En el año 1080 el conde Sancho Galindez donó el templo al Monasterio de San Juan de la Peña, convirtiéndose en un priorato atendido por monjes benedictinos. Posteriormente el ya monasterio pasaría a estar ocupado por monjas bernardas y aún tiempo después volvería a pasar a manos de San Juan de la Peña.

En principio el templo disponía una planta basilical rectangular, acabada en una cabecera con ábside semicircular. Tres puertas se abrían al exterior, una situada a los pies del templo (fachada Oeste) y otras dos en los laterales (fachada Norte y Sur), el ábside quedaba orientado canónicamente hacia el Este como solía ser habitual en los templos románicos.

Con las reformas efectuadas en 1072, se construyó un cuerpo adelantado en la fachada Oeste y se construyó una nueva portada. En el interior se realizó una arquería ciega en el paramento semicilíndrico del ábside y se esculpieron toda una serie de capiteles sobre columnas en todas las ventanas del templo. La torre campanario tendría que esperar un poco más, ya que esta fue construida en el siglo XIII o XIV adosada a la fachada Norte.

El actual templo desarrolla una planta basilical rectangular de gran altura (13 metros aprox), acabada en ábside semicircular. La nave única se cubre con techumbre de madera y el ábside con bóveda de cuarto de esfera, a este le precede un corto tramo recto a modo de gran arco triunfal que se cubre con bóveda de medio cañón. Como hemos adelantado, en 1072 se realizó una arquería ciega con seis columnas que forman cinco arcos que se adosó al perímetro del ábside.

En el siglo XV se decoró el muro interior del ábside con pinturas de estilo gótico. Ello hizo que los tres ventanales del ábside que se pueden ver al exterior quedaran anulados al interior. Los capiteles de esta arquería ciega se decoran tres de ellos con formas vegetales y los otros tres con formas figuradas: un capitel historiado con figuras de hombres entre aguas como el que se puede ver en la parte exterior del ábside, en otro capitel vemos dos cabecillas humanas envueltas en una lacería de entrelazados (se puede interpretar como almas atrapadas por los pecados) y en un tercer capitel vemos lo que parece un ave también con entrelazos.

En las obras de rehabilitación del año 1976 a 1982 se procedió a retirar el enlucido del ábside que ocultaban las pinturas góticas del siglo XV, que aunque se conocía su existencia, estaban ocultas por una decoración a base de flores y guirnaldas sobre fondo blanco y en la bóveda del ábside, estrellas doradas sobre fondo azul a modo de bóveda celeste.

Las pinturas absidiales ya recuperadas se estructuran en tres registros horizontales: en el registro inferior vemos las figuras de Apóstoles, de un santo y una santa. En total debieron de haber doce imágenes, dos de ellas están perdidas definitivamente por lo que solo restan diez y algunas de ellas son de difícil interpretación. Hay que decir que algunas de ellas tienen el nombre pintado en el nimbo y en gran medida son reconocibles por los instrumentos de su martirio.

De izquierda de derecha son: San Mateo o San Matías (muy deterioradas), Judas Iscariote, Santo Domingo de Guzmán (lleva su nombre en el nimbo), Santa Apolonia de Alejandría, un personaje no identificado, Santo Tomás, Santiago el Menor, San Bartolomé, Santiago el Mayor como peregrino y finalmente San Pablo. Falta la figura clave de San Pedro que tal vez fuera uno de los personajes hoy desaparecidos. En el registro intermedio y ocupando el espacio de los arcos ciegos, cinco escenas de la vida de la Virgen: en el centro la Virgen de la Leche y flanqueándola cuatro escenas: a la izquierda, la Visitación y la Anunciación, a la derecha, el Nacimiento de Cristo y la Adoración de los Magos. En el lateral derecho del cascarón del ábside, una pintura con una representación de San Jorge alanceando al diablo. En el registro superior un Calvario bastante deteriorado con la presencia de la Virgen María y San Juan junto con otros personajes.

