La Catedral divide su construcción en dos etapas. Una primera románica de tradición hispana y una segunda, que se prolonga hasta el siglo XV, que corresponde a un gótico de influencia languedociana (del Languedoc francés). Una catedral con planta románica y alzado gótico.

Comenzada a construirse según los cánones románicos y cistercienses, acabaría siendo finalizada a finales del siglo XV en un estilo ya gótico, por lo que es fácil advertir estos dos estilos en muchos elementos del templo. También podemos encontrar manifestaciones artísticas platerescas y barrocas. De planta de cruz latina, dispone de tres naves de cuatro tramos, la central más alta que las laterales aunque todas ellas de considerable altura, corta nave de transepto y crucero, cabecera semicircular profunda y girola poligonal. El coro ocupa el primer tramo de la nave central. La cabecera románica pentaabsidial (de cinco ábsides) fue reformada en el siglo XVI para construir una girola que sería terminada en 1606. Los muros de la catedral descansan al exterior mediante recios contrafuertes. Las bóvedas son de crucería simple, excepto en la girola que son de medio cañón. Sobre el crucero se alza un cimborrio de planta cuadrangular. Este originalmente fue construido en el siglo XIII y derribado en el siglo XV para ser nuevamente construido en el siglo XX concretamente hacia 1947. Las bóvedas de crucería apoyan en pilares cruciformes con numerosas pequeñas columnas adosadas a cada pilar, los capiteles se decoran con motivos vegetales.

Sobre ellos descansan los nervios de las bóvedas, los arcos fajones y los formeros. La Catedral tiene una longitud de 80 metros x de 31 metros de ancho en la nave del transepto. Los cinco ábsides originales de la Catedral se encontraban puestos bajo las advocaciones de: San Juan Bautista, San Agustín, San Pedro y Santo Tomás Becket, el ábside central quedaba reservado para la Virgen María titular del templo.

Fachada principal u occidental Construida a finales del siglo XII en estilo románico con añadidos posteriores neoclásicos y barrocos. La fachada está flanqueada por dos potentes torres de planta cuadrangular y cuatro cuerpos en altura separados por impostas. En los muros de las torres se abren alargadas ventanas abocinadas tipo saetera. Los cuerpos de campanas se abren al exterior mediante dos vanos con arcos semicirculares en cada uno de sus lados. Las torres se rematan con almenas con adornos de bolas que suavizan bien poco el aspecto militar de las mismas.

La torre de la derecha recibe el nombre de Torre de las Campanas o del Reloj. Tiene una altura de 40,5 metros, el último cuerpo fue realizado durante el obispado de Pedro Gómez Barroso (obispo entre 1348 y 1358) quien además hizo poner los escudos del rey de Castilla y León Pedro I y los suyos propios en los muros del cuarto piso. La Torre de la izquierda es la denominada de don Fadrique o de San Pedro. La concluyó Francisco de Baeza en el siglo XVI con una altura de 41,7 metros para igualar en altura a su compañera, siendo obispo don Fadrique de Portugal (obispo entre 1512 y 1532). Tiene en su muro la fecha de 1533 y el blasón del obispo Fadrique.

La portada central recibe el nombre de Puerta de los Perdones, se sitúa en el centro de la fachada entre dos grandes contrafuertes, es una puerta de estilo románico sobremontada por un cuerpo de estilo renacentista con un relieve barroco de la Virgen María imponiendo la casulla a San Ildefonso. Por encima de la portada un rosetón de doce radios del siglo XIII enmarcado en un gran arco apuntado ciego y rematando el conjunto una balaustrada en piedra con adornos de bolas realizada en 1725 en tiempos del obispo Juan de Herrera (obispo entre 1722 y 1726), cuyo escudo campea en el centro de la misma y que pone en comunicación ambas torres. En origen la puerta disponía de una columna parteluz con una talla de la Virgen María, parteluz que fue suprimido en 1713 al tiempo que se hace el relieve o medallón barroco superior. Las arquivoltas apoyan en columnas con capiteles con decoración vegetal. Las arquivoltas muy deterioradas carecen de decoración a excepción de la primera que tiene entrelazados geométricos. Las hojas de madera de la puerta son de 1625.

Las portadas laterales también románicas y de similares características, son de menor tamaño que la central. Por encima de estas, dos ventanas ojivales sin parteluz enmarcadas en sendos arcos apuntados ciegos que nos marcan la altura a la que llegan las naves interiores.

A la fachada le precede un atrio o recinto cercado por una reja realizado en 1536 cuando fueron demolidas las murallas de la ciudad. Es conocido como atrio de las verjas. Son veintiún pilares y columnas rematadas por leones tallados por Francisco de Baeza. La reja que cierra el espacio es obra de 1783, así como las dos puertas de forja en cuya parte superior podemos ver el escudo episcopal de Francisco Delgado Venegas (obispo entre 1769 y 1776) y una cruz de coronamiento que lleva la inscripción "M. Sánchez en fecit an.1783". Por el lado norte, el atrio se cierra por el muro del edificio de la Contaduría del Cabildo. Este edificio también era utilizado como Sala Capitular en invierno.

Fachada sur - Puerta de la Cadena o del Mercado La portada que se abre en su fachada sur dispone de un óculo o rosetón del siglo XIII. A la portada le precede un pórtico realizado por el italiano Luis Bernasconi en 1797 bajo el obispado de Juan Díaz de la Guerra (obispo entre 1777 y 1800) cuyo escudo episcopal aparece en el frontón de la parte superior. En este pórtico el provisor de la diócesis impartía justicia a la sombra de una alta torre militar conocida como del Santísimo, realizada en 1300 como torre-atalaya pero modificada a finales del siglo XVI. Fue restaurada después de finalizar la guerra civil de 1936. Esta torre también es conocida como Torre del Gallo y era la encargada de enviar señales al cercano castillo hoy Parador Nacional de Turismo en caso de peligro.

