Trascoro Diseñado en 1733 en estilo neoclásico por José Gallego Oviedo del Portal y José de Bada Navajas (* Lucena-Córdoba 16-01-1691 † Granada 26-12-1755). En su centro y en un arco de medio punto de mármol negro, lienzo de la Sagrada Familia con san Juanito (conocido el lienzo como "de las tijeras" o de la Virgen de Belén) de hacia 1791. Obra de Mariano Salvador Maella (* Valencia 21-08-1739 † Madrid 10-05-1819). Flanqueando el lienzo central, dos esculturas de gran tamaño: santo Toribio de Liébana y san Lorenzo y otras cuatro más pequeñas de: la Inmaculada, santa Catalina, san José y santa Bárbara. En lo alto del trascoro, el triangulo dívino con el nombre de Dios en hebreo. En los laterales del ático sendas esculturas de san Miguel y san Gabriel y otros dos ángeles en actitud orante.

Sobre el dintel y por encima del lienzo del lienzo de la Sagrada Familia, podemos leer una inscripción que dice: Et erat subditus illi que traducido: "Y era obediente a sus padres".

Frente al trascoro y sobre las puertas de entrada de la fachada principal, encontramos sobre cada una de ellas un total de tres relieves: en el centro (puerta del Perdón): Jesús niño entre los doctores de la iglesia, de Pedro Roldán (* Sevilla 14-01-1624 † Sevilla 03-08-1699). A la izquierda (puerta del Clero): la Huida a Egipto también de Pedro Roldán. A la derecha (puerta de los Fieles): las bodas de Caná de Lucas González.

Capilla de santo Domingo de Guzmán o del Cristo de la Buena Muerte Primera capilla de los pies, lado del evangelio. Fue su promotor en 1751 el canónigo penitenciario Gabriel Ruiz Corchón. El retablo se sitúa en el muro lateral izquierdo, es de estilo rococó, de mediados del siglo XVIII y se encuentra completamente dorado. Sirve de marco a un lienzo cuadrilobulado del titular de la capilla santo Domingo de Guzmán obra de Francisco Pancorbo (* 1696 † 1760). En el ático encontramos un pequeño lienzo de la Anunciación.

En el muro frontal talla de Cristo crucificado, conocido con el sobrenombre de "Cristo de la Buena Muerte", obra de 1927 del escultor Jacinto Higueras Fuentes (* Santisteban del Puerto-Jaén 1877 † Madrid 1954) . Los muros de la capilla están cubiertos por unos pocos lienzos a modo de pequeño museo pictórico con lienzos del siglo XVII.

Capilla de san Sebastián o de san Juan Nepomuceno El retablo principal se sitúa en el muro lateral izquierdo, es obra de barroca de mitad del siglo XVIII , dedicado a san Juan Nepomueno, cuya imagen obra de José de Medina Anaya (* Alhaurín el Grande-Málaga 02-08-1709 † Jaén 21-04-1783) ocupa el nicho principal. En el ático, lienzo ovalado de la Virgen María con el Niño Jesús. El frontal de la capilla está ocupado por un gran lienzo de san Sebastián obra de 1662 del pintor Sebastián Martínez Domedel (* Jaén ca. 1615 † Madrid 1667).

Capilla de san Jerónimo La advocación de la capilla se debe al canónigo lectoral Jerónimo José Baltán en 1747 que sufragó un retablo barroco. El actual retablo neoclásico que vino a sustituir al anterior, fue obra de Manuel Martín Rodríguez (* Madrid 1746 † 1823) realizado en 1793. El nicho central está presidido por un lienzo barroco (seguramente proveniente del anterior retablo) con una representación de san Jerónimo de autor anónimo. En el ático y en un lienzo de forma circular los eremitas san Antonio Abad y san Pablo ermitaño.

En el lateral izquierdo podemos ver el escudo en madera policromada de la catedral de Jaén, talla atribuida a Sebastián de Solís hacia 1604 y que probablemente también debió pertenecer al antiguo retablo.

Capilla de la Virgen de los Dolores Fue su promotor el racionero Juan Romero Utrera en torno a 1748. El retablo fue sufragado con fondos del legado de Romero Utrera y otros aportados por el canónigo Ambrosio Francisco de Gámez. El retablo barroco dorado sirve de marco a un lienzo ovalado con una representación de los siete dolores de la Virgen, realizado en 1745 por el pintor Domingo Martínez (* Sevilla 1688 † 1749).

