La ciudadela era un recinto fortificado donde se guardaban y se custodiaban, armas, pólvora y pertrechos militares, necesarios para la defensa de la ciudad en caso de que esta fuera atacada. En origen era conocida como la Casa de Armas, más tarde desde el siglo XVIII renombrada como la Ciudadela. Se ubicaba junto al convento de Santo Domingo y junto a la puerta del Mar.

La Casa de Armas fue construida en 1574 como un conjunto de edificaciones que se alzaban alrededor de la torre de L'Esperó, una de las antiguas torres de la muralla cristiana construida en el siglo XIV. Según crónicas de autores valencianos, la torre era utilizada con el mismo fin. En el siglo XVIII con la llegada de la dinastía Borbón a los reinos de España y la guerra de Sucesión, la Casa de Armas pasará a denominarse la Ciudadela. En 1707 una vez tomada la ciudad por las tropas del rey Felipe V, este mandó situar dos de los cañones que se guardaban en su recinto, con la boca de fuego mirando al interior de la ciudad, en una clara señal de advertencia de lo que podía ocurrir si a los valencianos se les ocurría alzar la voz.

En la ciudadela se sitúo una placa que decía: “Felipe V rey de las Españas, vencidos los enemigos de Almansa, ocupada Valencia y perdonados sus habitantes por su clemencia, hizo esta obra para la seguridad de la ciudad y del reino. Año 1707”. Esta irónica placa sería arrancada en 14 de noviembre de 1808 en los inicios de la guerra de la Independencia.

La ciudadela empezó a ser demolida el 18 de septiembre de 1901 ante la escasa utilidad que sus instalaciones proveían a la defensa de la ciudad, además que las murallas habían sido demolidas en 1865. La orden de demolición fue firmada por el capitán general Luis Manuel Pando Sánchez (1901-1902). Sobre los solares que quedaron libres tras su derribo, el arquitecto José María Manuel Cortina Pérez construyó de nueva planta, un cuartel para el arma de artillería. Este cuartel y el baluarte que todavía perduraba serían demolidos en 1958 y sobre el solar se construyeron edificaciones de viviendas que todavía permanecen.

Uno de los hechos más lamentables que vivió la Ciudadela, tuvo lugar en 5 de junio de 1808, al inicio de la guerra de la Independencia, cuando cerca de 400 franceses que vivían en la ciudad fueron encarcelados, en principio para su seguridad, pero que finalmente fueron asesinados por elementos incontrolados con una clara permisividad de las autoridades valencianas.