La puerta que se abre en esta fachada sur es conocida desde 1494 como Puerta del Mercado, antiguamente Puerta de la Cadena y fue realizada a finales del siglo XII en estilo románico. El nombre de la Cadena lo tiene porque una cadena de hierro cerraba el espacio donde el provisor de la diócesis impartía justicia. En esta fachada sur podemos encontrar algunos elementos que nos hablan de su pasado románico, como son: las ventanas en arco de medio punto, la colección de canecillos que adornan al alero de la fachada y una serie de arquillos ciegos de claras reminiscencias románicas.

Interior El crucero forma una base rectangular sobre la que se levanta el cimborrio. Las pechinas descansan en cuatro pilares con una estatua adosada a cada uno de los mismos representando a Isaías, Zacarías, La Virgen María y el Arcángel San Gabriel, obras del siglo XIV. La bóveda del cimborrio es de crucería octopartita y en sus lados abren ocho ventanales apuntados (dos por lado). El cimborrio es obra realizada hacia 1947 después de finalizada la Guerra Civil de 1936.

La nave central tiene una anchura de 10 metros y 27 metros de altura. Los techos se cubren con bóvedas de crucería simples, excepto en el tramo que precede al ábside y los brazos de la nave de transepto que lo hacen con bóvedas de crucería sexpartitas. La girola se cubre con bóvedas de medio cañón.

Las naves laterales en origen no disponían de capillas laterales, y así ha continuado en la nave de la epístola, no así en la nave del evangelio que de una manera más o menos forzada se han construido unas cuantas. En el lado de la epístola donde no hay capillas se han levantado diversos altares: Altar de San Bartolomé o de Santa Cecilia, Altar de Santa Ana, Altar de San Pascual Bailón y el Altar de Nuestra Señora de las Nieves. Junto a esta última, el sepulcro de Pedro García de la Cornudilla de 1462.

En esta catedral las naves laterales tienen nombre propio, así la nave de la epístola recibe el nombre de panda de San Andrés y la nave del evangelio recibe el nombre de panda de San Blas.

Las capillas comenzando a los pies del templo y por la nave del evangelio (izquierda) son:

• Capilla de San Pedro parroquial, a los pies del templo, ocupa casi la misma profundidad que el ala del claustro. Fue mandada construir en 1464 por el obispo Fernando de Luxán (obispo entre 1449 y 1465) y puesta bajo la titularidad del Corpus Christi. Entre 1531 y 1533 se llevan obras de mejora en la capilla ya que a ella es trasladada provisionalmente la parroquia de San Pedro de esta misma Catedral. Se construye en 1532 la portada de estilo plateresco, obra de Francisco de Baeza y se coloca una reja obra de Juan Francés. Sobre la parte superior de la portada encontramos un frontón curvo en cuyo interior encontramos el escudo del obispo Luxán flanqueado exteriormente por dos animales monstruosos sujetos en el centro por la cola.

La reja gótica de transición al plateresco y obra de Juan Francés, fue realizada entre 1532 y 1533. El dorado y la policromía corrió a cargo de los pintores Pedro de Villanueva y Francisco de Pelegrina. La restauración integral de la reja fue llevada después de la Guerra Civil Española, se le añadieron los frisos que separan los dos cuerpos de la reja y el superior que divide el coronamiento; estos frisos procedían de una antigua reja destruida que protegía el Altar de Santa Librada y que también era obra de Juan Francés.

Durante el obispado de Pedro Godoy (obispo entre 1672 y 1677) la capilla sufre una fuerte transformación y se pone bajo la titularidad definitiva de San Pedro como iglesia parroquial. El maestro de Sigüenza Pedro de Villa amplia y remodela entre 1675 y 1680 el interior de la capilla con el añadido de tres tramos con bóvedas de crucería estrelladas respetando así el gótico original de la capilla y dándole su configuración actual. Pedro de Villa a su muerte sería sepultado a la entrada de esta capilla.

En su interior encontramos el sepulcro gótico del siglo XV del obispo Fernando de Luxán. El sepulcro adosado al muro ostenta tres relieves en forma de friso con escenas de la vida de Santa Catalina de Alejandría. En origen el sepulcro se encontraba en el centro de la capilla pero al remodelarse y para no molestar en los oficios divinos fue adosado al muro.

El retablo principal está presidido por San Pedro en la parte superior y en la inferior en el centro la Santísima Trinidad realizada en madera policromada en 1861 por el escultor Mariano Bellver Collazos (* Madrid 1817 † Madrid 1876), siendo acompañado en el retablo por San José con el Niño Jesús y La Virgen del Carmen que flanquean la hornacina central de la Santísima Trinidad.

Junto a esta capilla una puerta conocida como de San Valero pone en comunicación el claustro con el interior del templo, es una portada gótica con elementos renacentistas y mudéjares labrada por Domingo Hergueta en 1503. Sobre el arco apuntado de la portada hay una hornacina que alberga una imagen de la Virgen, y a ambos lados, los escudos del Cabildo y del obispo Bernardino López Carvajal y Sande (obispo entre 1495 y 1519) bajo cuyo obispado se construyó la portada.

• Capilla de la Anunciación Con portada de estilo gótico-renacentista y detalles mudéjares. Su fundación data de 1515 por encargo de don Fernando de Montemayor provisor del cabildo y arcediano de Almazán. Alberga el sepulcro plateresco del canónigo Montemayor † 1521, de piedra policromada y con su escudo en el frontis. En el interior del arco, cuatro relieves de libros, dos de ellos abiertos y dos cerrados y en el tímpano del arco un busto del Salvador entre ángeles orantes.

La capilla también guarda en su interior el sepulcro del obispo Eustaquio Nieto Martín (obispo entre 1917 y 1936), obispo mártir asesinado en la guerra civil española. Este sepulcro copia parcialmente las características del canónigo Montemayor.