Sobre la mesa del altar y en el interior de una urna, imagen de Cristo yacente de finales del siglo XVI. La capilla está decorada prácticamente en su totalidad con pinturas atribuidas al pintor Francisco Pancorbo (* 1696 † 1760), aunque destacan cuatro lienzos de los cuatro evangelistas realizadas en el siglo XVII por Sebastián Martínez Domedel (* Jaén ca. 1615 † Madrid 1667). Las pinturas de los muros representan en el frontal superior el Entierro de Cristo y ángeles llevando el Santo Rostro, en el muro de la izquierda, arriba el Calvario y abajo el rey David y los cuatro profetas del Antiguo Testamento. En el muro de la derecha, el Descendimiento de la Cruz (arriba) y Moisés con doce profetas del Antiguo Testamento (abajo).

A continuación y en la nave de transepto, encontramos la portada de la Asunción (fachada sur) desde su interior. Sobre ella encontramos dos relieves realizados en 1564 por el escultor segureño Luis de Aguilar: la Adoración de los pastores y la Adoración de los Reyes Magos.

Sacristía mayor, antesacristía, panteón de canónigos y galerías altas A la sacristía mayor se accede desde la nave de la epístola a través de una sala conocida como antesacristía. En esta sala encontramos una escalera que nos lleva directamente al conocido como panteón de los canónigos o cripta. Como su nombre indica, en ella eran enterrados los canónigos hasta mediados del siglo XIX. Tanto la antesacristía, como la cripta, sacristía y sala capitular fue obra del arquitecto Andrés de Vandelvira (* Alcaraz-Albacete ca. 1505 † Jaén 1575) durante el obispado de Diego Tavera Ponce de León (* Sevilla † Toledo 28-04-1560 / obispo entre 1555 y 1560). La cripta fue construida por Vandelvira aprovechando el desnivel del terreno lo que permitió utilizarla como elemento de sustentación de la propia catedral. Su extensión se corresponde con el piso bajo de la sacristía y la sala capitular.

El panteón de canónigos y prebendados se divide en tres salas: el vestíbulo o atrio de la cripta, es una pequeña sala que comunica con la escalera de bajada a través de una gran arcada formada por tres arcos de medio punto y un óculo central, muy de estilo renacentista. Se cubre con bóveda baída con lunetos ciegos. Una segunda sala, la antigua capilla del panteón (19,5 x 10 metros) de bóveda rebajada y una tercera sala situada a continuación de la segunda que es la zona fúnebre de la cripta. A la entrada de la segunda sala podemos ver el escudo del obispo Diego Tavera. En la actualidad estas salas cumplen funciones de pequeño museo con obras artísticas de la catedral.

Desde la antesacristía y a través de otra escalera situada junto a la primera, se asciende a las conocidas como galerías altas. En origen esta zona estaba reservada para el culto del Santo Rostro, después serían usadas como escuela de gramática, contaduría, biblioteca, archivos y dependencias generales. En la actualidad las estancias son usadas como salas de estudios (fondos bibliográficos) y conservación del fondo documental de la catedral. Algunas de ellas son usadas con fines turísticos y exposiciones temporales. Estas galerías recorren la parte alta de la catedral por encima de las capillas laterales con accesos visuales tanto al interior como al exterior de la catedral. Es obra de Andrés de Vandelvira al igual que el resto de dependencias que encontramos en esta zona. Una de las salas está dedicada a los retratos de todos los obispos de la diócesis.

Desde la antesacristía se pasa a la sacristía mayor. Se trata de una sala de planta rectangular (12 x 22 metros), obra de Andrés de Vandelvira que fue finalizada en 1577 después de su muerte. Cuenta en total con dieciséis arcos de medio punto que descansan en entablamentos que a su vez apoyan sobre columnas corintias pareadas alzadas sobre zócalos. La sala se cubre con bóveda de cañón con arcos fajones, y sus tramos están decorados con formas geométricas (círculos y rectángulos). Preside la estancia un retablo-relicario, realizado en 1640 por Alonso de Mena Escalante (* Granada 1587 † Granada 1646). En los intercolumnios de los muros diversas pinturas: los cuatro evangelistas, Cristo y la Virgen y una curiosa pintura sobre la puerta de entrada con una escena de María Magdalena moribunda.

Sala capitular o capilla de san Pedro de Osma Tiene entrada a través de la capilla de Santiago o a través de la sacristía mayor. Es obra de Andrés de Vandelvira. De planta rectangular (14 x 7 metros), la sala se cierra por una bóveda de medio cañón con arcos fajones, y decoración geométrica a base de rectángulos tan propios de la arquitectura renacentista. Los muros se decoran con pilastras jónicas que enmarcan tramos con arcos de medio punto y nichos avenerados en alternancia. La iluminación de la sala se realiza a través de ventanas abiertas en el interior de algunos de los arcos.

