En la hornacina central encontramos la imagen de la Virgen de la Vid. La Virgen lleva corona, sostiene sobre la rodilla izquierda al Niño Jesús, mientras que con la mano derecha sostiene un ramo de vid de donde procede su nombre. Los lienzos que adornan el retablo representan los misterios de la Virgen. En el interior de la hornacina central donde se aloja la Virgen, encontramos diversos espejos que permiten ver la imagen de Nuestra Señora y su rostro desde distintos ángulos.

En los muros laterales de la capilla mayor encontramos las urnas funerarias (siglo XVIII) del cardenal Íñigo López de Mendoza y de su hermano Francisco de Zúñiga-Avellaneda y Velasco, III conde de Miranda del Castañar. Sobre la urna del cardenal figura la inscripción: "Aquí yace el eminentísimo sr. cardenal don Íñigo López de Mendoza, obispo de Burgos y abad de este monasterio. Fundador de la capilla mayor de esta iglesia, y del hospital de esta villa. Falleció el año 1533. Fue depositado su cadáver en el convento de Aguilera y concluida la capilla mayor de esta iglesia se trasladaron sus huesos a este mismo sitio. Año de 1579". En el lado de la epístola sobre la urna de su hermano figura una inscripción de similares características que nos dice que allí descansan los restos de Francisco de Zúñiga-Avellaneda, conde de Miranda del Castañar, que mandó hacer la capilla mayor de la iglesia ayuntadamente con su hermano el cardenal, habiendo fallecido en 1536.

Tres rejas forjadas por Juan Rodríguez, natural de Osma y terminadas en 1594, separan el espacio de las tres naves con el transepto de la iglesia. La rejas que tienen el mismo tamaño que las naves que le corresponden, disponen de pequeñas puertas de comunicación. En la reja central abren dos puertas, en las laterales una por cada nave lateral. A ambos lados de la verja central dos púlpitos también de hierro del siglo XVII.

Los retablos de los altares situados debajo del crucero, son obra del siglo XVII, están dedicados a san Norberto, san Agustín, san Nicolás de Tolentino y a Federico de Ratisbona. Del mismo siglo son las esculturas de las trompas del cimborrio. En los muros testeros de la nave transepto vemos dos grandes escudos labrados en piedra, el de la nave de la epístola corresponde al III conde de Miranda del Castañar, el del lado del evangelio al cardenal Íñigo López de Mendoza.

Entre 1723 y 1737 se construyen los tres últimos tramos de los pies, el coro alto y la espadaña de la fachada principal del templo. De entre los arquitectos que trabajaron en este periodo destacar el nombre del cantabro Diego de Horna Solar. El 18 de mayo de 1738 el obispo de Solsona José Esteban de Noriega (* Salamanca 22-03-1684 † Bellpuig de les Avellanes, Lérida 10-05-1739 / obispo de Solsona entre 1738 y 1739) consagraba la iglesia.

A los pies de la iglesia se sitúa el coro alto. Ocupa todo el ancho de las tres naves en los dos últimos tramos de los pies. Este se sustenta sobre arcos carpaneles y sobre los pilares de las naves del templo. La sillería de nogal es obra de Antonio y Pedro Quintana y fue realizada en 1665 en estilo barroco atemperado. Se compone de dos cuerpos y la forman 58 asientos separados por columnillas salomónicas. Las misericordias se adornan con motivos vegetales, zoológicos y heráldicos monacales. Destaca sobre todo el conjunto, la silla del abad situada en el centro del coro. En el asiento situado debajo del sitial del abad, encontramos un relieve con la representación de la imposición del escapulario a san Norberto. Sin embargo en el respaldo del sitial del abad encontramos una hornacina en cuyo interior y separados por tres pares de columnillas salomónicas encontramos un relieve de san Agustín que en realidad se corresponde a san Norberto, pero que en 1865 cuando los agustinos se hicieron cargo del monasterio fue transformado.

La portada barroca de la iglesia orientada hacia el oeste fue levantada en el siglo XVIII por Domingo de Izaguirre y Diego de Horna en sustitución de la anterior gótica. La misma se encuentra enmarcada por un gran arco de triunfo que forma la parte inferior de la espadaña. La portada está formada por dos cuerpos, en el superior encontramos la imagen en piedra de Nuestra Señora de la Vid en el interior de una hornacina con cubierta avenerada. Flanquean la hornacina una pilastra y una columna en cada uno de los lados. En la parte superior encontramos un frontón partido. En el cuerpo inferior encontramos la puerta formada por un arco de medio punto flanqueada por columnas que se levantan sobre un podio. Este cuerpo sostiene el entablamento sobre el que se levanta el segundo cuerpo.