En su fachada, una de las mejores de la Catedral, podemos encontrar flanqueando el arco, las estatuas en piedra de San Miguel y Santiago Apóstol en el interior de sendas hornacinas. En las enjutas que forman el arco, escudos del fundador sobre fondo de lacería mudéjar. Por encima del arco en un friso muy ornamentado unos paneles con el escudo del cabildo en el centro y a ambos lados el arcángel San Gabriel y la Virgen María, en la escena de la Anunciación. Por encima de este friso toda una colección de pequeños escudos del fundador y del cabildo en alternancia y separados por lacerías. Y ya en la parte superior una decoración a base de mocárabes de tradición granadina. La portada realzada entre 1515 y 1516 es atribuida a Bernardino Bonifacio y a los escultores Pablo y Marcos. El coronamiento de la portada es un Calvario. La reja gótica es de Juan Francés del 1500.

El interior se cubre con bóveda gótica y preside la estancia un retablo de Juan de Orihuela de 1654. A la entrada en la capilla en el suelo lauda sepulcral del obispo Jesús Plá Gandia (obispo entre 1981 y 1991).

• Capilla de San Marcos adscrita al arte hispano-flamenco. Encontramos una decoración heterogénea de pilastras renacentistas, arabescos mudéjares y arcos polibulados góticos.

Alberga el sepulcro gótico del chantre Juan Ruiz de Pelegrina fundador de la capilla en 1497 y un retablo con seis pinturas de Francisco del Rincón realizadas en el siglo XVI con escenas alusivas a San Marcos y a Santa Catalina. En el muro y en el intradós del arco podemos encontrar escudos del fundador junto con una exuberante decoración plateresca. El interior se cubre con bóvedas de crucería con terceletes.

En el frontal del sepulcro de Juan Ruiz podemos ver el escudo del fundador y una representación del fundador de rodillas con San Marcos escribiendo su evangelio. Sobre la caja la estatua yacente del difunto. En el fondo del arco una representación de la Anunciación y un jarrón de azucenas.

• Sacristía de Santa Librada Junto a la Puerta del Pórfido. Se accede a ella a través de una puerta renacentista realizada por Francisco de Baeza. En el frontón triangular que adorna la parte superior podemos ver el escudo del obispo Fadrique de Portugal (obispo entre 1512 y 1532). En el pasillo de acceso a la sala encontramos la escalera de caracol que permite subir a la torre norte, gemela de la de su compañera del sur llamada del Gallo, aunque no llegó a ser finalizada por lo que su altura es igual a la de la nave principal. Tiene la sacristía una pequeña sala en el piso superior que se cubre con bóveda de medio cañón.

Continuando por la nave, nos acercaremos al brazo norte del transepto, y allí encontramos compartiendo espacio, la Portada de Pórfido, el Altar de Santa Librada y el Mausoleo del obispo Fadrique de Portugal.

• Portada de Pórfido o Puerta de jaspes En el brazo de la nave del transepto por el lado del evangelio encontramos la Puerta del Pórfido, es la puerta de entrada al claustro procesional. La portada formada por un arco de medio punto se articula en dos cuerpos. El cuerpo inferior donde se encuentra la puerta es de principios del renacimiento, construida a instancias del obispo Bernardino López de Carvajal y Sande (obispo entre 1495 y 1519), labrada en 1507 por Francisco Guillén, y finalizada por Francisco de Baeza y Juan de la Pozas en 1508. Realizada con pilastras jónicas en mármoles rojos y amarillo, sustituye a la anterior puerta existente. Sobre el dintel corre un friso con una leyenda alusiva al obispo Carvajal. Sobre este, un frontón semicircular en cuyo interior encontramos el escudo del cardenal Carvajal. Coronando la portada el escudo del cabildo (un jarrón de azucenas).

El segundo cuerpo tiene un carácter decorativo y monumental, fue realizado por el obispo Fadrique de Portugal (obispo entre 1512 y 1532). Se trata de un cuerpo decorativo plateresco centrado por la presencia de Dios Padre en el interior de una hornacina. Apoyados sobre los flameros, dos animales monstruosos rampantes que sujetan una cinta que sostienen a dos niños sentados en la cornisa. Sobre la cornisa el escudo del obispo Fadrique de Portugal Noreña bajo cuyo pontificado se hicieron las reformas platerescas.

• Altar de Santa Librada Junto a la Puerta de jaspes, se encuentra el gran retablo en piedra de estilo plateresco, realizado entre 1515 y 1518 en honor de Santa Librada. Formado por tres pisos, ático y predela es uno de las joyas de la Catedral. En el interior de una hornacina del piso superior encontramos una urna en piedra y dentro, una caja de madera chapada de plata repujada con imágenes, urna realizada en el siglo XIV y que contienen los restos de la santa. La mazonería del retablo es diseño de Alonso de Covarrubias pero fue ejecutado por Francisco de Baeza, mientras que las seis pinturas sobre tabla del piso inferior son obra de Juan de Pereda (activo entre 1506-1536), y narran diversas escenas de la titular del retablo. El retablo fue mandado hacer por el obispo Fadrique de Portugal (obispo entre 1512 y 1532), se divide en tres cuerpos horizontales, en el inferior bajo un arco de medio punto encontramos las pinturas de Pereda, mientras flanqueando los arcos encontramos ocho pequeñas esculturas que corresponden a las ocho hermanas de Santa Librada que fueron martirizadas junto a ella. En el cuerpo intermedio encontramos la urna con los restos de Santa Librada y en la parte superior un altorrelieve con la Virgen María rodeada de ángeles. El ara o altar que se cobija en el gran arco central ostenta en su frontal tres paneles representando el central la Cruz de Cristo y a ambos lados ángeles con candelabros.

La urna mandada hacer por el obispo Simón Girón de Cisneros (obispo entre 1299 y 1326) se encuentra alojada en una hornacina protegida por una reja de Juan Francés. Santa Librada es una santa de Aquitania martirizada en el siglo IV cuyos restos trajo el obispo Bernardo de Agén (obispo entre 1121 y 1152), con el objetivo de que sirvieran de fundamento litúrgico de la nueva catedral y diócesis.