Preside la estancia un retablo realizado en 1546 con pinturas sobre tabla por Pedro Machuca (* Toledo ca. 1490 † Granada 1550). Formado por un total de nueve pinturas, el central superior recoge una escena de la Virgen María con el Niño Jesús, siendo adorado por el cardenal Pedro Pacheco Ladrón de Guevara (* La Puebla de Montalban-Toledo 29-06-1488 † Roma 05-03-1560 / obispo entre 1545 y 1554) y miembros del cabildo. Flanquean a la Virgen: san José y san Juan Evangelista. El personaje central del nivel inferior es san Pedro de Osma a quien está dedicado el retablo. Flanquean a san Pedro de Osma, san Pedro y san Pablo. En el ático encontramos un lienzo circular con una representación de la Verónica sosteniendo el paño del Santo Rostro. En el banco tres tablas representando a Padres de la Iglesia en actitud de dialogo.

Capilla de la Virgen de las Angustias El patronazgo original sobre la capilla se debe al obispo fray Jerónimo Rodríguez Valderas (* Ciudad Rodrigo-Salamanca 25-05-1592 † Baeza-Jaén 17-03-1671 / obispo entre 1668 y 1671) quien la puso bajo la titularidad de san Pedro Pascual en 1670. Alberga un retablo neoclásico encargado por el chantre Luis Javier de Garma Moreno (* Barcelona 1752 † Jaén 1824) y en él se dispuso un lienzo de san Pedro Pascual. En 1845 y procedente del desamortizado convento de san José (carmelitas descalzos) se entronizó en esta capilla la imagen de la Virgen de las Angustias, obra de hacia 1707 de los hermanos José de Mora-Ginarte y López-Criado (* Baza-Granada 01-03-1642 † Granada 25-10-1724) y Diego Antonio de Mora-Ginarte y López-Criado (* Granada 30-11-1658 † 16-01-1729). La Virgen de las Angustias está representada como una Piedad, la talla de la Virgen se atribuye a José de Mora, mientras que Cristo muerto en brazos de la Virgen a su hermano Diego de Mora.

El lienzo de san Pedro Pascual pasó a ocupar titularidad en otra capilla de esta misma catedral. En el ático aún se puede ver una pintura con una escena relativa a la vida de san Pedro Pascual, como hemos dicho anterior titular de la capilla. En la capilla fueron inhumados los restos mortales del obispo Rodríguez Valderas mecenas de la capilla.

Capilla de santa Teresa El retablo de estilo barroco fue diseñado por Pedro Duque Cornejo (* Sevilla 1678 † Córdoba 03-09-1757), realizado en 1757 a instancias del racionero Juan de Linares. La ejecución del retablo se debe a Francisco Calvo y a José de Medina Anaya (* Alhaurín el Grande-Málaga 02-08-1709 † Jaén 21-04-1783). Preside el retablo, una talla de la titular, flanqueada por esculturas de san Juan Bautista y san Roque, obras de 1757 de José de Medina. En un nivel superior talla de la Inmaculada y en el ático ovalo con un relieve de busto del Salvador, estas obras también de Medina. Los relieves policromados del banco representan diversas escenas de la vida de la santa, al igual que las pinturas murales que vemos en el fondo de la capilla, realizadas por Francisco Pancorbo (* 1696 † 1760).

Capilla de san Benito La titularidad al santo benedictino se instaura en 1757 de la mano del obispo benedictino fray Benito Marín (* Calahorra-La Rioja 24-01-1694 † Jaén 10-08-1769 / obispo entre 1750 y 1769).

El retablo de estilo barroco y completamente dorado fue diseñado en 1757 por Pedro Duque Cornejo (* Sevilla 1678 † Córdoba 03-09-1757) y ejecutado por Francisco Calvo y José de Medina Anaya (* Alhaurín el Grande-Málaga 02-08-1709 † Jaén 21-04-1783). El nicho central está ocupado por talla con la apoteosis de san Benito, al que vemos envuelto en nubes. En la parte superior del retablo escudo del obispo promotor de la capilla. Completa la decoración del retablo un grupo de tondos con relieves alusivos a la vida de san Benito.

En el suelo frente a la capilla, lauda sepulcral del obispo Benito Marín, de mármol rojo con incrustaciones de mármoles de diversos colores. Destacan las figuras de las dos calaveras de color blanco que destacan sobre el fondo oscuro del suelo.

