Los agotes, ha sido una comunidad discriminada al menos durante ocho siglos, desde el siglo XII hasta el XX. Su presencia se centra principalmente en el Valle de Baztan (Navarra) y en el barrio arizkundarra de Bozate, aunque también hay constancia de su presencia en el Valle del Roncal (Navarra) y en el País Vasco. De hecho se detecta su presencia por el País Vasco francés, Navarra, Guipuzcoa, Bearn, Huesca y Aquitania.

Según algunas fuentes, se les considera gentes de ascendencia goda que después de la invasión musulmana y franca quedaron aisladas en los Pirineos sin nulo o escaso contacto con otras gentes. El nombre podría proceder del Bearnes "cas-gots" (perros godos) y por contracción "cagots" y de ahí "got" (godo).

Para otros autores, como J.Altadil, "agote" significa confinado por enfermedad de la boca, y "Bozate" confinado por afonía, o confinamiento de afónicos.

Se les ha llamado: cagots, agots, agotak, gafos, crestias, leprosos, mesilleros, chistones o chistrones, lazdres, mesegueros, gezitas, patarinos, carpinteros, cristianos de San Lázaro, colliberts, gahets, oiseliers ... etc.

Según Pío Baroja eran de, "cara ancha y juanetuda, esqueleto fuerte, pómulos salientes, distancia bicigomática fuerte, grandes ojos azules o verdes claros, algo oblicuos. Cráneo branquicéfalo, tez blanca, pálida y pelo castaño o rubio; no se parece en nada al vasco clásico. Es un tipo centro-europeo o del norte. Hay viejos de Bozate que parecen retratos de Durero, de aire germánico. También hay otros de cara más alargada y morena que recuerdan al gitano".

Según Cenat Moncaut "son de cabeza grande, cuerpo raquítico, piernas torsas, bocio, mirada indecisa y apagada, palabra vacilante". Este aspecto lo relaciona con el hambre y la miseria, y la abundancia de agua de las altas montañas que ocasionaría el bocio.

Michel Francisque, los ve descendientes de los godos, con rostro blanco colorado, pelo rubio, ojos azules grisáceos, frente convexa, lóbulo hinchado y redondo, y también sin lóbulo en las orejas. Esta última es una de las características más extendidas sobre sus personas para su reconocimiento como agote. Se atribuye esta carencia lobular al hecho de haber nacido de noche.

Otros autores consideran a los agotes como comunidades cátaras huidas de Francia y que se escondieron en los Pirineos para escapar del rey de Francia y del Papa por su disidencia religiosa, lo que motivó un odio profundo hacia estas comunidades. Esta tesis no es muy acertada ya que la cruzada cátara comienza a principios del siglo XIII y la presencia de agotes ya existía con anterioridad.

Investigaciones mas recientes apuntan a que se trataría de una serie de delincuentes fugitivos de leproserías galas que se habrían refugiado en los Pirineos para escapar de la justicia.

Los agotes fueron un pueblo que fue tachado de maldito en la época medieval, fueron discriminados salvajemente por la ignorancia de sus vecinos, desde pueblo maldito, pasando por herejes, descendientes de leprosos, pactos con el diablo e incluso que tenían rabo.

Desde que se tiene constancia de su existencia han sufrido marginación social y religiosa hasta bien entrado el siglo XX.

En su origen maldito, podemos citar como causa principal la lepra, existía la lepra roja (la mortal), la lepra blanca (una afección cutánea, psoriasis tal vez) que se curaba y si no, existía la lepra moral. Según la Biblia, este mal de lepra moral, se recluía en el interior, y se dice que es hereditaria, entonces al pasar de padres a hijos ya no importaba lo demás, eran hereditarios de lepra moral con lo que eso implicaba.

El nombre cagot aparece por primera vez escrito en el Libro de oro de la catedral de Bayona, en el año 1260 (no hay que perder de vista que la quema de los cátaros en Montségur, ocurrió en el año 1244).

Un documento que ha llegado hasta nosotros es una Bula pontificia fechada el 13 de mayo de 1515, en la que se recomienda al Chantre de la catedral de Pamplona el examen de la petición que los agotes elevaron al Papa para que se les tratase como al resto de los fieles. La sentencia eclesiástica en su favor no surtió demasiado efecto en la práctica, como tampoco lo hicieron sendos decretos dictados en 1534 y 1548 por las Cortes de Navarra a favor de este grupo marginado.

En 1673, Pedro de Ursúa (defensor de los agotes) escribió un alegato a favor de alguno de ellos para que se les reconociera como originarios de Baztan.

El 27 de diciembre de 1817 se promulgó una ley por la que se suprimían todas las discriminaciones que existían, y se aprobaba la igualdad de derechos con sus vecinos de Arizkun, Baztan y Navarra.

