Adopta una planta rectangular, con espacios interiores cerrados perfectamente delimitados. Destaca su cabecera formada por tres ábsides rectangulares de testero plano, independientes entre sí, el central un poco mayor que los laterales. Están precedidos por una nave de transepto de siete tramos desiguales, separados por arcos de herradura apoyados en semicolumnas, hasta un total de doce. Cada tramo se cubre con bóveda de cañón. Cada uno de los ábsides de los tres que forman su cabecera se abren a la nave del transepto, en cada uno de estos tramos por delante del ábside se levanta un cimborrio que una vez restaurado se ha cubierto con techumbre de madera que al exterior adopta forma piramidal mientras que al interior lo hace en planta cuadrangular. Estos curiosos cimborrios en número de tres junto con los tres ábsides hacen que al exterior adopte una curiosa forma a la que no estamos muy acostumbrados. Cada ábside dispone en su testero de un vano central terminado en arco de herradura. Estos vanos se cerraban con celosías de mármol blanco. En los testeros de los extremos de la nave del transepto también se abren sendas ventanas en arco de herradura que también se cerraban con celosías.

Después de haber sido abandonado hacia el siglo X, el monasterio que se encontraba en ruinas, es nuevamente ocupado a finales del siglo XV y se procede a una profunda remodelación de la planta de la basílica. En su estructura original el templo disponía de una cabecera con tres ábsides, una nave de transepto, y una nave rectangular formada por tres naves, las laterales muy estrechas (casi inexistentes), separados ambos ámbitos (cabecera y nave) por un estrecho pasillo. A ambos lados un conjunto de seis salas o habitaciones cuyo uso se desconoce. Dos de estos espacios situados uno frente a otro eran dos atrios que protegían sendas puertas de ingreso al templo.

El templo en origen tenía sus muros encalados en color blanco pulido imitando piedra marmorea y los espacios interiores estaban compartimentados por canceles de distinto tamaño. En las reformas del siglo XV desaparecen las naves laterales, se eliminan los pilares y los arcos de separación que las sustentaban, se cubre la ahora única nave o aula central con una techumbre de madera a doble vertiente y se construyen arcos fajones apuntados de estilo gótico que descansan en pilares adosados a los muros. Se convierte el espacio central del templo en una sola nave formada por tres tramos. Las columnas que sustentan la bóveda del transepto se sustituyen por las actuales ya que las anteriores habían sido expoliadas; se han encontrado restos de las mismas de donde se infiere que estas estaban realizadas con piedras de diversas tonalidades y colores. En la actualidad se han dejado unos testigos sobre el suelo donde en origen se levantaban los pilares que transformaban la actual única nave en tres de ellas.

La actual entrada al templo se realiza por la fachada Sur, en ella se abre una puerta adintelada con un arco de descarga en su parte superior. Frente a esta y por la fachada Norte se abre otra portada de similares características. Estos pórticos abiertos al exterior nunca dispusieron de puertas por lo que estos espacios permanecían siempre abiertos.

La curiosa disposición interior del templo adoptaba una compartimentación interior a base de espacios cerrados aunque comunicados entre sí, pero básicamente se componía de una nave central que recorría todo el largo del aula central, un estrecho pasillo intermedio utilizado como coro para los monjes, nave de transepto y cabecera con tres ábsides. De su estructura interna parece desprenderse que la presencia de personas ajenas al monasterio debió ser muy escasa, de ahí la estrechez del templo y que las distintas salas formaban parte de una liturgia propia del mundo visigodo que todavía se nos escapa.