Capilla de Santiago Apóstol Situada en la cabecera, a la derecha de la capilla mayor. Es además paso obligado para acceder a la sala capitular, a través de una puerta situada a la derecha que lleva a una antesala (antesala capitular) que permite el acceso a la sala capitular. La titularidad a Santiago Apóstol, fue promovida por el canónigo Diego Valero en 1751 a condición de ser sepultado en la capilla. Con anterioridad estuvo bajo la advocación de san Sebastián.

El actual retablo de estilo neoclásico es obra de Manuel López y vendría a sustituir al anterior barroco que financiara el canónigo Valero y que tenía una escultura de Santiago en la batalla de Clavijo, de donde tomaría nombre la capilla. Actualmente el lugar principal del retablo está ocupado por un conjunto escultórico con el Descendimiento de Cristo de la Cruz, realizado en 1957 por Víctor de los Ríos Campos (* Santoña-Cantabria 28-03-1909 † Santander 13-12-1996). Flanquean al conjunto escultórico, esculturas de bulto redondo de san Gregorio Nacianceno y santo Tomás de Villanueva. En los intercolumnios dos pequeños tondos con lienzos del Ecce-Homo y la Dolorosa. El lienzo central del ático es obra del pintor académico Francisco Agustín Grande (* Barcelona 1753 † Sevilla 25-10-1801) de hacia 1790 y representa la escena de la aparición de la Virgen del Pilar al apóstol Santiago. Flanqueando el lienzo central del ático, esculturas de los apóstoles santo Tomás y san Andrés.

Capilla Mayor o del "Santo Rostro" situada en la cabecera del templo, en el centro del eje principal. Esta capilla no dispone de sacristía propia por falta de espacio. En ella se conservan dos de las reliquias más importantes de la catedral, el "Santo Rostro" y también la imagen de la Virgen de la Antigua que despierta gran fervor entre los jiennenses.

La embocadura de la capilla está formada por un gran arco de medio punto a modo de arco triunfal en cuya clave campea el escudo de los Reyes Católicos. En la capilla se encuentra guardado un paño de tela con el "Santo Rostro", traído o devuelto (según versiones) por el obispo Nicolás de Biedma.

El retablo mayor es obra de Sebastián de Solís († 1630 o 1631), realizado a principios del siglo XVII para la capilla mayor de la antigua catedral gótica. En 1821 el retablo sufrió una fuerte intervención dándole su aspecto neoclásico actual. Los lienzos de los muros laterales están realizados entre 1661 y 1662 por Sebastián Martínez Domedel (* Jaén ca. 1615 † Madrid 1667) y en origen pertenecían al anterior retablo.

El actual retablo tiene en su nicho principal la imagen de la Virgen de la Antigua, bajo ella en el sagrario, una pintura de Sebastián Martínez Domedel de hacia 1660 que hace de puerta del sagrario, en ella se representan dos ángeles que sostienen el lienzo con el rostro de Jesús (el Santo Rostro). En el interior del sagrario se conserva físicamente el lienzo guardado en total por siete llaves.

Las cuatro pinturas del retablo representan escenas de la pasión de Cristo: en el nivel superior: el Descendimiento y la Flagelación, en el nivel inferior: Cristo camino del Calvario en presencia de la Virgen y El Expolio. Las pinturas del piso superior son obra de Sebastián Martínez, mientras que las de nivel inferior son de autor anónimo colocadas en la restauración de 1821. Estos dos últimos lienzos vinieron a sustituir a una Anunciación y una Visitación obras atribuidas a Sebastián Martínez y que ahora decoran los muros de la capilla. En el piso superior del nicho central de la Virgen, relieve de la Asunción de la Virgen siendo coronada. Distribuidos en el piso inferior esculturas de bulto redondo de san Bernardo de Claraval, san Pedro, san Pablo y san Antonio Abad, obras de Sebastián de Solís entre 1602 y 1605. En el ático Cristo en la cruz y a sus pies la Magdalena, a los lados san Juan Evangelista y la Virgen María. En la cornisa del ático cuatro alegorías: Fe, Esperanza, Caridad y la Religión. En el punto más alto Dios Padre presidiendo todo el retablo.

La Virgen de la Antigua que ocupa el nicho principal del retablo, es una imagen de finales del siglo XIV que recuerda a la que el rey Fernando III el Santo entregó a la catedral en 1246 en el momento de la conquista a los musulmanes. Dicha imagen desapareció en una razia musulmana (1367) y la presente es un recordatorio de la original perdida. La Virgen de la Antigua es la patrona del cabildo catedralicio.