Las pinturas sobre tablas son obra de Juan de Pereda realizadas entre 1525 y 1526. La tabla superior central representa el Calvario y las cinco tablas restantes escenas de la vida de Santa Librada y sus hermanas: Librada y sus hermanas frente a Catelio, Librada y sus hermanas deliberan sobre su suerte, Librada reconforta a una de sus hermanas, Decapitación de Santa Librada y Santa Librada entronizada (tabla central inferior).

En el primer cuerpo flanqueando el gran arco con las pinturas de Pereda, vemos cuatro de las hermanas de Santa Librada y dos grandes escudos del obispo Fadrique sostenidos por dos ángeles. También dos tondos laureados y cartelas alusivas a la restauración del retablo realizadas por el obispo Fernando de Andrade y Sotomayor (obispo entre 1640 y 1645). En el segundo piso la urna de Santa Librada y las otras cuatro hermanas de la santa, junto con dos paneles con escenas de la Anunciación a la izquierda y la Visitación a la derecha. En frontón superior escena con la Asunción de la Virgen y en los apoyos del frontón escudos del cabildo catedralicio.

• Mausoleo de Fadrique de Portugal Es contemporáneo al Altar de Santa Librada. Junto a este retablo a su derecha encontramos el mausoleo del obispo Fadrique de Portugal (obispo entre 1512 y 1532). De estilo plateresco y diseño de Alonso de Covarrubias, fue realizado por Francisco de Baeza y sus colaboradores Sebastián de Almonacid y Juan de Talavera que lo terminaron antes de 1539, fecha del fallecimiento del obispo en Barcelona, pues para esta fecha ya estaba terminado. El cádaver del obispo fue trasladado desde aquella ciudad a este lugar para recibir sepultura.

El retablo se compone de banco, tres cuerpos horizontales y ático, dividido en tres calles verticales. El banco se encuentra decorado con motivos de grutescos y temas vegetales, mientras que en el centro encontramos una cartela funeraria alusiva al obispo fallecido. En el centro del primer cuerpo se halla el escudo del obispo y en las calles laterales imágenes de San Andrés y San Francisco. En la hornacina central del segundo cuerpo el obispo Fadrique arrodillado acompañado de dos clérigos, uno de ellos sostiene una mitra y el otro un cirio. En las calles laterales San Pedro y San Pablo. El centro del tercer cuerpo lo ocupa un altorrelieve de la Piedad y las calles laterales están ocupadas por escudos de Portugal de donde era oriundo el obispo. El ático está ocupado por un Calvario (Jesús crucificado con la Virgen María y San Juan) y a los pies del madero una calavera.

• Capilla del Cristo de la Misericordia Situada en la girola en el lado de la epístola, es la antigua sacristía mayor, tiene una portada plateresca con arco de medio punto y frontón triangular. Realizada en 1498 por Miguel de Aleas y Fernando de Quejigas. Preside la misma un retablo barroco del siglo XVII, la bóveda gótica que la cubre es del siglo XV y la talla en madera del Crucificado es del siglo XVI. La reja es obra de Domingo Zialceta de 1649. Junto a ella se encuentra la sacristía de la capilla.

• Capilla del Doncel de Sigüenza. En origen esta capilla era uno de los cinco ábsides de la catedral y estaba puesta bajo la advocación de Santo Tomás Becket. Su nomenclatura correcta actual es Capilla de San Juan y Santa Catalina.

Situada en el arranque de la girola, en el lado de la epístola, es llamada de San Juan y Santa Catalina, y también de Los Arce o del Doncel por tener en esta su panteón familiar. La reja que cierra la capilla es obra de Juan Francés, realizada entre 1526 y 1532, y ostenta el escudo del obispo Arce (obispo de Canarias), mientras que la portada plateresca es obra de Francisco de Baeza. Esta se compone de un arco de medio punto entre pilastras. En las enjutas que forma el arco podemos ver el escudo familiar de los Arce. La portada sostiene un friso con una inscripción y en los extremos escudos del obispo de Canarias. Completa el conjunto un frontón semicircular en cuyo interior vemos una escena de la Adoración de los Reyes Magos.

Sin duda lo que más llama la atención de la capilla es el sepulcro de don Martín Vázquez de Arce (el Doncel de Sigüenza). El doncel aparece recostado sobre la parte superior del sepulcro mientras lee un libro. Es una escultura en alabastro policromado, nuestro personaje lleva sobre el pecho la cruz de la orden de Santiago, la escultura descansa sobre un sepulcro en cuyo frontal puede verse a dos pajes sosteniendo el escudo familiar. La obra es anónima aunque hay autores que la atribuyen a Sebastián de Almonacid. En el interior del arcosolio podemos encontrar dos pequeñas esculturas de los apóstoles Santiago y San Andrés. Por encima del sepulcro unas pinturas con escenas de la Pasión de Cristo fechadas a finales del siglo XV.

Una inscripción en letra gótica sobre el muro del sepulcro nos dice: "Aquí yaze Martín Vázques de Arze, cauallero de la orden de Sanctiago, que mataron los moros, socorriendo a su muy ilustre señor duque del Infantadgo, su señor, a cierta gente de Jahén a la acequia Gorda, en la vega de Granada. Cobró en la hora su cuerpo Fernando de Arce su padre y sepultólo en esta capilla año MCCCCLXXXVI. Este ano se tomaron la ciudad de Lora (por Loja) las villas de Illora, Moclín y Monte frío por cercos en que padre e hijo se hallaron".

En otra inscripción se nos informa que murió a la edad de 25 años y que era comendador de la Orden de Santiago.