La mayoría de los registros referentes a los agotes se corresponden con actas de bautismo, defunciones, donde la palabra agote aparece tras el nombre correspondiente, así como actas matrimoniales, relaciones con el clero y la nobleza y demandas de comunidades agotes, quejándose como ya hemos visto del trato dispensado por el resto de los fieles.

Fueron un pueblo muy odiado, se le atribuían toda clase de males y fechorias, y se llegó al extremo que para distinguirlos se les obligaba a llevar en la espalda, en sitio bien visible, una señal en forma de pie de gato de color rojo o una pata de oca, y tenían que hacer sonar una campanilla o unas tablas que se llamaban cliquetas en su recorrido para avisar de su presencia.

Las características físico-morales que se les atribuían junto con su origen desconocido hicieron de ellos una raza maldita, y como tal fueron recluidos en barrios separados de los demás, no permitiéndoles vivir en el pueblo mismo ni mostrar el escudo blasonado en sus fachadas, y mucho menos casarse con los naturales, sino entre ellos mismos. En la iglesia debían ocupar un lugar aparte, en el fondo, a la izquierda, debajo del coro, teniendo una pequeña puerta de acceso exclusiva para ellos (la llamada Agoten Athea). En los actos religiosos, se les trataba con todo tipo de discriminación: no podían acceder a la parte delantera de la iglesia, no pasaban por la pila de agua bendita (solían tener una propia), el monaguillo descendía a recibir su ofrenda, que se apartaba de las demás.

Se les daba la paz con el portapaz puesto al revés y cubierto con un paño. En algunos lugares se pretendía que ni se les diese la paz, sino dejársela en un banco donde ellos la pudieron tomar. No podían ser ordenados sacerdotes.

En Baztan, por ejemplo, no podían sentarse a la misma mesa que los naturales baztaneses, y en la iglesia de Arizkun una verja los separaba de ellos.

No podían cultivar la tierra, ni criar ganado, no podian andar descalzos bajo pena de abrasarles las plantas de los pies con un hierro candente, ya que se decía que todo lo que tocaban se contaminaba (de ahí que fuera relativamente corriente que los agotes cojearan). No podían acudir a bailes y fiestas.

Existe un documento de 1597 que dice así ¡¡ Cállate agote !! Tu opinión cuenta menos que la de un perro. ¡No eres nadie!.

Aun hoy en día se encuentran lugares con la denominación de fuente de los agotes, barrio de los agotes, calle de los agotes, pues eran obligados a tener sus propias fuentes, barrios, calles e inclusos cementerios.

Sin embargo también hay testimonios a su favor, se decía que tenían alma de músicos, eran los txistularis, tamborileros y bertsolaris de las tierras navarras y destacaron como poetas.

Como todo lo que tocaban lo contaminaban ejercían los oficios de carpintero, sepultureros, canteros ya que entonces se creían que estos materiales no transmitían la enfermedad. Si bien estos oficios los pudieron realizar conforme el paso del tiempo.

En algunos lugares se les obligó a llevar sobre el hombro una pata de oca de color anaranjado.

Hacían tambien tornillos de prensa, carrocerías, bancos, la parte mecánica de los molinos, elevaron campanas, construyeron naves e hicieron puentes. También hacían las sogas para los ahorcamientos y la gente no agote no querían ser carpinteros por temor a ser confundidos con ellos. No eran pues siervos, gozaban de la protección de la iglesia y de una libertad en términos muy restringidos. Estaban libres de perchas, pero también de derechos vecinales.

Algunos autores suponen que los agotes al realizar trabajos manuales de carpintería y cantería serian los constructores de muchas iglesias y fortalezas regidas por los templarios, ya que según estos al ser un pueblo maldito y excluido los agotes no hablaban y los conocimientos iniciaticos pasaban de padres a hijos en el mayor secreto. La orden del Temple fue la única orden que tenía una cierta relación con los agotes.

Según Eusebio Bartolomé en su libro Nuevo Baztan "lo cierto es que, con la sospecha y el temor a la lepra, se les fue encerrando en un circulo moral y psicológico peor que el sanitario. Los tuvieron por leprosos. Las leyes les sentenciaron como a tales. Y la experiencia nos enseña que, cuando escasea la cultura y abunda la ignorancia, la inteligencia está muy despierta para inventar toda clase de cuentos y fábulas con que cargar las espaldas de los odiados."

Pruebas a su favor de que todo lo que se decía era mentira, es que los agotes no morían de lepra, y eran buenos cristianos que acudian regularmente a misa, por lo que el san benito de que eran herejes o hacían pactos con el diablo era pura fantasía.

Hasta el siglo XIX, en España se exigió la presentación de un certificado de limpieza de sangre, para acceder a la Universidad, entrar en el ejercito, la iglesia o el funcionariado, en el que se hiciera constar que el poseedor del mismo no era judío, musulmán, converso o agote. Este certificado en Francia, desapareció con la revolución.