El "Santo Rostro" es un paño de tela donde figura el verdadero rostro de Cristo. Todo lo relacionado con esta reliquia está sujeta a la fe de los creyentes, pues documentación acreditativa hay poca. Se dice que el lienzo fue traído a Jaén por el obispo Nicolás de Biedma desde Roma. Otra tradición dice que el lienzo se encontraba en manos del rey Fernando III, que lo llevó a Sevilla y en el momento de su muerte el lienzo se quedó en Sevilla, siendo recuperado posteriormente por el obispo Nicolás de Biedma que lo devolvió a la catedral de Jaén.

El lienzo se encuentra en el interior de un relicario en forma de marco y en ocasiones es mostrado a los fieles. Antiguamente el relicario era sacado al balcón principal de la fachada principal y desde allí se bendecían los campos del entonces reino de Jaén. En España hay dos lienzos con el rostro de Cristo que se consideran con legitimidad suficiente: la Santa Faz de Alicante y este "Santo Rostro" de Jaén. Según la tradición cuando la Verónica enjugó el sudor de Cristo en su paño, lo guardó envuelto en tres dobleces, al desdoblarlo en los tres paños se había quedado grabado el rostro de Cristo, dos de ellos están en España, el tercero se desconoce su paradero o fue destruido.

Entre las aventuras sufridas por este relicario, destacar que durante la guerra civil española, el relicario desapareció de la catedral y que al finalizar la contienda fue encontrado en un garaje en las afueras de París, desde donde regresó a la catedral en 1940.

En el suelo de la capilla fue enterrado el obispo Alonso Suárez de la Fuente del Sauce (* Fuente del Sauce-Ávila † Jaén 05-11-1520 / obispo entre 1500 y 1520). Este enterramiento tiene una curiosa historia que comentamos a grandes rasgos. Al morir el obispo en 1520 fue su deseo ser enterrado en la capilla mayor y así se hizo. Como consecuencia de las obras de la catedral los restos del obispo salieron de su tumba en 1635 y fueron despositados en la sacristía hasta tanto se terminara de construir la nueva capilla mayor. Finalizadas las obras, el cabildo quiso enterrar al obispo en el suelo del coro a lo que la familia se opuso aduciendo que su lugar era la capilla mayor. No hubo acuerdo y el cuerpo del obispo fue guardado en una cajonera de la capilla mayor sin enterrar. Finalmente y después de siglos de litigio, en 13 de mayo de 2001 por decisión del obispo del momento, se ordenó el enterramiento en el suelo de la capilla mayor tal y como había sido su deseo. Es por ello que este obispo cuyo cuerpo se encuentra momificado es conocido popularmente como el "obispo insepulto".

Capilla de san Fernando Situada en la cabecera del templo, a la izquierda de la capilla mayor. Con anterioridad estuvo dedicada a la devoción al Niño Jesús. En el muro lateral izquierdo se encuentra la puerta que permite el acceso a la sacristía de la capilla.

Preside la capilla un retablo neoclásico de madera imitando mármol de finales del siglo XVIII realizado en 1790 por Manuel López a instancias del deán José Martínez de Mazas (* Liérganes-Cantabria 03-10-1731 † Jaén 20-04-1805). El centro del retablo está ocupado por un lienzo del rey Fernando con la ciudad de Jaén al fondo, es obra del pintor Juan de Valdés Leal (* Sevilla 1622 † 1690), realizado entre 1673 y 1674 a expensas del cabildo para celebrar la canonización del rey Fernando. En los espacios de los intercolumnios dos tondos con lienzos de san Pedro y san Pablo. En el ático, lienzo del pintor Francisco Agustín Grande (* Barcelona 1753 † Sevilla 25-10-1801) de finales del siglo XVIII representando la consagración de la mezquita a la Asunción de la Virgen, en el lienzo vemos al rey Fernando arrodillado y al obispo de Córdoba Gutierre consagrando la mezquita, y en un plano superior a la Virgen María. En la cornisa dos alegorías: la Diligencia y la Constancia.

Capilla de san Eufrasio Dedicado al santo por decisión del obispo Agustín Rubín de Ceballos (* Dueñas-Palencia 24-06-1724 † Madrid 08-02-1793 / obispo entre 1780 y 1793). El retablo está realizado en madera policromada imitando piedra marmórea, las trazas neoclásicas son del académico de san Fernando, Manuel López en 1790. Centra el retablo un relieve con la Apoteosis de san Eufrasio, uno de los siete varones apostólicos que cristianizaron España, primer obispo de la diócesis antigua de Jaén y además patrono de la actual. En las calles laterales, esculturas de bulto redondo de san Agustín y de san Julián, ambos santos ligados al obispo Rubín, el primero por el patronazgo sobre su nombre y el segundo por su patronazgo en la ciudad de Cuenca donde el obispo Rubín había sido canónigo. En el ático escultura de san Antolín, patrón de Palencia y lugar donde había nacido el obispo Rubín. Flanqueando el frontón triangular del ático, conjuntos alegóricos representando el triunfo de la Fe (izquierda) y el triunfo de la Religión (derecha). Todo el conjunto escultórico del retablo es obra de Juan Adán Morlán (* Tarazona-Zaragoza 01-03-1741 † Madrid 14-06-1816), realizado hacia 1790.