Al exterior el ábside está dividido en tres paños mediante cuatro lesenas, dos de ellas extremas, en cada uno de los paños se abre rehundida en el muro una gran ventana aspillerada en arco de medio punto que como hemos visto por el interior han quedado anuladas. Una delgada imposta recorre el perímetro de estas ventanas uniéndolas entre sí. Los capiteles que decoran cada uno de los ventanales son motivos vegetales o figurados, así los capiteles del ventanal izquierdo se decoran con unas figuras humanas entre aguas y el otro capitel con figuras de animales. El ventanal central se decoran ambos capiteles con figuras de águilas que según la mitología cristiana son los únicos animales que pueden mirar directamente al sol, no es de extrañar por tanto que ambos capiteles se encuentren en el ventanal central mirando al Este por donde sale el sol. Los capiteles del ventanal izquierdo reciben decoración de tipo vegetal.

En la fachada Sur se encuentra la segunda puerta del templo, de hechura sencilla se abre en forma de arco de medio punto. A mitad altura de la fachada dos vanos en arco de medio punto iluminan el interior del templo. Sobre estas un cordón o moldura de forma escalonada rompe la sencillez del muro y le da un cierto toque anacrónico al conjunto del edificio. Los arcos que forman las ventanas de esta fachada se sustentan en finas columnas con capiteles decorados con motivos vegetales y de entrelazados. Por la forma que adopta el vano por el interior se cree que no disponía de hojas de madera para cerrarla, por lo que se supone solo a efectos de hipótesis que esta puerta era un acceso a una sala anexa hoy desaparecida.

La portada Occidental y principal se abre a los pies del edificio en un cuerpo saliente sobre el muro. Está formada por un arco de medio punto con tres arquivoltas abocinadas. La primera arquivolta o la más interior es lisa, formada por veinte dovelas y una moldura exterior de palmetas, la segunda o central la forma un conjunto de tres baquetones y la tercera arquivolta también es lisa con diecinueve dovelas y una moldura exterior de ajedrezado jaqués. La arquivolta más interior apoya en capiteles de perfil cuadrado con formas vegetales-corintias que bien pudieran tratarse de capiteles reaprovechados de la fábrica anterior. La arquivolta central descansa en columnas con capiteles decorados: el de la izquierda con una escena de Daniel en el foso de los leones y el capitel de la derecha con una escena figurada que parece hacer alusión a la avaricia, ya que uno de los personajes parece llevar una bolsa de monedas en sus manos.

A media altura dispone de un tejaroz que sirve de protección a la portada. El tejaroz se sostiene con una colección de once canecillos tallados y una línea decorada con ajedrezado jaqués. Los canecillos se decoran con motivos vegetales, animales y figuras humanas. Por debajo de los canecillos encontramos una inscripción que permite datar la fecha de construcción de la portada y a sus autores. Por encima del tejaroz una gran ventana en arco de medio punto, que apoya en columnas lisas con capiteles decorados: el de la izquierda se puede ver a unas aves con las cabezas entre las patas, el capitel de la derecha se decora con formas vegetales. Flanquean la ventana dos grandes contrafuertes volados a media altura que alcanzan hasta el tejaroz. Se puede comprobar como el ventanal está algo descentrado del eje de la nave.

La inscripción bajo el tejaroz y que sirve para datar sin lugar a dudas el templo, está escrita en dos líneas ocupando diez sillares y dice así:

La torre campanario se alza adosada a la fachada Norte, es una gran mole de planta cuadrangular que levanta dos cuerpos de altura desigual. Construida sobre los siglos XIII o XIV, sus salas se decoran con bóvedas de medio cañón. Al primer piso se sube por una escalera con los peldaños unidos a los muros, mientras que al segundo piso la escalera se convierte en escalera de caracol. Todo apunta a que la torre campanario aún disponía de un tercer cuerpo hoy día desaparecido. Se especula que las habitaciones de la torre, era la parte residencial de los monjes y que al exterior no existían dependencias monacales al uso.

Como elementos muebles dignos de mencionar pero que no se encuentran ya en la iglesia por haber sido trasladados al Museo Diocesano de Jaca, podemos citar la talla románica de la Virgen de Iguácel del siglo XII y la reja de hierro que cerraba el Altar Mayor del templo, reja del siglo XII de estilo románico. Un tercer elemento procedente de esta iglesia es un frontal de altar, realizado en estilo gótico en el siglo XIII. Tabla pintada al temple sobre madera de pino, que representa diversas escenas de la vida de la Virgen.