramos el púlpito con tornavoz, obra barroca del siglo XVIII.

La torre campanario, de planta cuadrada, se alza en el extremo de la nave transepto por su lado de la epístola. Fue realizada en el siglo XVII con ladrillo y se caracteriza por su excesiva altura y estrechez. De tres cuerpos se remata con un chapitel octogonal. El tercer cuerpo aloja la sala de campanas y se abren sus vanos a los cuatro vientos.

Claustro siglos XVI-XVII. De planta cuadrada y dos pisos, el claustro bajo de estilo plateresco fue edificado en el siglo XVI, mientras que el claustro alto de estilo herreriano fue finalizado en 1613 (siglo XVII), siendo abad fray Ignacio Fermín de Ibero (* Pamplona ca. 1530 † Fitero 01-10-1612 / abad entre 1592 y 1612) según una inscripción que encontramos en uno de los frisos.

El claustro se sitúa al sur de la iglesia, comunicándose con aquella a través de una portada románica de medio punto, con dos arquivoltas sobre columnillas con capiteles decorados con elementos vegetales y piñas. El claustro se levantó sobre otro anterior medieval ya perdido.

El claustro bajo es de planta cuadrada con siete arcadas apuntadas y nueve tramos en la panda del capitulo, mientras el resto de las pandas presentan seis arcadas levemente apuntadas próximas al medio punto. Todas los arcos se separan entre sí por grandes y pesados contrafuertes exteriores. Los tramos de las distintas pandas se cubren por bóvedas estrelladas y terceletes.

El claustro bajo se construyó en dos fases, la panda oriental se levantó ca. 1536 y 1544, siendo abad fray Martín de Egües I Pasquier († 24-07-1540 / abad entre 1503 y 1540) mientras que el resto de las pandas se construyó entre 1561 y 1572 siendo abad fray Martín Egües II Gante (abad entre 1540 y 1580), sobrino del anterior. Intervinieron en las obras de la panda oriental, el cantero guipuzcoano Luis de Garmendia y el escultor de origen francés Baltasar Febre, también conocido como Baltasar de Arrás († 1544); en el resto de las pandas intervino el también guipuzcoano Pedro de Arteaga. Estas últimas pandas se caracterizan porqué los arcos no son tan apuntados como lo son la panda del capitulo. La heráldica del abad Martín de Egües I puede verse en las claves de dos de los tramos de las bóvedas de la panda del capitulo. La mayoría de la decoración escultórica se centra en los capiteles, ménsulas y claves de la planta baja: en ellos podemos ver: ángeles, mascarones, pájaros, motivos heráldicos e incluso algún personaje bíblico.

En el ángulo que forma la panda Norte y la panda Este encontramos la puerta de monjes, que servía de comunicación con la iglesia a la altura del primer tramo de esta. Es la puerta mas antigua de todo el conjunto monástico (finales del siglo XII) y tiene un crismón medieval de ocho brazos de los conocidos como trinitarios.

A los extremos de la panda del capitulo encontramos dos frisos esquinados con dos narraciones completas dando la vuelta a los pilares: uno de ellos narra la creación del mundo y la caída del ser humano. En el ángulo más cercano a la puerta de monjes encontramos un segundo friso narrativo con una larga procesión formada por monjes, eclesiásticos y laicos y que se cree que representa la procesión que tuvo lugar en 1523 con la llegada de varias arcas con reliquias al monasterio siendo abad Fray Martín de Egües I. En el mismo también se representa la figura del rey Carlos I de España a quien se atribuye la entrega de las reliquias.

En el ala Este dos pequeños huecos abiertos en el muro: son los armairum o huecos donde se guardaban los libros que se leían en el claustro. Junto a ellos encontramos la sala capitular.

El sobreclaustro se levantó entre 1590 y 1613 siendo abad fray Ignacio Fermín de Ibero, de estilo herreriano se abre en arcos de medio punto y responde al tipo herreriano carente de ornamentación. Una inscripción en uno de los frisos dice: Acabose la fabrica de este sobreclaustro siendo abad de este monasterio fray Ignacio de Ibero, año de 1613. Dispone de arcos que se abren al patio central en forma de medio punto en el mismo número que su correspondiente del piso de abajo.

A finales del siglo XIX se derrumbó una esquina del claustro y durante todo el siglo XX permaneció en estado de abandono, en la actualidad ha sido completamente rehabilitado y luce en todo su esplendor.

Sala capitular siglo XIII. Construida en 1247 al mismo tiempo que se construía la iglesia abacial, es por tanto contemporánea de la misma. Se abre al claustro a través de una portada en arco de medio punto abocinada con dos arquivoltas aristadas que descansan en un grupo de cortas columnas que se elevan desde el suelo con altos pedestales. Flanquean la portada dos ventanales en arco de medio punto de similares características. Los capiteles se decoran con formas vegetales, palmetas y piñas; por encima de ellos vuela un cimacio corrido decorado con ajedrezado jaqués.

Se trata de una gran sala de planta cuadrada dividida en nueve tramos cuadrados iguales a razón de 3x3. Las bóvedas de crucería con nervios de sección trilobulada se sustentan en cuatro gruesas y cortas columnas centrales exentas, elevadas sobre pedestales, ocho adosadas a los muros y cuatro acodilladas en las esquinas. Los capiteles se decoran con motivos vegetales, hojas, entrelazos, motivos geométricos, piñas y palmetas, todo ello en formas muy sencillas.

En el suelo se encuentran una serie de losas sin inscripciones donde era sepultados los abades del monasterio. En el muro testero en cada uno de los tramos una ventana en arco de medio punto con derrame interior en la actualidad cegadas. Adosado a los muros encontramos una bancada de madera con un asiento preeminente para el abad.

Junto a la Sala Capitular encontrábamos el locutorio (lugar donde el abad repartía los trabajos a los monjes) y la escalera que llevaba a los dormitorios de los monjes que se situaba en el piso superior a lo largo de toda la panda. Estos elementos desaparecieron en el siglo XVII al construirse el nuevo refectorio y en la actualidad estos espacios permanecen cegados.

Refectorio Situada en la panda Sur. De planta rectangular, en el siglo XVII se demolió su techumbre para levantar un segundo piso que se dedicó a biblioteca, por tanto original solo conserva los muros perimetrales, el arranque de los arcos de diafragma y algunas de las ventanas. Hoy el refectorio funciona como casa de cultura y exposiciones. Su techumbre completamente renovada está formada a base de un entramado de madera que difiere mucho de su fisonomía original. Esta sala está iluminada por ventanas abiertas en dos de sus muros. Tiene dos puertas, una que da a la galería del claustro y otra a la antigua cocina medieval.

Cocina Junto al refectorio y también en la panda Sur, es una pequeña sala cuadrada que al igual que el refectorio solo conserva original los muros perimetrales. La techumbre también está completamente renovada y su interior ha perdido completamente sus formas originales.