Además en el centro de la capilla podemos encontrar los sepulcros exentos de Fernando de Arce y Catalina Vázquez de Sosa, padres del doncel. Junto al sepulcro del doncel, el sepulcro plateresco de Fernando Vázquez de Arce, hermano del Doncel y obispo de Canarias. Fernando Vázquez compró en 1487 la capilla a la familia de La Cerda, para dedicarla como panteón familiar para sí y para los de su estirpe.

El sepulcro de Fernando Vázquez de Arce, obispo de Canarias, se encuentra en el interior de un arcosolio en arco de medio punto, sobre un zócalo decorado con escudos del prelado se encuentra la figura yacente del difunto. Flanqueando el arco seis hornacinas con imágenes de tres virtudes y tres santos. En el fondo interior del arcosolio un bajorrelieve con la Venida del Espíritu Santo a los Apóstoles y una cartela alusiva al personaje. La obra está fechada en 1523 y tiene una inscripción que dice: FERNANDVS DE ARZE PRIOR OXOMENSIS ECCLESIE; / DEMVM EPISCOPVS CANARIENSIS: REGIE MAIESTATIS / CONSILIARIVS. OBIIT AÑO MD XX II

En la capilla también podemos encontrar la lauda sepulcral de Catalina de Arce y Bravo, sobrina del obispo de Canarias, de principios del siglo XVI y los sepulcros de Martín Vázquez de Sosa y Sancha Vázquez († 1465), abuelos del obispo y por tanto del Doncel. Catalina de Arce y Bravo era hija de una de las hermanas del Doncel, Mencía Vázquez de Arce casada con Rodrigo Bravo de Luna, y de este matrimonio nació Catalina de Arce. A efectos anecdóticos decir que nuestro Doncel a pesar de su juventud tuvo una hija ilegitima de nombre Ana de Arce y Sosa, sin que sepamos el nombre de la madre.

• Retablo de San Juan Bautista y Santa Catalina Este altar procede de la sacristía de la Capilla del Doncel cuando esta pertenecía todavía a la familia de la Cerda. El comitente de este retablo fue Gastón de la Cerda, IV conde de Medinaceli. El retablo está formado por una serie de tablas fechadas en torno a 1440 en cuyo centro encontramos un Calvario y el resto de las escenas corresponden a la vida de San Juan Bautista y Santa Catalina. En la predela se representan diversas escenas de profetas. El retablo se encuentra incompleto ya que algunas de las tablas de este retablo se encuentran en el Museo del Prado. Las tablas se atribuyen a Juan de Sevilla (activo entre 1425 y 1450) aunque las correspondientes al Calvario y a los Apóstoles son de Pedro Andrade. Los escudos que figuran en las tablas corresponden a la familia de los Arce que sustituyeron con la debida autorización los de la familia titular de la Cerda por los suyos propios. Situado en la nave del transepto sur, se estilo se adscribe al llamado gótico internacional.

• Altar de la Virgen de la Leche Situado en la columna del crucero en su lado de la epístola. También es conocida como Virgen del Cepo. El altar plateresco es obra de 1515 efectuada por Francisco de Baeza, siendo la imagen de la Virgen y el Niño obra en alabastro de Miguel de Aleas que la realizó en 1514. El nombre de Virgen del Cepo le viene por el cepillo o cepo para limosnas que tenía el retablo para sufragar las obras de construcción de la Catedral. El retablo lleva el escudo del Cabildo y el del obispo Fadrique de Portugal (obispo entre 1512 y 1532) promotor del altar.

Cabecera Ocupa el espacio físico del antiguo ábside central románico. El ábside se cubre con una bóveda nervada de nueve plementos y dispone de siete ventanales de arcos apuntados. La capilla fue reformada en 1488 a iniciativa del obispo-cardenal Pedro VI González de Mendoza (obispo entre 1467 y 1495). Al ábside de forma poligonal le precede un tramo recto cubierto por una bóveda de crucería sexpartita con cuatro ventanales ojivales dos en el flanco norte y dos en el flanco sur.

En el arranque de la girola en su lado del evangelio encontramos una capilla que en su día estuvo bajo la advocación de San Juan Bautista. Construida en el siglo XII era uno de los cinco antiguos ábsides de la cabecera. Con la construcción del mausoleo del obispo Fadrique en el muro del transepto, la entrada fue anulada y la capilla fue reconvertida en sacristía menor o de los mercenarios. En 1668 se abrió una portada barroca en el inicio de la girola.

También en la girola encontramos bajo un arco escarzano un nicho con el sepulcro de Bernardo de Agén (obispo entre 1121 y 1152), primer obispo de la diócesis restaurada. Su sepulcro gótico de mármol blanco fue realizado en 1449 por Martín de Lande y colocado en este lugar en 1598. Podemos ver la figura yacente del obispo y sobre el fondo del nicho un Calvario en piedra con dos ángeles que sostienen uno de ellos un cáliz y el otro una cruz.

La girola dispone de once tramos y cinco pequeños altares: Altar de San Ildefonso con un retablo del siglo XVII, Altar de San Felipe Neri (1565), Altar de Nuestra Señora del Rosario (1639) con una talla policromada de la Virgen del Rosario (en el centro del ábside), Altar de San Roque (1662) y Altar de San Pedro Arbués (1667). Las obras de la girola fueron llevadas a cabo por Juan Velez, Juan Sánchez del Pozo, Juan Gutiérrez de Buega, Juan de Ballesteros y Juan Ramos. (los cinco Juanes).

A ambos lados del arranque del presbiterio encontramos dos púlpitos en alabastro, el situado en el lado del evangelio, se alza sobre una columna cilíndrica de fuste estriado y capitel compuesto. La base es de estilo plateresco y planta octogonal, construido a finales del siglo XVI por Martín de Vandoma entre 1572 y 1573. Los laterales se decoran con escenas de la Pasión de Cristo. El púlpito del lado de la epístola es de mármol blanco, de estilo gótico-flamenco, realizado por Rodrigo Alemán entre 1495 y 1496 en tiempos del obispo-cardenal Pedro VI González de Mendoza (obispo entre 1467 y 1495). El púlpito tiene decoración alusiva al cardenal y se alza sobre una columna octogonal. Así vemos el escudo del cardenal, y a la Virgen María con San Jorge y Santa Elena.