Sobre esta portada se levanta la gran espadaña churrigueresca de 33 metros de altura, terminada en 1738 y que domina el conjunto monacal. Formada por tres cuerpos de campanas en altura decreciente; en el cuerpo inferior encontramos un gran óculo que permite la iluminación del coro. Flanquean este óculo dos escudos de la casa ducal de los Peñaranda (linaje entroncado con los Miranda del Castañar). Por encima del óculo tres vanos en arco de medio punto que alojan tres campanas, más arriba dos vanos de iguales características con dos campanas y en lo más alto un cuerpo con un solo vano y una sola campana.

Destacar como ya hemos mencionado que el óculo de la fachada principal de la iglesia sirve para iluminar el coro, pero además la luz que penetra por el mismo permite un curioso efecto luminoso ya que en un determinado momento del día, la luz solar penetra por el círculo e incide directamente sobre la imagen de la Virgen de la Vid que se encuentra en el retablo mayor iluminándola.

Al exterior destaca el gran ábside poligonal con sus poderosos contrafuertes. Destaca sobre ellos labrados en piedra los escudos nobiliarios de la casa condal de los Miranda del Castañar (familias Zúñiga y Avellaneda), promotores de las obras de la iglesia desde el siglo XVI.

Perpendicular a la fachada de la iglesia, encontramos la gran fachada principal del monasterio, por donde tiene su entrada. Es una obra realizada en el primer cuarto del siglo XVII para dar servicio monástico a las nuevas necesidades de los monjes, principalmente abrir celdas o dormitorios individuales en detrimento de los dormitorios comunes o corridos. La imagen que preside la entrada es del fundador de la orden de los premonstratenses: san Norberto.

Claustro del pozo, Claustro Viejo o Claustro grande Las obras dieron comienzo en 1517 sobre un anterior claustro románico. Con planta cuadrangular y dos pisos de altura. El claustro bajo conserva la traza original y lo forman siete tramos por panda. Estas se cubren con bóvedas estrelladas que apoyan en ménsulas con cabezas de ángeles.

Los siete grandes arcos de medio punto que asoman al jardín en origen estaban abiertos, pero en 1766 (siglo XVIII) fueron cegados y en ellos se abrieron ventanas adinteladas con decoración en la parte superior en forma de celosías de piedra. En el centro del jardín encontramos un pozo protegido por una pérgola. Desde este claustro podemos ver un reloj de sol con la fecha de terminación de las obras. El claustro alto fue realizado en el siglo XVIII sobre el anterior del siglo XVI durante el abadiato de Bernardo Hernáez. Lo forman siete ventanales con arcos de medio punto en cada una de sus pandas, los ventanales se separan por columnas jónicas y se cierran con pequeñas balaustradas de hierro que asoman al jardín.

En el ángulo que forman las pandas sur y este, junto al panteón, encontramos la portada plateresca realizada en el siglo XVI y que permite el paso a la iglesia desde el claustro. Destaca sobre la portada una imagen en piedra de la Virgen de los Ángeles flanqueadas por dos ángeles tenantes.

Fachada antigua sala capitular En la panda oriental del claustro bajo, se conserva la fachada de la antigua sala capitular románica de mediados del siglo XII. Se conserva la portada de entrada formada por un arco de medio punto apoyadas en columnas con capiteles con decoración vegetal de hojas de acanto y adornos de piñas. A ambos lados dos ventanas bíforas en arco de medio punto, cuyos parteluces lo forman una cuádruple columna, una de ellas de fuste torso. El ventanal de la derecha es original mientras que el situado a la izquierda es una reconstrucción con algunos elementos (capiteles) originales. Las columnas laterales de fuste doble, se decoran con capiteles vegetales y adornos de piñas.

La sala capitular hoy en día ha desaparecido, solo conservamos la fachada antes descrita, en su lugar hoy encontramos la sacristía.

