El nombre de Obarra es un vocablo vasco que se puede traducir por "hondura entre rocas" o "roca quebrada". Los orígenes del monasterio en este lugar se remontan al año 874 fecha en que por lo menos se tiene constancia de la existencia de una comunidad monástica en este lugar (cartulario del monasterio de Alaón en que se cita a los "monjes de Uvarra").

Algunos autores sin embargo le atribuyen un origen más antiguo, tal vez visigodo. La iglesia actual es del siglo XI y XII ya que Abd-el Malik (nieto de Almanzor) arrasó en el 1006 la zona de la Ribagorza y destruyó los monasterios que encontraba a su paso. No está probado que destruyera este monasterio, pero se da por cierto que asi fue. La existencia de dos capiteles de tradición visigótica en la portada de la fachada sur es prueba junto con algún que otro elemento de la persistencia de un cenobio de origen visigodo.

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