Capilla Mayor La Capilla Mayor se encuentra cerrada por una reja plateresca de hierro forjado, de Domingo Zialceta realizada entre 1628 y 1633 en cuya parte superior encontramos un Calvario de Juan Rodríguez Liberal forjado en 1638. En la reja figura el escudo del obispo Pedro González de Mendoza (obispo entre 1623 y 1639).

En su interior encontramos además de otros varios (sepulcros de Gómez Carrillo de Acuña († 1441) y su esposa María de Castilla y Salazar († 1448), dos sepulcros señeros, uno de ellos gótico en el lado del evangelio del obispo Pedro de Leucate (obispo entre 1152 y 1156 / † Sigüenza 20-05-1156) iniciador de la construcción catedralicia, obra mandada realizar por el cardenal Mendoza y por lo tanto posterior a la muerte del difunto. Enfrente en el lado de la epístola el sepulcro gótico (siglo XV) del obispo Alonso Carrillo de Albornoz (obispo entre 1422 y 1434 / † Basilea-Suiza 1434) mandado construir por su sobrino el obispo Alonso Carrillo de Acuña (obispo entre 1435 y 1446). En el frente del sepulcro podemos ver historias de la vida de San Eustaquio realizadas en pintura, mientras que en los laterales del arco encontramos cuatro figuras representando dos de ellas una Anunciación y las dos restantes a San Pedro y San Pablo. El sepulcro con la figura yacente del obispo se encuentra en el interior de un nicho formado por un arco conopial. En el interior del nicho estatuas de San Juan Evangelista y San Juan Bautista flanqueando a San Eustaquio pues el obispo difunto fue también cardenal de San Eustaquio en Roma.

El Retablo Mayor es obra de Giraldo de Merlo realizado entre 1609 y 1619. Fue un encargo del obispo fray Mateo de Burgos (obispo entre 1606 y 1611). El retablo se adapta a la forma poligonal de la capilla, se compone de predela sobre zócalo, tres cuerpos horizontales con cinco calles y ático. Los cuerpos de las calles corresponden a los órdenes jónico, corintio y compuesto. En la predela hay cuatro paneles con relieves representando escenas de la Pasión de Cristo. En el primer cuerpo, la calle central está ocupada por un gran tabernáculo de tres pisos con imágenes de San Pedro y San Pablo, en el nivel superior La Última Cena y más arriba El Salvador. En las calles de los extremos tallas de San Andrés y San Francisco de Asís, en la calle de la derecha la Transfiguración de Cristo y en la calle izquierda la Inmaculada Concepción. En el segundo cuerpo, el centro está ocupado por la Virgen de la Asunción, a la derecha la Adoración de los Magos y a la izquierda la Natividad, en las calles más extremas Santa Ana y Santa Librada. El tercer cuerpo está ocupado por un Calvario (Cristo en la Cruz con San Juan y María), en la calle de la izquierda la Ascensión de Cristo y a la derecha Pentecostés. Además cuatro figuras exentas de santos sobre la cornisa. El coronamiento o ático se resuelve con un gran escudo sostenido por dos ángeles tenantes con las armas del obispo Mateo de Burgos, promotor del retablo, y dos representaciones de las Virtudes. La policromía es de Diego de Baeza y Mateo Paredes. El anterior retablo era obra gótica en alabastro del siglo XV.

Coro El actual coro ocupa el primer tramo de la nave central desde el siglo XVI, ya que con anterioridad el coro antiguo de alabastro se encontraba en el presbiterio. La reja que cierra el coro es obra renacentista en hierro forjado de Domingo Zialceta y Francisco Martínez realizada hacia 1649, presenta tres imágenes en la parte superior de Santo Domingo de Guzmán, la Virgen del Rosario y Santo Tomás de Aquino. Obra patrocinada por el obispo Pedro de Tapia (obispo entre 1645 y 1649). En la misma podemos observar el crucifijo que remata la verja que es lo único que resta de la anterior reja gótica del siglo XV realizada por Juan Rodríguez Liberal.

La sillería en madera de nogal fue tallada en 1491, adscrito al gótico-flamígero con decoración geométrica y escudos obispales. Fue realizado en tiempos del obispo-cardenal Pedro González de Mendoza (obispo entre 1467 y 1495) que además era arzobispo de la Catedral de Toledo. Trabajaron diversos artistas bajo la dirección de Martín Sánchez, como fueron Alfonso González (de Sigüenza), Peti Jean, Francisco de Coca y Martín de Vandoma (de Sigüenza). La silla episcopal se atribuye a Rodrigo Alemán. La sillería consta de 84 asientos distribuidos en dos filas, la segunda más elevada que la primera, sobre la sillería superior corre un dosel gótico florido. La silla episcopal está tallada con el escudo del cardenal Mendoza y dos pequeñas imágenes. Se cubre con un dosel con pináculos góticos. Sobre este, un órgano de estilo churrigueresco con el escudo del obispo Fadrique de Portugal (obispo entre 1512 y 1532).

El trascoro es obra barroca del madrileño Juan Lobera y de Pedro Miranda realizado entre 1666 y 1688 bajo el obispado de Andrés Bravo de Salamanca (obispo entre 1662 y 1668). En este se venera la talla románica de Santa María La Mayor patrona de Sigüenza. La talla, del siglo XII, es de madera de ciprés policromada, chapada en plata en el siglo XIV aunque después de la Guerra Civil se le retiró su cubrimiento y se restauró. Fue colocada en este lugar en 1673 procedente del Altar Mayor donde se encontraba aunque previo paso provisional por otros lugares de Sigüenza y de la Catedral. La talla queda enmarcada por un retablo compuesto por un conjunto de seis columnas salomónicas de mármol negro y rosado sobre un cuerpo central de jaspe rojo. Hasta la realización del presente retablo el lugar estaba ocupado por tres altares. La talla de la Virgen se cree que es donación de Bernardo de Agén a la Catedral y que era la que solía llevar el obispo en sus campañas militares. La Virgen tiene sobre su pierna izquierda sentado al Niño Jesús y en su mano derecha sostiene una flor de lis.