En la mesa del altar, urna funeraria con reliquias del papa san Pío I, donadas en 1793 por el obispo Rubín. En el muro de la derecha, lienzo del siglo XVIII con una representación del retablo de la Virgen de la Capilla procedente de la iglesia de san Ildefonso. Por deseo expreso del obispo Rubín, sus restos mortales fueron depositados en el suelo de esta capilla.

Capilla de la Inmaculada Con anterioridad dedicada a san Francisco de Asís. Cambio su advocación en 1785 por decisión del canónigo Manuel Angulo. Retablo neoclásico dorado realizado en 1786 por Bernardo de Ocaña, a instancias del canónigo Francisco Manuel Angulo promotor de la capilla.

En el banco relieves dorados con representaciones de "Esther ante Asuero" (panel izquierdo), la "Visión de la Jerusalén Celestial" (ocupando los dos paneles centrales) y "Judith con la cabeza de Holofernes" (panel derecho). El cuerpo central del retablo está ocupado por un lienzo de la Inmaculada Concepción (copia de un modelo original de Ribera), obra anónima del siglo XVIII. Flanqueando a la Inmaculada, lienzos de san Joaquín y santa Ana, padres de la Virgen. En el ático lienzo con otra representación de "Esther ante Asuero". Acompañan a este lienzo ya en la cornisa del retablo tallas de reyes y profetas del Antiguo Testamento.

En el muro de la derecha y en el interior de un arcosolio, escultura de san Amador, con la cruz y la palma del martirio, patrono de Martos, en el pedestal sobre el que alza la figura, bajorrelieve de santa Marta. El conjunto es obra realizada en 1997 por el escultor antequerano José Romero Benítez († 2021).

Capilla del Niño Jesús Retablo neoclásico de madera policromada imitando mármol de Manuel Martín Rodríguez (* Madrid 1746 † 1823) de 1793. En la mesa del altar y en el interior de una urna, talla del Niño Jesús que da nombre a la capilla. Es obra anónima de la primera mitad del siglo XVII y procede de la antigua titulación de la capilla de san Fernando. El centro del retablo está ocupado por un lienzo representando la Circuncisión de Cristo realizado hacia 1793 por Antonio Soriano. Las tallas laterales son obra de José de Medina Anaya (* Alhaurín el Grande-Málaga 02-08-1709 † Jaén 21-04-1783).

A continuación entramos en la nave transepto y en la zona interior de la portada norte. Vemos sobre la portada dos altorrelieves: la Circuncisión de Cristo y la Presentación de Jesús en el templo, realizadas hacia 1640 por Alonso de Mena Escalante (* Granada 1587 † Granada 04-09-1646).

Iglesia del Sagrario o Parroquia de Santa María (El Sagrario) Diseñada en 1761 según proyecto del arquitecto Ventura Rodríguez (Ciempozuelos-Madrid 14-07-1717 † Madrid 26-08-1785) a instancias del obispo fray Benito Marín (* Calahorra-La Rioja 24-01-1694 † Jaén 10-08-1769 / obispo entre 1750 y 1769). La ejecución de las obras tuvo su inicio en 1764 y fue responsabilidad de Francisco Calvo Bustamante, y Manuel Godoy († 1781). A Ventura Rodríguez le sucedió su sobrino Manuel Martín Rodríguez (* Madrid 1746 † 1823) quien finalizó las obras en 22 de marzo de 1801. Al igual que las construcciones de su lado frontero, la iglesia tiene que adaptarse al desnivel del terreno y juega papel muy importante en la estabilidad de la fábrica de la catedral.

