Se encuentra situada a 1.263 metros de altitud, en la población leridana de Boí, junto al río San Martín, afluente del Noguera de Tor. Es la iglesia mas antigua del Valle, ya que se encuentra documentada en el 1079. Se encuentra bajo la titularidad de San Juan Bautista y una pequeña imagen del santo levantado sobre una peana preside el Altar Mayor. En 1962 fue declarada Monumento Histórico Artístico.

Iglesia románica de los siglos XI y XII con modificaciones posteriores. Se incluye dentro del grupo de iglesias levantadas en el primer periodo constructivo en el valle de Boí durante el siglo XI, se trata pues de un románico con elementos lombardos propio de este momento constructivo.

Es un edificio orientado a Levante, de planta basilical, tres naves separadas por arcos formeros de medio punto que apoyan en seis gruesos y cortos pilares, los dos más cercanos a la cabecera rectangulares y los cuatro restantes cilíndricos. La nave central se desarrolla en cuatro tramos. Se cubre con techumbre de madera a doble vertiente. El tejado es de madera al interior y pizarra a doble vertiente al exterior. La cabecera está formada por dos absidiolos semicirculares que se cierran con bóveda de cuarto de esfera, mientras que el central es de testero recto, modificado durante las reformas que sufrió el edificio en los siglos XVII y XVIII ya que el original debió ser también semicircular. Este se cubre con bóveda de medio cañón. De los tres ábsides solo el absidiolo Norte es original. Al exterior los absidiolos se decoran con una serie de arquerías ciegas muy rudimentarias, sin lesenas, sin vanos y sin ningún tipo de decoración suplementaria.

El campanario levantado en el siglo XII en fecha algo posterior a la iglesia, se encuentra adosado a la fachada sur, es de planta cuadrada y cuenta con tres pisos en altura. Los dos primeros niveles presentan la típica decoración lombarda con arquerías ciegas a razón de cinco arquillos rehundidos en el muro por lado. Entre el primero y segundo piso además de los arquillos encontramos un friso con decoración de dientes de sierra. El último piso es un sobrealzamiento posterior del siglo XVII y XVIII realizado probablemente por la destrucción del mismo en algún hecho bélico. La entrada a la torre se realiza por el interior del templo a través de una portada en arco de medio punto. La torre campanario era utilizada como torre-vigía del castillo de los Erill que se encontraba junto a la iglesia, castillo que en la actualidad ha desaparecido, pero que se sabe que disponía de un puente levadizo que unía castillo y torre.

Los vanos del primer piso son de medio punto, los del segundo geminados con arcos de medio punto que apoyan en una columna central con capitel mensulado. Las ventanas del tercer piso son más alargadas que las restantes y son de medio punto. Se cubre la torre con una cubierta piramidal de pizarra a cuatro aguas.

En la fachada Norte se abre el portal original del templo. En un principio, esta portada estaba cubierta por un pórtico (hoy desaparecido) y en su lugar se ha instalado recientemente una cubierta de protección para preservar en lo posible las pinturas con que se adorna la portada. No obstante la entrada habitual del templo se encuentra en la fachada occidental a los pies y se desarrolla en arco de medio punto, siendo de construcción posterior. La original situada al Norte también es en arco de medio punto y destaca por su decoración pictórica de tipo mural. La pintura que ahora podemos ver es una copia, ya que el original se encuentra en el Museo Nacional de Arte de Cataluña.

El importante conjunto de pinturas murales que se encontró en el interior de Sant Joan de Boí, datan del primer cuarto del siglo XII. Los originales se conservan en el Museo Nacional de Arte de Cataluña, la mayoría de los fragmentos fueron arrancados entre los años 1919 y 1923. En la última restauración se hicieron copias de todos los fragmentos conservados que son los que podemos ver en la actualidad. Entre las más importantes o curiosas destaca una interesante escena con la Lapidación de San Esteban, un dragón de siete cabezas, animales fantásticos y reales recogidos del bestiario medieval, un gallo, un cojo con una prótesis de madera que parece que se toca sus partes nobles, dos parejas de santos o apóstoles conversando, escenas de malabaristas y equilibristas con músicos, el Apóstol Felipe y un Juicio Final. El buen estado de conservación de las pinturas se debe a que las mismas se encontraban ocultas bajo una capa de pintura blanca realizada durante el siglo XVIII. Como dato curioso podemos señalar que la pintura alusiva al hombre cojo que se toca sus partes nobles hace referencia al hombre pecador y enfermo (lisiado). Parte de esta escena se encuentra perdida ya que en algún momento de su historia fue censurada.