Sacristía Mayor Situada en el arranque de la girola por el lado del evangelio, cercana al Altar Mayor, también es denominada sacristía de las Cabezas. Es diseño de Alonso de Covarrubias (1532) aunque su traslado a Toledo en 1534 como maestro de obras de la catedral toledana, dejó las obras en manos de Nicolás de Durango que las continuó hasta 1554 fecha de su fallecimiento. Retomó las obras Martín de Vandoma que terminó la sacristía y concluyó el trabajo de las cabezas. La sacristía se caracteriza por su bóveda de cañón decorada con casetones, con 304 cabezas realizadas en piedra, más un sinfin de figuras de rosas y querubines en alternancia con ellas.

La entrada se realiza por una portada plateresca llamada del Sagrario, realizada entre 1573 y 1574 por Juan y Pedro de Buega bajo la dirección de Juan Sánchez del Pozo. Las batientes de la puerta son de madera de nogal talladas en 1561 por Martín de Vandoma. Son catorce paneles con imágenes de santas mártires talladas en las madera, algunas de ellas identificadas como son: Santa Lucía, Santa Marta, Santa Catalina, Santa Basilia, Santa Inés, Santa Cecilia y Santa Bárbara entre otras. Sobre la portada, en el interior de sendas hornacinas podemos ver imágenes de tres apóstoles: en el nivel inferior (uno de ellos San Pedro) y a San Antonio Abad en el nivel superior. Estas esculturas son anteriores a la construcción de la portada.

La sacristía, de planta rectangular, se cubre por una bóveda de cañón en cuatro tramos separados por arcos fajones, arcos de medio punto adosados a los muros perimetrales en cuyo interior se resguarda la cajonería de madera de nogal realizada por Vandoma. Fue construida a instancias del obispo García de Loaysa (obispo entre 1532 y 1539) y lo más notable es la presencia de más de 304 casetones circulares con cabezas humanas y florones, y entre ellos pequeños círculos e infinidad de pequeños querubines (más de 2.300). Las cabezas representan a obispos, monjes, nobles, reyes, guerreros, campesinos etc.

En su interior encontramos la Capilla del Espíritu Santo o Capilla de las Reliquias, construida a instancias del obispo Fernando Niño de Guevara (obispo entre 1546 y 1552). La reja que cierra la capilla es obra de Hernando de Arenas de 1561 y en la misma se puede ver el escudo del fundador de la capilla, Niño de Guevara. Desde 1696 es Capilla de las Reliquias. La capilla diseñada por Esteban Jamete, adopta planta cuadrada, tiene cúpula de media naranja apoyada en pechinas y linterna con una imagen de Dios Padre realizada por Martín de Vandoma. En sus muros encontramos una Anunciación que tiene la característica que el ángel San Gabriel esta en el muro y en el de enfrente la Virgen María. Toda la sala se encuentra decorada con decoración escultórica: Ecce-Homo, la Dolorosa, el Ángel Custodio, atlantes y cariátides.

Claustro Adosado al muro norte de la iglesia, este claustro sustituye al anterior románico de techumbre de madera. Es obra de finales del gótico con elementos ya renacentistas, en él intervinieron Fernando y Pedro de las Quejigas, Juan de la Gurreña y Juan de las Pozas bajo la dirección de Alonso de Vozmediano. Realizado entre 1505 a 1507 a instancias del cardenal obispo de la diócesis Bernardino López de Carvajal y Sande (obispo entre 1495 y 1511). Tiene planta cuadrangular de 40 metros por lado, formado por cuatro pandas góticas en las que se pueden ver algunos epitafios con lápidas de los siglos XII y XIII procedentes de la antigua catedral románica. La más antigua es del año 1192. Las pandas se abren al patio interior mediante siete vanos apuntados con calados góticos y verjas de hierro de la misma época. Los ventanales quedan divididos en tres vanos separados por dos columnas de fustes prismáticos. Dos puertas, una frente a la otra permite el paso al jardín interior. En el centro del jardín encontramos el brocal de un pozo fechado en 1517 que comunica con el aljibe que hay debajo del patio. Las pandas del claustro reciben los nombres de Panda de San Sebastián o de la Bodega (norte), panda del Palacio (oeste), panda de los Caballeros o del cabildo (este) y panda de Quinta Angustia o Santa María Magdalena (sur). Las pandas se cubren con bóvedas de crucería sexpartitas, las claves algunas con restos de policromía llevan escudos del cabildo catedralicio y del obispo promotor de las obras. En sus pandas encontramos diversas salas y capillas, a varias de ellas se accede mediante portadas platerescas. En total podemos encontrar siete tramos por panda más las cuatro angulares.

Panda Norte Dedicada a enterramientos de familiares de canónigos y beneficiados hasta el cuarto grado de parentesco.

• Capilla de la Purísima Concepción, de estilo gótico flamígero pero con ornamentación y decoración renacentista, es la "perla del claustro". También ha sido conocida como capilla de la Consolación. De planta cuadrada, fue obra de Fernando de las Quejigas y Miguel de Aleas, finalizada en 1509. La reja que la separa del claustro es obra en hierro forjado por el maestro Usón. Fue el promotor de la capilla, el abad de Santa Coloma, Diego Serrano († 1522) como lugar de enterramiento suyo y de su familia. Por diversas circunstancias el sepulcro que albergaba los restos del abad y que se encontraban en el centro de la capilla se perdieron en el siglo XVII el efectuarse reformas en la capilla. La bóveda que cubre la capilla es de nervadura gótica-mudéjar estrellada con claves policromadas, y puede considerarse como una de las joyas de la Catedral. Sobre los muros se conservan restos de pinturas al fresco realizadas entre 1531 y 1532 por Francisco Peregrina. Estas representan a grandes rasgos la Jerusalén Celeste y un idílico jardín del Edén.

