En la primera mitad del S. XVI se decidió ampliar la Iglesia haciendo un nuevo tramo en los pies de la nave, cubierto con bóveda de crucería estrellada, donde se ubicó el coro. Se levantó la obra de sillarejo utilizando seguramente, vista su calidad, piedra de Armantes dándole aspecto de fortaleza y con galería todo alrededor con ventanas apuntadas.

Se comunicaba por debajo del coro con la plaza nueva o de la umbría a través de una puerta falsa, practicada donde hoy está el batisterio, puesto que la actual no se haría hasta mediados del XVIII.

En 1553 se mandó hacer en la plaza nueva una lonjeta con sus bancos y dos años después se mandó enfoscar el coro, arreglar el salterio que hacía poco que se había hecho y hacer una huesera en el cementerio. En 1567 se hizo o amplió la ventana del coro pues se había mandado a los Jurados que hicieran "unas ventanas con vidrieras para el coro que no sean miradoras..." que se pudieran abrir cuando fuera nublado (en el coro hacían los clérigos los conjuros para apartar las tormentas y así podían ver el desarrollo de la misma, pues no podía marcharse hasta que se habían disipado).

En la plaza nueva se mandó hacer en 1571 un cementerio nuevo "en aquel ámbito y espacio que fuere necesario y esto dentro de seis meses". Sin embargo no se bendeciría hasta 1580, el veinticinco de septiembre.

La parte baja de la torre de Santa María, del siglo XIII, sigue el modelo de alminar almohade, cuya estructura se articula por medio de dos torres de planta cuadrada dispuestas una dentro de la otra, con una escalera entre ambas. El remate de la misma responde al periodo barroco. Exteriormente, destaca por los vistosos discos vidriados con flores de lis estampilladas (marcas del artífice), que jalonan el muro, y que, al incidir la luz producen bellos reflejos metálicos.

SACRISTÍA En 1578 se dió un año de tiempo a los Jurados para "ensanchar y engrandecer la sacristía todo lo que fuera necesario por ser muy angosta", bajo pena en diez ducados. En mayo de 1583 se abrieron los fundamentos y en marzo del año siguiente se abrió la puerta dándola por finalizada. Hizo la obra el maestro Ruy López.

CAPILLA DE SANTA ISABEL Sus patrones eran los Ciria. La construyó Don Alfonso de Ciria a raíz de la visita pastoral de 1561. Tenía carnario y fue dotada en 1593 con 500 sueldos. En su testamento (1588) Ana de Ciria, hija de D. Alonso, expresó su deseo de ser enterrada "dentro de la Iglesia de Nuestra Señora de Santa María del dicho lugar de Ateca, en el carnero, siguiera enterratorio, de los Cirias dentro de la Capilla de la Visitación de Sancta Elisabed..." Según estos indicios se trata, pues de la capilla que hay junto al Altar Mayor, en el lado del Evangelio.

CAPILLA DE SAN PEDRO Se construyó en 1574 en función del testamento de Rvdo. Doctor Antonio Remírez de Ateca. La mandó edificar su sobrino García Ramírez y fue maestro de obras Gabriel Mecot mayor, vecino de la Señoría de Terrer. Se hizo en la capilla de Nuestra Señora de los Ángeles, pues hacerla en la que ya existía de San Pedro, según deseo del testador, suponía gran peligro para la estructura del edificio. Se tomó como modelo la capilla de los Ciria, pero mejorándola con azulejos en suelos y paredes. Se construyó también en ella un carnero o carnario para el enterramiento de la familia Remírez que se dotó con dos mil sueldos. Parece que se trata de la capilla que hay junto a la sacristía y en ella se pusieron los altares de San Pedro y Nuestra Señora de los Ángeles.

CAPILLA DE SANTA MARIA MAGDALENA Fueron patrones de esta capilla la familia Ximenez. El Rdo. Antón Ximénez dejó expresado en su último testamento el deseo de ser enterrado en el Altar de la Magdalena, donde estaba enterrada su familia, sin que estuviera fundada todavía capellanía. La nueva capilla le mandó hacer su hermana Ana Ximénez en 1585 trayéndose la licencia para decir misa el catorce de diciembre de dicho año y se dijo la primera el día veintidós. Fue dotada con mil sueldos.

Texto: Ayuntamiento de Ateca