Situada en la cabecera del templo, lado del evangelio, la iglesia se levanta en planta oval circunscrita por un rectángulo. En los extremos menores del rectángulo encontramos dos pequeñas salas: un vestíbulo y la sacristía de la iglesia. Se cierra por una bóveda elíptica con linterna cuyo interior se decora con 288 casetones hexagonales formando círculos concéntricos. La bóveda apoya en 16 grandes columnas pareadas de orden corintio. El retablo mayor está ocupado por un lienzo de Mariano Salvador Maella (* Valencia 21-08-1739 † Madrid 10-05-1819) pintado en 1795 y representando la Asunción de la Virgen. En los muros laterales dos altares con lienzos de Zacarías González Velázquez (* Madrid 05-11-1763 † Madrid 30-01-1834), uno de ellos el martirio de san Pedro Pascual (a la derecha) y el segundo a Cristo Crucificado (a la izquierda). Flanqueando la capilla mayor dos tribunas con balcones asoman al interior del templo, al igual que las otras dos situadas en la entrada del templo.

Bajo la iglesia al igual que ocurre de la sacristía mayor del lado frontero y aprovechando el desnivel del terreno, hay una cripta. En ella se guardan los restos de los mártires de la guerra civil española. El acceso a esta cripta se realiza desde una escalera situada en el atrio de entrada a la iglesia.

Presbiterio Ocupa un tramo del templo, abierto a los cuatro costados, frente al coro y frente a la capilla mayor. El presbiterio se eleva en altura sobre el resto del templo por cinco gradas de mármol rojo. La mesa de altar está realizada con mármol rojo embutido con piezas de mármol blanco.

Unos metros atrás, tabernáculo diseñado por el arquitecto académico Juan Pedro Arnal Arni (* Madrid 19-11-1735 † Madrid 14-03-1805) en la última década del siglo XVIII. Formado por dos cuerpos, en el inferior seis ángeles tallados en mármol de Carrara, sostienen un paño de tela en forma de cortina fundido en bronce dorado, el segundo piso está formado por un templete con ocho columnas de mármol verde que sostiene una cúpula de mármol en cuyo remate se encuentra una cruz de cristal. El conjunto descansa sobre una alta plataforma de mármol con bronces incrustados. Los ángeles que sostienen el templete fueron realizados por Alfonso Giraldo Bergaz (* Murcia 23-01-1744 † Madrid 19-11-1812) (lado epístola) y Juan Adán Morlán (* Tarazona-Zaragoza 01-03-1741 † Madrid 14-06-1816) (lado evangelio).

La reja que bordea el presbiterio fue realizada hacia mediados del siglo XVII por herrero malagueño Clemente Ruiz hacia 1658.

En el tramo de la nave central entre el presbiterio y el coro, encontramos el crucero y sobre él la cúpula, de bóveda semicircular apoyada en pechinas decoradas con relieves de san Miguel, Santiago, san Eufrasio y santa Catalina. La cúpula tiene 12,50 metros de circunferencia en el tambor y la altura de la misma desde el suelo es de 50 metros.

Coro El diseño del coro es proyecto del arquitecto José Gallego y Oviedo del Portal que lo realizó bajo el impulso del obispo Manuel Isidro de Orozco Manríquez de Lara (* Madrid 15-05-1681 † Madrid 10-01-1745 / obispo entre 1732 y 1738) y lo finalizó en el pontificado de Andrés Cabrejas Molina (* Villarejo Sobrehuerta-Cuenca 30-11-1681 † Jaén 04-09-1746 / obispo entre 1738 y 1746) su sucesor en el cargo. El obispo Cabrejas Molina está enterrado en el suelo del coro.

El coro ocupa dos tramos de la nave central y es uno de los más grandes de España por el número de sitiales que tiene. Con forma de "U" dispone de 69 sillas altas decoradas con escenas del Nuevo y Antiguo Testamento, 53 sillas bajas con escenas de vida y milagros de santos y en el centro una serie de bancos corridos movibles que eran ocupados por las autoridades municipales (bancos de los caballeros) que tenían privilegio de ocupar sitio en el coro, hasta un total de 26 asientos. Bajo el suelo del coro existen un numeroso grupo de lápidas con el nombre de los obispos enterrados. El coro como suele ser habitual se cierra por una reja de hierro forjado. Dos puertas situadas a ambos lados del coro permiten la entrada y salida desde el interior a las naves de la catedral.

Aunque coro del siglo XVIII, la sillería es obra reaprovechada de la antigua catedral gótica. Esta sillería había sido realizada en la segunda década del siglo XVI durante el pontificado del obispo Alonso Suárez de la Fuente del Sauce (* Fuente del Sauce-Ávila † Jaén 05-11-1520 / obispo entre 1500 y 1520) cuyo escudo se puede ver en su silla episcopal del nivel superior. La sillería es de madera de nogal trabajada por los artesanos Gutierre Gierero († 1530) de origen flamenco, Juan López de Velasco y Jerónimo Quijano († Murcia 1563). Al colocarse dos siglos después en este espacio, hubo que hacer toda una serie de modificaciones y añadidos que fueron llevadas con gran maestría por los escultores Julio Fernández y Miguel Arias. Así se añadieron elementos como la crestería y el guardapolvo de la silla episcopal. En el centro de la crestería puede verse el escudo del obispo Cabrejas Molina bajo cuyo pontificado se completó el coro.