Ya en el interior podemos ver que junto a la puerta de ingreso hay dos puertas que conducen a unas tribunas o balconadas situadas en alto y que asoman al interior de la capilla. Estas balconadas realizadas en piedra y en voladizo sobre la capilla están adornadas con decoración plateresca.

La portada formada por un arco escarzano tiene en la parte superior una imagen de la Virgen María y en los extremos sendos ángeles orantes. Destaca la capilla por albergar en ella un cuadro de la Anunciación firmado por El Greco y datado entre 1603 y 1607 .

• Museo de Tapices es como se denomina a una antigua sala dedicada en origen a bodega y cocina. En 1664 el obispo Andrés Bravo de Salamanca (obispo entre 1662 y 1668) regaló a la Catedral de Sigüenza una colección de dieciséis tapices flamencos con destino a la Capilla Mayor. Los tapices fueron confeccionados en los talleres de Bruselas de Jean Le Clerc y Daniel Eggermans. Una de las series formada por ocho tapices está dedicado al tema de la Historia de Rómulo y Remo, mientras que la segunda serie también formada por ocho tapices, está dedicada a "Las Alegorías de Palas Atenea y a la Paz". La serie de Palas Atenea se exhibe en esta capilla después de haber sido restaurados en la Real Fábrica de Tapices de Madrid, la otra serie queda pendiente de restauración. Los tapices exhibidos son: "La recompensa de las armas", "La Gloria de las Musas estimuladas por la Paz", "Los sacrificios divinos son restaurados por Palas Atenea y Paz", "Palas Atenea triunfante por la gloria de las armas", "Marte huye y Júpiter se alegra por el final de las armas", "Palas y la Paz conducen a los trabajadores al templo del honor", "Los vagos son puestos en fuga por Palas Atenea" y "El triunfo de la gloria de Palas Atenea y la Paz". Todos los tapices son un claro canto a la Paz y las Artes representada por Palas Atenea y al mecenazgo artístico del obispo Bravo Salamanca en la Catedral.

Panda Sur Dedicada a enterramientos de canónigos y racioneros, además de escuderos de nobles.

Hace de medianera con la iglesia. En esta galería se encuentra la Puerta de Jaspe que comunica con el interior de la Catedral a través de la Puerta de Pórfido. Es obra realizada en 1507 y está formada por un arco de medio punto con pilastras y capiteles corintios, y un frontón curvo con un escudo en su interior. Rematando el conjunto el escudo del Cabildo. Es puerta es réplica exacta de su correspondiente al interior (Puerta del Pórfido) pero sin la decoración y ornamentación que tiene aquella.

Panda Este Esta ala se usaba para enterramientos de caballeros.

• Sala Capitular de verano o antigua Capilla de Nuestra Señora de la Paz. Se cubre con techumbre plana mudéjar. En 1513 el Cabildo mandó abrir un arco en la capilla lo que permitió la comunicación entre esta sala y la contigua de Santiago.

• Capilla de Santiago Zabedeo o de los Gamboa. Fundada en 1522 por el obispo Fadrique de Portugal para enterramiento de su familia. Portada plateresca de 1522 y escudo en el frontón del obispo Fadrique. Se cierra por una reja plateresca de hierro fundido. Se da la circunstancia que en esta capilla tiene derecho de enterramiento todavía vigente, Natalia Figueroa esposa del cantante Raphael.

• Puerta de salida a la claustra

• Antigua librería del cabildo, antigua Capilla de la Concepción y originalmente Sala Capitular. Construida en 1180 es estilo románico tardío. A finales del siglo XV, el canónigo Francisco Rodríguez fundó en ella una capilla dedicada al Misterio de la Concepción de Nuestra Señora. Cuando el abad de Santa Coloma instituyó su capilla en este claustro con esta misma advocación, esta perdió su titulación y quedó convertida en librería del cabildo. En 1521 el maestro Talavera labró la portada renacentista en arco de medio punto flanqueada por columnas de fustes decorados. En los flancos del entablamento se pueden ver los escudos del Cabildo. La reja que cierra la capilla es trabajo del maestro Martín García. La reja es de hierro forjado y en ella podemos ver el escudo del obispo Fadrique de Portugal. En el friso de la portada se puede leer: "Musis Sacrca Domus Hec" (casa sagrada de las musas es esta). En la parte superior de la portada y formando parte de esta volvemos a ver el escudo del obispo Fadrique de Portugal. Hoy esta antigua sala capitular es utilizada como Sala de Exposiciones o Museo.

• Capilla de San Pedro Mártir En el ángulo nor-este se encuentra la capilla de San Pedro Mártir. Esta capilla tiene portada plateresca, realizada en 1516 por Francisco Baeza, también es conocida como de los Zayas por ser fundada por doña Aldonza de Zayas de la familia de los duques de Pastrana cuyo escudo aparece en lo alto de la portada. Se cierra por una reja de hierro forjado de Maese Martín García de 1530. En origen fue sacristía en el siglo XII. Se cubre con bóveda de cañón.

Panda Oeste En general se utilizaba para enterramiento de criados y familiares lejanos del clero catedralicio. Las crujías tercera y cuarta de esta panda también se utilizó para enterramientos de capellanes de la catedral. Hace de medianera con la Capilla-Parroquia de San Pedro que abre al interior de la iglesia, en los pies.

• Capilla de San Sebastián, construida a mediados del siglo XVI, se encuentra en el ángulo que forman las pandas Oeste y Norte. El inicio de las obras tuvo lugar en 1549 y probablemente vendría a sustituir a otra vieja capilla de mismo nombre.