Panteón La sala se construyó sobre el lugar que ocupaba la antigua sacristía. Hasta 1960 estuvo en uso como panteón del monasterio o lugar de enterramiento de los abades. En él están los restos del primer abad del monasterio Domingo de Candespina. De su techo cuelga un barco de los llamados filipinos, por ser el tipo de barco en el que se embarcaban los monjes agustinos en su labor evangelizadora en Filipinas. Es una sala rectangular construida en el siglo XVII , se cubre con una bóveda de tres tramos. La portada abierta al claustro, está formada por un arco apuntado (resto de su anterior fisonomía gótica) con dos arquivoltas y columnas decoradas.

En la panda del claustro junto a la entrada al panteón, hay una hornacina abierta en el muro, era el antiguo armalorium, estantería donde se depositaban libros de lectura que podían usar los monjes en sus paseos por el claustro.

Sacristía Situada en la panda oriental del claustro, está construida en parte de lo que fue la antigua sala capitular. Tiene planta rectangular, es obra realizada por Juan de la Verde en 1625 bajo el abadiato del abad Bernardo de León. La sala se cubre en sus tres tramos con bóveda de cañón con lunetos. Una moldura recorre el tercio superior de la sala.

En su interior destaca la cajonería en madera de nogal realizada en el siglo XVII y la mesa central realizada en el XVIII. La estancia se adorna con doce lienzos fechados en el siglo XVI representando a los apóstoles y que fue una donación del I duque de Peñaranda, Juan de Zúñiga-Avellaneda y Bazán (* Peñaranda de Duero, Burgos 1541 † Peñaranda de Duero 04-09-1608 / virrey de Nápoles 1586-1595).

Refectorio Construido en la panda norte a mediados del siglo XVIII; es una gran sala rectangular (36 metros x 7 metros) que se cubre con cinco tramos con bóvedas de arista en cuyas claves vemos símbolos del monasterio. En uno de sus muros encontramos el púlpito en piedra donde se realizaban las lecturas durante las comidas. El acceso se realiza por una escalera empotrada por el interior del muro. Preside la estancia un lienzo de la Última Cena del siglo XVIII de la escuela veneciana.

Biblioteca Situada en una sala encima del refectorio, fue la última de las obras realizadas en el monasterio (1798). Se trata de una sala rectangular de 32 x 7 metros, que se cubre con bóveda de cañón de siete tramos y lunetos de iluminación. La decoración de la bóveda se compone de símbolos abaciales, coronas y motivos vegetales. En el centro una representación del Espíritu Santo en forma de paloma de la que sobresalen haces de rayos. Preside la estancia un lienzo de la Inmaculada Concepción.

Los muros laterales de la biblioteca se cubren en su totalidad por estanterías de madera ordenadas en dos pisos en las que se guardan los libros que a lo largo de toda su existencia se han ido conservando en el monasterio. Salvedad hay que hacer del expolio sufrido por la biblioteca durante el periodo en que el monasterio fue abandonado durante la desamortización.

Museo (arte sacro y numismático) El monasterio dispone de dos salas museísticas localizadas en salas independientes y además en distintas zonas abiertas al claustro. La sala dedicado a ornamentos litúrgicos y obras mueble (pintura y escultura) se localiza en la panda oeste del claustro. Se trata de una sala rectangular construida en el siglo XVIII y que era la antigua despensa y granero del monasterio (la cilla). Cumple funciones de museo desde 1996 y contiene piezas artísticas de los siglos XVI y XVIII. La sala dispone de tres arcos fajones de medio punto que dividen la sala en dos espacios longitudinales. En la actualidad se ha construido una estructura metálica para dividir horizontalmente la sala y crear una disposición de dos pisos. El convento alberga un incunable (obra realizada entre la invención de la imprenta y el año 1500) y que lleva por nombre LIber Chronicarum siendo el ejemplar más relevante de todo el monasterio.

El segundo museo lo ocupa una sala situada junto a la sacristía y está dedicado en su integridad a museo numismático.

Escalera claustral Formada por una caja cuadrada, se sitúa entre el claustro del pozo y el claustro de la hospedería, fue construida a principios del siglo XVII en estilo renacentista por los maestros Palacios, Ezquerra y Juan de la Verde. Esta escalera permite el acceso a los pisos superiores de ambos claustros, está realizada en piedra y se cierra por una bóveda.

Junto a la escalera se conserva la antigua pila bautismal románica, con una taza gallonada.