El órgano situado en uno de los laterales (lado del evangelio), es obra barroca del organero Fernando Antonio de Madrid y Madrid construido entre 1786 y 1790 en que fue inaugurado. El mismo ha sufrido importantes modificaciones, la última la realizada al final de la guerra civil española, ya que fue desmontado y sus tubos utilizados como señuelos para hacer creer a los aviones que disponían de artillería antiaérea. Hacia 1943 el órgano fue reconstruido, pero su última intervención fue realizada en 1986.

Capilla de san Miguel o Capilla de los Arcángeles Puesta en 1757 bajo la advocación del arcángel san Miguel a instancias del canónigo Ambrosio Francisco de Gámez. Preside la capilla un lienzo ovalado, realizado en 1757 por el sevillano Bernardo Lorente Germán (* Sevilla 1680 † 15-01-1759) representando a san Miguel luchando con diablos. Bajo el lienzo una pintura sobre cristal de la Virgen del Alcázar, patrona de Baeza y por la que el promotor de la capilla sentía especial veneración. Esta iconografía queda enmarcada por un retablo barroco con estructura de madera dorada, algo alejada de los típicos retablos a los que estamos acostumbrados.

En los muros laterales de la capilla cuatro lienzos representando a los cuatro arcángeles, realizados hacia 1640/50 y atribuidos a Francisco Polanco. Se completa el conjunto pictórico con pinturas de ángeles en los casetones de la bóveda, obra de José Carazo.

Capilla de san Pedro Pascual Preside la capilla un retablo neoclásico de madera imitando mármol, realizado en 1793 por Manuel Martín Rodríguez (* Madrid 1746 † 1823) en cuyo centro se puede admirar un lienzo representando el milagro de san Pedro Pascual ante el rey Totila. Obra de José Carazo de finales del siglo XVIII. Este lienzo estaba en la actual capilla de la Virgen de las Angustias, a cuyo obispo estaba dedicada la capilla con anterioridad. San Pedro Pascual (* Valencia ca. 1227 † Granada 06-12-1300 / obispo entre 1296 y 1300), de la orden de la Merced, fue martirizado en 1300 por los musulmanes granadinos.

Sobre la mesa del altar, urna-relicario con los restos del obispo de Jaén, Manuel Basulto Jiménez (* Adanero-Ávila 17-05-1869 † El Pozo del Tío Raimundo-Madrid 12-08-1936 / obispo entre 1919 y 1936), beatificado en 2013 y asesinado al poco de iniciarse la guerra civil española. En el muro lateral derecho pequeño retablo neoclásico con talla de san Luis Obispo, imagen procedente del antiguo convento de san Francisco el Real.

Capilla del Santo Cristo del Refugio o de la Virgen de la Correa. Preside la capilla un retablo neoclásico realizado en 1793 por Manuel Martín Rodríguez (* Madrid 1746 † 1823). La talla del Crucificado es obra (ca. 1520) atribuida al escultor flamenco Gutierre Gierero († 1530). A sus pies una talla de hacia 1593 de María Magdalena, atribuida a Sebastián de Solís y que procede de la vieja catedral gótica.

Sobre la mesa del altar, imagen de vestir de la Virgen de la Correa (o del Mayor Dolor), talla atribuida a Ramón Amadeu (* Barcelona 1745 † Barcelona 1821).

Capilla de san José El retablo es obra de Salvador de Cuéllar, realizado entre 1577 y 1579. Este retablo ya estaba en la anterior catedral gótica y fue rehecho para esta capilla en la nueva catedral.

Dispone de seis pinturas sobre tabla realizadas en 1578 por los hermanos Antonio y Miguel Sánchez. El retablo está centrado por la figura escultórica de san José, obra realizada en 1760 por José de Medina Anaya (* Alhaurín el Grande-Málaga 02-08-1709 † Jaén 21-04-1783). Las pinturas representan en su lado izquierdo y de arriba a abajo: San Cristóbal, san Juan Bautista y san José con el Niño, en el lado derecho y en el mismo orden: san Agustín de Hipona, san Francisco de Asís y santa Catalina de Alejandría. En el banco una serie de relieves de evangelistas y padres de la iglesia obra de Salvador de Cuéllar. En el ático central un Calvario realizado también por Salvador de Cuéllar.